作者
雷德和金納里·沃森

摘要
Swift 2S Turbo DNA庫(kù)套件是完全自動(dòng)化的結構，使用中心OT-2快速堅實基礎，放手，高為Illumina下一代測(cè)序提供的高質(zhì)量文庫(kù)提升行動。
主要發(fā)現(xiàn)
.8個(gè)序列準(zhǔn)備的DNA文庫(kù)可以在3小時(shí)內(nèi)構(gòu)建。
.分析了326bp和330bp的目標(biāo)插入物大小人類基因組DNA。
.低PCR偏倚，說(shuō)明微生物和人類文庫(kù)的PCR重復(fù)水平為分別為0.02%和0.01%交流。
.在OT-2運(yùn)行過(guò)程中保持高DNA覆蓋率多種場景，通過(guò)相似的reads百分比來(lái)描述對(duì)齊：微生物文庫(kù)占95.4%系統穩定性，人類文庫(kù)占96.4%。
.可靠和精確的性能視子熱循環(huán)器模塊與第三方熱循環(huán)器相比措施，通過(guò)相似的產(chǎn)率為5.1ng/μland 7.36ng/μl信息化技術，CVs分別為13%和14%發揮作用。

介紹
下一代測(cè)序（NGS）文庫(kù)制備是RNA或DNA片段的過(guò)程酶法測(cè)序用的使用NGS庫(kù)的準(zhǔn)備正在迅速增加，為醫(yī)療保健和生命科學(xué)的研究人員提供了各種工作流程逐步顯現，以實(shí)現(xiàn)更快銘記囑托、更容易和更高的成本分析和解釋大型基因組數(shù)據(jù)集的有效方法(1)。Swift 2S渦輪DNA文庫(kù)準(zhǔn)備

支持對(duì)各種樣品的文庫(kù)準(zhǔn)備
分子應(yīng)用自動化裝置。這個(gè)自動(dòng)化友好的工作流是壓縮的試驗，但要手動(dòng)完成工作流仍然會(huì)出現(xiàn)移液錯(cuò)誤，需要幾個(gè)錯(cuò)誤嗎幾個(gè)小時(shí)完成開展攻關合作。在這里，我們說(shuō)明了Swift 2S渦輪文庫(kù)制備微生物的完全自動(dòng)化以及人類基因組DNA預下達。復(fù)雜的庫(kù)制備可以完全自動(dòng)化的視中心OT- 2的有效手段，模塊，實(shí)驗(yàn)室軟件提升，和歐米茄生物-tek標(biāo)記結(jié)合?純NGS珠子大大提高。

材料和方法
制備了350bp插入大小的文庫(kù)~560bp文庫(kù)使用人類基因組DNA(科里氏菌. NA12878)和Ecoli（ER2925）gDNA的GC含量分別為40和50%。每個(gè)opentronOT-2運(yùn)行包含7個(gè)重復(fù)研究成果，每個(gè)運(yùn)行包含5個(gè)或10個(gè)PCR周期取得了一定進展，取決于啟動(dòng)輸入。使用的結(jié)扎母混合包括1：10稀釋的試劑W4以減少適配器二聚體大面積。每個(gè)文庫(kù)都在Illumina MiSeq Nano v2 2x250試劑盒上進(jìn)行測(cè)序積極參與。視轉(zhuǎn)子熱循環(huán)器模塊和溫度模塊用于主動(dòng)冷卻主混合，索引和樣本使用Omega-Beo-tekMag-Bind?進(jìn)行基于珠子的清理純NGS珠子(2)培養。這些模塊共同允許這個(gè)復(fù)合工作流的完全自動(dòng)化（圖1）交流研討。
OT-2使用P300GEN2 8通道移液管和P50 GEN2單通道移液管進(jìn)行運(yùn)行E.大腸桿菌gDNA，P300GEN2 8通道移液管和P20 GEN2單通道移液管與人類gDNA一起運(yùn)行形式。然而建設應用，我們推薦P20
. GEN2單通道移液管每次運(yùn)行支撐作用，使用3個(gè)尖端（圖1）恿?？傔\(yùn)行時(shí)間同時，包括動(dòng)手時(shí)間和機(jī)器人運(yùn)行時(shí)間，約為3小時(shí)（圖2）效高性。峰值片段大小使用安捷倫2100生物分析儀fastq文件確定.

使用星系(7)中的FASTQC V0.11.9 (3)模式、BOWTIE2 (4)、Qualimap- BAMQC (5)和Bam覆蓋V2.4.1.0 (6)進(jìn)行分析節點，以確定覆蓋率通過活化、插入大小、讀取與基因組對(duì)齊的特點、GC含量和重復(fù)百分比健康發展。BWA對(duì)齊器V1.1.4進(jìn)行進(jìn)一步分析。

結(jié)果
文庫(kù)的產(chǎn)量具有很高的可重復(fù)性和可比性
在同一運(yùn)行范圍內(nèi)的跨樣本和跨物種大數據。Ecoli gDNA輸入100 ng長效機製，人gDNA輸入77 ng。. . Ecoli文庫(kù)的工作流程包括10個(gè)PCR循環(huán)數字技術，平均濃度為20.34ng/μl7%的變異系數(shù)（CV）奮戰不懈。人類gDNA文庫(kù)工作流程包括5個(gè)PCR周期，平均周期為. 該文庫(kù)具有可比性措施，平均峰片段大小為591bp取得顯著成效，CV為7%. 人類文庫(kù)的平均峰值片段大小為569bp，CV為4%實現。產(chǎn)量和峰值片段大小CV顯示了不同井和不同物種之間的一致性（圖3）不容忽視。
測(cè)序指標(biāo)在不同樣本和不同物種之間也具有可比性。大腸桿菌和人類文庫(kù)的平均插入物大小分別為326和330 bp服務體系，與根據(jù)試劑規(guī)格納入直接測(cè)序的DNA目標(biāo)長(zhǎng)度相對(duì)應(yīng)說服力。兩個(gè)實(shí)驗(yàn)都顯示了約95%的讀取映射時(shí)與參考基因組序列對(duì)齊，高DNA回收率和大小選擇始終保留每次運(yùn)行分析，以非常低的PCR重復(fù)來(lái)說(shuō)明（圖4）表示。. 在Ecoli樣本（圖S1）和人類樣本（圖S2）中的一致覆蓋顯示了相同的性能和序列表示。而且單核苷酸變異（SNV）rs6061194為這進(jìn)一步演示了性能（圖S3）非常激烈。最后競爭力所在，對(duì)中心熱循環(huán)器模塊的性能類似于手動(dòng)第三方熱循環(huán)器(8)，在產(chǎn)量和CV上具有共性實力增強。產(chǎn)率分別為5.1ng/μland和7.36ng/μland該端到端Opentrons庫(kù)制備系統(tǒng)的精度和可靠性（表1）體系流動性。

結(jié)論
Opentrons OT-2可以一次提供8個(gè)或更多的高質(zhì)量庫(kù)，至少不到3個(gè)小時(shí)，最終減少了手動(dòng)移液錯(cuò)誤的風(fēng)險(xiǎn)實現了超越，并節(jié)省了用戶時(shí)間新產品。
.可重復(fù)的和一致的測(cè)序指標(biāo)在微生物和人類文庫(kù)的產(chǎn)量、CV橋梁作用、插入大小長遠所需、對(duì)齊、PCR重復(fù)和覆蓋方面讓人糾結。
.當(dāng)產(chǎn)率和CV為時(shí)規模，視中心熱循環(huán)器模塊的可靠和精確的性能與第三方熱循環(huán)器相比。

圖1. Swift 2S渦輪增壓工作流程和OpSwift 2STurbo DNA文庫(kù)試劑盒?協(xié)議基石之一。該布局包括P20 GEN2單通道移液管和P300GEN2 8通道移液管聯動。模塊要求包括視中心熱循環(huán)器模塊，溫度模塊和磁性模塊共同努力。這個(gè)實(shí)驗(yàn)室器皿要求包括兩個(gè)NEST 0.1ml 96孔PCR板全裙行業內卷，一個(gè)NEST深12孔儲(chǔ)液器，三個(gè)NEST 2ml螺帽管和中心24孔鋁塊逐漸完善。