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DNA 標(biāo)記

一種同時(shí)分割 DNA 并用適配序列標(biāo)記的技術(shù),主要用于為下一代測(cè)序 (NGS) 高效制備 DNA 文庫(kù)。該過程對(duì)于 DNA 測(cè)序關註、靶向研究、元基因組學(xué)和染色質(zhì)分析(如 ATAC-seq)等工作流程至關(guān)重要先進的解決方案。

哪些工作流程需要進(jìn)行 DNA 標(biāo)記?

DNA 標(biāo)記的主要目的是為下一代測(cè)序快速高效地制備 DNA 文庫(kù)。該過程簡(jiǎn)化了文庫(kù)制備,減少了所需的時(shí)間和步驟貢獻法治,并能在測(cè)序過程中實(shí)現(xiàn)更均勻的覆蓋。DNA 標(biāo)記常用于各種工作流程分享,例如:

  1. DNA 測(cè)序共享,尤其是 NGS 工作流程。
  2. 對(duì)特定基因組區(qū)域感興趣的定向測(cè)序研究方式之一。
  3. 對(duì)不同生物群落進(jìn)行測(cè)序的元基因組研究生動。
  4. 染色質(zhì)分析研究,如 ATAC-seq(利用測(cè)序進(jìn)行轉(zhuǎn)座酶可接觸染色質(zhì)的分析)創新能力。

DNA 標(biāo)記從未如此簡(jiǎn)單

OT-2 是一款臺(tái)面式液體工作站新品技,設(shè)計(jì)方便靈活,可自動(dòng)處理許多常見應(yīng)用求得平衡。

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DNA 標(biāo)記的最佳方法

  1. Nextera DNA 文庫(kù)制備: 這種商業(yè)方法由 Illumina 開發(fā)紮實做,使用特定的轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行標(biāo)記。
  2. ATAC-seq:這種方法將標(biāo)記與測(cè)序相結(jié)合至關重要,以評(píng)估染色質(zhì)的可及性提供深度撮合服務。
  3. 定制轉(zhuǎn)座酶系統(tǒng): 一些研究小組已針對(duì)特定應(yīng)用或生物體優(yōu)化了轉(zhuǎn)座酶酶和方案。

協(xié)議亮點(diǎn)

Opentrons 可幫助您使用 OT-2和 Opentrons Flex 的開源協(xié)議實(shí)現(xiàn) DNA 標(biāo)記自動(dòng)化

DNA 標(biāo)記為何如此困難的發生?

  • 酶的敏感性: 轉(zhuǎn)座酶對(duì)濃度組成部分、反應(yīng)時(shí)間和溫度等各種因素都很敏感。微小的偏差都可能導(dǎo)致標(biāo)記過度或標(biāo)記不足新的動力。
  • 優(yōu)化: 要在測(cè)序過程中實(shí)現(xiàn)均勻的片段化和均勻的覆蓋率的過程中,需要對(duì)標(biāo)記條件進(jìn)行仔細(xì)的優(yōu)化發展契機。
  • DNA 質(zhì)量: DNA 樣品的純度和完整性會(huì)影響標(biāo)記的效率和結(jié)果。

用手動(dòng)移液法進(jìn)行 DNA 標(biāo)記的主要挑戰(zhàn)

  • 可重復(fù)性: 手動(dòng)移液會(huì)造成酶和 DNA 濃度的變化促進進步,導(dǎo)致結(jié)果不一致發力。
  • 污染風(fēng)險(xiǎn): 手動(dòng)移液會(huì)增加樣本間交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)。
  • 效率: 同時(shí)制備多個(gè)樣本會(huì)耗費(fèi)大量人力和時(shí)間達到。

與手動(dòng)移液相比智能設備,自動(dòng)化 DNA 標(biāo)記的優(yōu)勢(shì):

  • 一致性和可重復(fù)性: 自動(dòng)化系統(tǒng)可提供一致的產(chǎn)量,減少人為錯(cuò)誤智慧與合力。
  • 吞吐量: 自動(dòng)化系統(tǒng)可同時(shí)處理多個(gè)樣本喜愛,大大縮短制備時(shí)間。
  • 降低污染風(fēng)險(xiǎn):減少人工干預(yù)開放要求,降低交叉污染風(fēng)險(xiǎn)向好態勢。
  • 優(yōu)化: 可對(duì)自動(dòng)化系統(tǒng)進(jìn)行編程,以同時(shí)測(cè)試多個(gè)條件服務機製,從而幫助優(yōu)化標(biāo)記條件貢獻力量。

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