大規(guī)模 SARS-CoV-2 基因組測(cè)序?qū)τ谧粉櫘?dāng)前疫情期間的病毒進(jìn)化至關(guān)重要。最早在英國(guó)、南非和巴西發(fā)現(xiàn)的變異株已傳播到多個(gè)國(guó)家。我們開發(fā)了軟件工具“變異數(shù)據(jù)庫(kù) (VDB)”技術交流，用于快速檢查刺突突變的變化情況資源優勢。使用 VDB也逐步提升，我們?cè)诩~約地區(qū)發(fā)現(xiàn)了一種新興的 SARS-CoV-2 譜系全過程，其與之前報(bào)告的變異株有相同的突變深刻認識。該譜系（現(xiàn)指定為 B.1.526）中最常見的刺突突變組是 L5F、T95I品質、D253G利用好、E484K 或 S477N、D614G 和 A701V解決問題。該譜系于 2020 年 11 月下旬首次測(cè)序尤為突出，當(dāng)時(shí)它占紐約市 (NYC) 收集的已測(cè)序冠狀病毒基因組的不到 1%。到 2021 年 2 月環境，該譜系的基因組占紐約市標(biāo)本 3288 個(gè)測(cè)序基因組的約32 %。系統(tǒng)發(fā)育動(dòng)力學(xué)推斷證實(shí)了 B.1.526 譜系在紐約市的快速增長(zhǎng)高質量，尤其是由刺突突變 E484K 定義的亞支系相對簡便，其增長(zhǎng)速度超過了紐約市其他變體的增長(zhǎng)速度。假病毒中和實(shí)驗(yàn)表明流程，B.1.526 刺突突變對(duì)恢復(fù)期和疫苗接種者血漿的中和滴度產(chǎn)生不利影響合作，表明該譜系對(duì)公共衛(wèi)生的重要性。

介紹
在 2020 年 SARS-CoV-2 大流行的最初幾個(gè)月之后助力各業，絕大多數(shù)測(cè)序基因組都含有刺突突變 D614G（以及 3 個(gè)獨(dú)立的核苷酸變化）1極致用戶體驗。經(jīng)過一段時(shí)間的逐漸變化后，2020 年第四季度出現(xiàn)了幾種包含多個(gè)突變的變體應用，其中許多位于刺突基因內(nèi)2 – 5建議。多種證據(jù)表明，逃避抗體選擇壓力是這些變體發(fā)展的驅(qū)動(dòng)力6 – 9相貫通。

目前不斷發展，SARS-CoV-2 的基因組監(jiān)測(cè)重點(diǎn)是監(jiān)測(cè)這些變體的出現(xiàn)以及它們的突變可能對(duì)被動(dòng)抗體療法的有效性和疫苗預(yù)防輕度或中度 COVID-19 的有效性產(chǎn)生的功能性影響。雖然越來越多的樣本正在被測(cè)序自動化方案，但對(duì)這些基因組的分析仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)10緊密協作。在這里，我們開發(fā)了一個(gè)簡(jiǎn)單快捷的實(shí)用程序線上線下，可以快速檢查 SARS-CoV-2 基因組監(jiān)測(cè)揭示的突變景觀：變體數(shù)據(jù)庫(kù) ( vdb )發揮重要作用。利用此工具，我們發(fā)現(xiàn)了幾組最近測(cè)序的基因組數據顯示，這些基因組在關(guān)鍵抗體表位上發(fā)生了突變高質量。在這組中有一個(gè)在紐約市出現(xiàn)的新譜系，其頻率有所增加全面革新，截至 2021 年 2 月作用，已占測(cè)序基因組的約32%。我們通過系統(tǒng)發(fā)育推斷證實(shí)了 B.1.526 在 2021 年初在紐約市的迅速傳播。此外技術特點，我們?cè)u(píng)估了 B.1.526 刺突突變對(duì)恢復(fù)期和疫苗接種者血漿中和滴度的影響提高鍛煉。

結(jié)果
系統(tǒng)發(fā)育分析對(duì)于了解病毒基因組的關(guān)系至關(guān)重要。然而凝聚力量，其他視角也有助于在大量序列中檢測(cè)模式有所提升。我們開發(fā)了vdb作為一種實(shí)用程序來查詢基因組監(jiān)測(cè)期間觀察到的尖峰突變集。使用vdb工具分析全球禽流感數(shù)據(jù)共享倡議 (GISAID) 數(shù)據(jù)集中的 SARS-CoV-2 序列11,12 新的力量，我們檢測(cè)到了幾個(gè)不同于變體 B.1.1.7先進水平、B.1.351、B.1.1.248 和 B.1.429 2 – 5的序列簇全面展示，這些序列簇在已知與抗 SARS-CoV-2 抗體相關(guān)的位點(diǎn)上發(fā)生尖峰突變8,13 （表1）重要平臺。vdb程序可以找到具有相同尖峰突變集的病毒簇，然后可以使用這些模式來查找潛在相關(guān)的序列核心技術。

定義 B.1.526 的突變
從紐約地區(qū)收集了一個(gè)值得注意的基因組序列簇應用提升，代表了一個(gè)獨(dú)特的譜系，現(xiàn)被指定為 B.1.526（圖 1創造性，補(bǔ)充圖 1）發展的關鍵。該變體存在于 20.C 進(jìn)化枝中，以 3 個(gè)定義的尖峰突變?yōu)樘卣鳎篖5F規模設備、T95I 和 D253G真諦所在。在 B.1.526 中，最大的亞進(jìn)化枝由 E484K 定義競爭力，兩個(gè)不同的亞進(jìn)化枝分別由 S477N 定義充分；這兩個(gè)突變都位于尖峰的受體結(jié)合域 (RBD) 內(nèi)（圖 2和補(bǔ)充表 1）。我們注意到製造業，尖峰位置 701 的進(jìn)化歷史取決于該樹是使用分子鐘生根（圖 1）還是其姐妹進(jìn)化枝（以 L452R 突變?yōu)樘卣鲀灮詹呗?；補(bǔ)充圖 2），后者假設(shè)替換 A701V發展基礎，然后是回復(fù) V701A兩個角度入手。在 B.1.526 譜系中的核苷酸突變中，最具特征性的突變包括 A16500C (NSP13 Q88H)積極、A22320G (spike D253G) 和 T9867C (NSP4_L438P)探索。B.1.526 譜系的另一個(gè)顯著特征是核苷酸 11288-11296 (NSP6 106-108) 的缺失，這種現(xiàn)象也出現(xiàn)在變體 B.1.1.7產業、B.1.351滿意度、P.1 和 B.1.525 14中。

關(guān)于該譜系中流行的四種刺突突變：(1) 已知 E484K 可減弱多種抗 SARS-CoV-2 抗體的中和作用，特別是在 2 類抗 RBD 中和抗體中發(fā)現(xiàn)的抗體13方案、15 關鍵技術，并且也存在于變體 B.1.351 4和 P.1/B.1.1.248 2中，(2) 據(jù)報(bào)道深入，D253G 是針對(duì) N 端結(jié)構(gòu)域抗體的逃逸突變16技術研究，(3) S477N 已在幾個(gè)早期譜系中被鑒定17，靠近多種抗體的表位18開展研究，并且已被證明通過增強(qiáng)與 ACE2 的相互作用來增加病毒的傳染性19姿勢、20，以及 (4) A701V 位于相鄰原體的 S2' 裂解位點(diǎn)附近，并與變體 B.1.351 4共享綠色化。 B.1.526 譜系的總體突變模式（圖 2）表明不同需求，該譜系的出現(xiàn)部分是由于抗體的選擇壓力。根據(jù)這些病毒的收集日期拓展，似乎該譜系在紐約的頻率迅速增加創造更多。