背景

已經(jīng)評(píng)估了兩種用于從鼻咽拭子中高通量提取 RNA 以檢測(cè) SARS-CoV-2 的自動(dòng)化內(nèi)部協(xié)議重要平臺。

方法

在 10 天內(nèi)收集了 141 個(gè) SARS-CoV-2 陽(yáng)性樣本明確相關要求。內(nèi)部協(xié)議基于磁珠提取，設(shè)計(jì)用于 Opentrons OT-2（OT-2_內(nèi)部）液體處理機(jī)器人或 MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（MM_{內(nèi)部）重要組成部分。兩種協(xié)議均與使用 MagMAX} ^TM系統(tǒng)（MM_試劑盒）的商業(yè)試劑盒并行測(cè)試最深厚的底氣。核酸提取效率是根據(jù) SARS-CoV-2 DNA 陽(yáng)性對(duì)照計(jì)算的全過程。

結(jié)果

在檢測(cè)陽(yáng)性樣本方面，內(nèi)部方案和商用試劑盒之間沒(méi)有發(fā)現(xiàn)顯著差異損耗。MM 試劑_盒效率最高講故事，盡管_{內(nèi)部 MM 試劑盒}的平均 Ct 值低于其他兩種試劑盒。與商用試劑盒相比性能穩定，內(nèi)部方案每提取 96 個(gè)樣本可節(jié)省 350 歐元至 400 歐元自動化方案。

結(jié)論

所述協(xié)議利用易于獲得的試劑和開(kāi)源液體處理系統(tǒng)，適用于高通量設(shè)施中的 SARS-CoV-2 檢測(cè)越來越重要。

引用： Lázaro-Perona F線上線下、Rodriguez-Antolín C、Alguacil-Guillén M醒悟、Gutiérrez-Arroyo A數據顯示、Mingorance J、García-Rodriguez J 等人也逐步提升。 （2021）評(píng)估兩種用于 SARS-CoV-2 檢測(cè)的自動(dòng)化低成本 RNA 提取方案記得牢。 PLoS ONE 16(2): e0246302。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246302

編輯： AM Abd El-Aty重要的作用，埃及開(kāi)羅大學(xué)

收稿日期： 2020 年 11 月 5 日更多可能性；接受日期： 2021 年 1 月 15 日；發(fā)表日期： 2021 年 2 月 16 日

版權(quán)所有：?? 2021 Lázaro-Perona 等人足夠的實力。這是一篇開(kāi)放獲取的文章緊迫性，根據(jù)知識(shí)共享署名許可條款分發(fā)，允許在任何媒體中不受限制地使用更適合、分發(fā)和復(fù)制高效，前提是注明原作者和出處。

數(shù)據(jù)可用性：所有相關(guān)數(shù)據(jù)均在論文及其支持信息文件中要素配置改革。

資金：作者未收到此項(xiàng)工作的特定資金資助體系。

競(jìng)爭(zhēng)利益：作者已聲明不存在競(jìng)爭(zhēng)利益。

介紹

SARS-CoV-2 疫情要求大規(guī)模使用 qPCR 檢測(cè)帶動產業發展，以發(fā)現(xiàn)陽(yáng)性病例并追蹤接觸者責任製，從而阻止社區(qū)傳播十分落實。在 qPCR 檢測(cè)之前，通常需要對(duì)臨床樣本進(jìn)行 RNA 提取 [?1-4?]有序推進≡O施？紤]到每天檢測(cè)的樣本數(shù)量，大多數(shù)機(jī)構(gòu)無(wú)法采用手動(dòng) RNA 提取方法道路，因此規模設備，自動(dòng)化系統(tǒng)被廣泛用于此任務(wù) [?5-7?] 。自動(dòng)化系統(tǒng)的缺點(diǎn)是指導，它顯著增加了最終成本競爭力，這可能會(huì)阻礙某些地區(qū)的大規(guī)模檢測(cè)。此外進一步完善，由于需求增加集聚，提取試劑的庫(kù)存短缺導(dǎo)致診斷嚴(yán)重延遲。

本文介紹了兩種低成本的自動(dòng) RNA 提取方法調整推進。第一種方法使用 OT-2 系統(tǒng)（Opentrons狀況，紐約州紐約市，美國(guó)）機製，這是一種能夠自動(dòng)執(zhí)行自行設(shè)計(jì)方案的開(kāi)源液體處理機(jī)器人全過程；第二種方法使用快速且易于使用的核酸提取儀 MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（Thermo Fisher Scientific，馬薩諸塞州沃爾瑟姆探討，美國(guó)）不負眾望。后者可在 30 分鐘內(nèi)提取多達(dá) 96 個(gè)樣本，但需要事先手動(dòng)分配試劑調解製度、磁珠和 96 孔板中的樣本精準調控，這會(huì)增加 30 分鐘。作為替代方案應用的因素之一，OT-2_內(nèi)部方案可以完全自動(dòng)化地在 104 分鐘內(nèi)處理多達(dá) 48 個(gè)樣本解決。

方法

樣品采集

在十天內(nèi)，收集了 141 份連續(xù)的 SARS-CoV-2 陽(yáng)性鼻咽拭子敢於監督，這些拭子帶有病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基（西班牙巴塞羅那 Deltalab）幅度，并儲(chǔ)存在 4°C 下。處理前更合理，將 500 μL 病毒培養(yǎng)基和 500 μL 4M 異硫氰酸胍 (GTC)（德國(guó)希爾登 Qiagen）與 5 μg/mL 載體 RNA 混合適應能力，使樣品失活，然后將樣品在 80°C 下加熱 2 分鐘各方面，并短暫渦旋混合。

設(shè)備和試劑

核酸自動(dòng)提取采用兩種系統(tǒng)：MagMAX ^TM Express-96 深孔磁粉處理器（King Fisher Instrument優勢，Thermo Fisher Scientific善謀新篇，美國(guó)馬薩諸塞州沃爾瑟姆）和開(kāi)放式系統(tǒng) OT-2（Opentrons增產，美國(guó)紐約州紐約），配有 GEN1 磁模塊（Opentrons方法，美國(guó)紐約州紐約）和內(nèi)部協(xié)議行動力。兩種系統(tǒng)均使用 MagMAX? Express 96 板和深孔板（Thermo Fisher Scientific，美國(guó)馬薩諸塞州沃爾瑟姆）切實把製度。

核酸提取采用三種方法：1）根據(jù)制造商的說(shuō)明保供，使用 MagMAX?^TM和商用 MagMAX CORE 核酸純化試劑盒 (MM_{試劑盒)（Thermo Fisher Scientific，美國(guó)馬薩諸塞州沃爾瑟姆）進行部署；2）OT-2 系統(tǒng)采用通用試劑（OT-2內(nèi)部}）責任，例如乙醇（Emsure?，Merck KGaA保護好，德國(guó)達(dá)姆施塔特）組建、2-丙醇（Emsure?，Merck KGaA特點，德國(guó)達(dá)姆施塔特）深刻變革、洗脫緩沖液（Omega BIO-TEK，美國(guó)佐治亞州諾克羅斯）和諧共生、無(wú)核酸酶水（Ambion?^TM質生產力，Thermo Fisher Scientific，美國(guó)馬薩諸塞州沃爾瑟姆）和磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS技術交流，Omega Bio-Tek先進的解決方案，美國(guó)佐治亞州諾克羅斯）；3）MagMAX?^TM采用與商用試劑盒相同的協(xié)議在此基礎上，但使用 OT-2 方法中的試劑（MM_內(nèi)部）助力各行。內(nèi)部協(xié)議是 Hui He 等人描述的程序的修改版[8]。簡(jiǎn)而言之自主研發，將滅活的呼吸道樣本以 1:1 的比例與異丙醇混合確定性，至最終體積為 500 μl（_{內(nèi)部OT-2）和 1000 μL（內(nèi)部}MM），加入 40 μL 磁珠并在室溫下孵育 5 分鐘損耗。接下來(lái)講故事，用磁鐵將磁珠拉到管的一側(cè)并棄去上清液。然后用 500 μL 新鮮制備的 70% 乙醇洗滌磁珠兩次性能穩定。第二次洗滌后面向，棄去 70% 乙醇并在室溫下風(fēng)干磁珠。最后研學體驗，將珠子重新懸浮在 100 μL 洗脫緩沖液中并再次用磁鐵分離以回收洗脫的病毒 RNA（表1）建設項目。

表 1.所評(píng)估的三個(gè)方案中使用的步驟、試劑和體積（μL）。

協(xié)議設(shè)計(jì)和驗(yàn)證

MM_試劑盒協(xié)議：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板相結合，一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 1高效化，另一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 2。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板為產業發展，每個(gè)孔裝有 90μL MagMAX? CORE Elution Buffer範圍和領域。
2. 每個(gè)樣品準(zhǔn)備 20μL MagMAX? CORE 磁珠和 10μL MagMAX? CORE 蛋白酶 K 的混合物（珠子/PK 混合物）提高。
3. 為每個(gè)樣品準(zhǔn)備 300μL MagMAX? CORE 裂解溶液和 300μL MagMAX? CORE 結(jié)合溶液的混合物（裂解/結(jié)合溶液）保護好。
4. 在深孔板中每孔分配 30μL 珠子/PK 混合物、700μL 裂解/結(jié)合溶液和 200μL 樣品勇探新路。
5. 將所有板放入系統(tǒng)并運(yùn)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96新技術。

MM_內(nèi)部協(xié)議：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板共同學習，每個(gè)孔加入 500μL 70% 乙醇。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板聽得懂，每個(gè)孔加入 90μL 洗脫緩沖液（Omega BIO-TEK應用優勢，美國(guó)佐治亞州諾克羅斯）。
2. 在深孔板中每孔分配 40 μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS全方位，Omega Bio-Tek高效節能，美國(guó)佐治亞州諾克羅斯）、500 μL 異丙醇和 500 μL 樣品大局。
3. 將所有板放入系統(tǒng)并運(yùn)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96新創新即將到來。

OT-2_內(nèi)部協(xié)議：

1. 將 40μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek有序推進，美國(guó)佐治亞州諾克羅斯）設施、250μL 異丙醇和 250μL 樣品分裝到深孔板中。用移液器吹打五次混勻堅定不移，室溫下孵育 5 分鐘組合運用。
2. 激活GEN1磁性模塊4分鐘。
3. 收集上清液并棄去迎難而上。
4. 加入500μL 70%乙醇積極，收集并丟棄。
5. 加入500μL 70%乙醇生產創效，收集并丟棄結構。
6. 風(fēng)干 4 分鐘。
7. 關(guān)閉GEN1磁性模塊并添加100μL洗脫緩沖液（Omega BIO-TEK優化上下，美國(guó)佐治亞州諾克羅斯）能力建設。
8. 30秒后打開(kāi)GEN1磁性模塊。
9. 90秒后收集上清液并轉(zhuǎn)移至96孔微量滴定板生產體系。

樣品輸入量是自動(dòng)移液系統(tǒng)允許的最大量服務，其他試劑的量也不同，因此三種方法的輸入量不同

OT-2內(nèi)部協(xié)議是根據(jù) Opentrons 說(shuō)明用 Python 編寫(xiě)的。腳本已存放在 GitHub 存儲(chǔ)庫(kù)中

為了驗(yàn)證內(nèi)部核酸提取方案的性能大型，使用 DNA 陽(yáng)性對(duì)照 TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒 v1（賽默飛世爾科技服務效率，美國(guó)馬薩諸塞州沃爾瑟姆）制作了標(biāo)準(zhǔn)明確相關要求、低和極低病毒載量的模擬樣本重要意義。對(duì)照試劑盒的濃度為 1 x 10 ⁴拷貝/μL。標(biāo)準(zhǔn)病毒載量樣本的制備方法是將 10 μL 陽(yáng)性對(duì)照與 490 μL 病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基和 500 μL GTC 混合深化涉外。低和極低病毒載量的制備方式相同體系，但使用陽(yáng)性對(duì)照的十倍連續(xù)稀釋液。所有模擬樣本均制備三份開展試點，并與_內(nèi)部OT-2 攜手共進、MM_{試劑盒和內(nèi)部}MM并行處理，然后使用 TaqMan 2019-nCoV 檢測(cè)試劑盒 v1 進(jìn)行 qPCR 測(cè)試推進一步。標(biāo)準(zhǔn)經過、低和極低病毒載量的模擬樣本中陽(yáng)性對(duì)照的最終濃度分別為 1 x 10 ⁶拷貝/mL、1 x 10 ⁵拷貝/mL 和 1 x 10 ⁴拷貝/mL力度。所有運(yùn)行均包括陰性對(duì)照明確了方向。

通過(guò)將模擬樣本中陽(yáng)性對(duì)照的 Ct 值 (Ct _ss ) 與直接從庫(kù)存制備的陽(yáng)性對(duì)照的 Ct 值進(jìn)行比較來(lái)計(jì)算核酸提取效率，校正量以匹配稀釋因子和每個(gè)方案中使用的初始樣本量 (Ct _pc ) (R = 2 ^-ΔCt = 2 ^-(Ctss-Ctpc) )勇探新路。

定量PCR

使用針對(duì)orf1ab單產提升、刺突 (S)、核衣殼 (N) 和人 RNaseP 基因的 TaqMan 2019-nCoV 檢測(cè)試劑盒 v1 以及作為陽(yáng)性對(duì)照的 TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒 v1試驗，按照制造商推薦的 qPCR 條件對(duì) SARS-CoV-2 病毒 RNA 進(jìn)行核酸擴(kuò)增勞動精神。所有 qPCR 檢測(cè)均在 CFX96 Touch 實(shí)時(shí) PCR 檢測(cè)系統(tǒng) (Bio-Rad，美國(guó)加利福尼亞州赫拉克勒斯) 中進(jìn)行製度保障。為了減少檢測(cè)間差異預下達，提取的核酸樣本使用另一個(gè) OT-2 模塊自動(dòng)分配到 qPCR 試紙中。

統(tǒng)計(jì)分析

成對(duì)比較了這三種方案意見征詢。使用 McNemar 檢驗(yàn)來(lái)比較它們將樣本分配為陽(yáng)性或陰性的表現(xiàn)提升。Ct 值不呈正態(tài)分布，因此使用 Wilcoxon 符號(hào)秩檢驗(yàn)來(lái)比較每個(gè)目標(biāo)的 Ct 值示範。對(duì)于每個(gè)目標(biāo)應用前景，僅考慮通過(guò)這三種方法擴(kuò)增的樣本。使用 bootstrap 方法計(jì)算中位置信區(qū)間運行好。

所有統(tǒng)計(jì)測(cè)試均采用 IBM SPSS Statistics 24.0.0.0 軟件包（SPSS Inc.首次，美國(guó)伊利諾伊州芝加哥）執(zhí)行。

結(jié)果

提取方案的效率

通過(guò)提取用模擬不同病毒載量的 SARS-CoV-2 陽(yáng)性對(duì)照制備的模擬樣本部署安排，將兩種內(nèi)部方案的核酸提取效率與 MM_{試劑盒方案進(jìn)行了比較搖籃。MM試劑盒}和 OT-2_內(nèi)部方案成功擴(kuò)增了所有具有標(biāo)準(zhǔn)病毒載量的模擬樣本中的orf1ab、S 和 N 靶標(biāo)。對(duì)于這些樣本推動，所有重復(fù)和基因的平均提取效率為 MM_{試劑盒33.9%（SD：13.8）相對較高，OT-2內(nèi)部}方案19.6%（SD：2.2），MM_{內(nèi)部方案}16.0%（SD：5.03） 信息。

在低病毒載量模擬樣本中相關，MM_試劑盒無(wú)法擴(kuò)增所有樣本中的 S 靶標(biāo)，也無(wú)法擴(kuò)增其中一個(gè)重復(fù)樣本中的 N 靶標(biāo)豐富內涵，而 OT-2_內(nèi)部和 MM_內(nèi)部檢測(cè)出了所有基因生產效率。最后，MM_試劑盒和 OT-2_內(nèi)部方案無(wú)法擴(kuò)增極低病毒載量樣本適應性，除了一個(gè)重復(fù)樣本節點，其中 N 基因可以通過(guò) OT-2_內(nèi)部方案擴(kuò)增，但 MM_內(nèi)部可以檢測(cè)到所有樣本中的陽(yáng)性對(duì)照落地生根，其中一個(gè)樣本含有三個(gè)靶標(biāo)的特點，一個(gè)樣本含有 orf1ab和N 靶標(biāo)，最后一個(gè)樣本含有orf1ab靶標(biāo)（S1 表）有效保障。

臨床呼吸道樣本的核酸提取

收集的 141 份陽(yáng)性臨床樣本同時(shí)使用 MM_試劑盒大數據、OT-2_內(nèi)部方法和 MM_內(nèi)部方法進(jìn)行核酸提取，并通過(guò) qPCR 檢測(cè)洗脫的 SARS-CoV-2 RNA相結合。記錄每個(gè)目標(biāo)的陽(yáng)性/陰性結(jié)果和擴(kuò)增循環(huán)閾值 (Ct)高效化。根據(jù)制造商的說(shuō)明，當(dāng)三個(gè)目標(biāo)區(qū)域中至少一個(gè)擴(kuò)增且 Ct<40 時(shí)為產業發展，樣本被視為陽(yáng)性支撐能力。所有運(yùn)行中包括的陰性對(duì)照在所有情況下均產(chǎn)生陰性 PCR 結(jié)果。

141 個(gè)樣本中高效利用，123 個(gè)樣本通過(guò)至少一種提取方法檢測(cè)出 SARS-CoV-2 陽(yáng)性特征更加明顯，而 18 個(gè)樣本通過(guò)三種方法檢測(cè)均為陰性。這可能是由于樣本在采集期間降解所致講理論，因?yàn)樗鼈円言?4°C 下儲(chǔ)存了約 48 小時(shí) [9]的可能性。按方法分類(lèi)，114 個(gè)樣本使用 MM_{試劑盒檢測(cè)呈陽(yáng)性服務為一體，111 個(gè)樣本使用內(nèi)部}OT-2 檢測(cè)呈陽(yáng)性問題，118 個(gè)樣本使用_內(nèi)部MM 檢測(cè)呈陽(yáng)性。成對(duì)比較發(fā)現(xiàn)它們檢測(cè) SARS-CoV-2 的性能沒(méi)有顯著差異（MM_試劑盒Vs OT-2_內(nèi)部全會精神，P =?0.5465系統穩定性；MM_試劑盒Vs MM_內(nèi)部，P =?0.3865集中展示；OT-2_內(nèi)部Vs MM_內(nèi)部實力增強，P =?0.0961）體系流動性。18 個(gè)樣本通過(guò)三種方法中的一些方法檢測(cè)呈陰性。這些具有較高的 Ct 值帶來全新智能，?orf1ab和 N 靶標(biāo)的中值分別為 38.68 和 38.19（在這些樣本中實現了超越，S 靶標(biāo)未通過(guò)任何方法擴(kuò)增）。比較所有方法和靶標(biāo)的成對(duì)線性回歸和相關(guān)性分析顯示 R?²值在 0.85 和 0.95 之間去完善，Bland-Altman 分析表明在整個(gè) Ct 范圍內(nèi)一致性是一致的（S1 圖）橋梁作用。

_{在使用 MM試劑盒}提取的樣本中，43% 可檢測(cè)到三個(gè)靶標(biāo)（orf1ab 脫穎而出、 N 和 S ）拓展應用，在使用_內(nèi)部OT-2 提取的樣本中，49%可檢測(cè)到結構，_{在使用內(nèi)部}MM 提取的樣本中，49% 可檢測(cè)到（圖 1）優化上下。在 34%能力建設、39% 和 30% 的樣本中檢測(cè)到了orf1ab和 N 靶標(biāo)，在 19%生產體系、10% 和 17% 的樣本中僅擴(kuò)增了 N 靶標(biāo)服務。只有極少數(shù)樣本因單獨(dú)擴(kuò)增orf1ab靶標(biāo)（6）、orf1ab?+ S（1）或 N + S（5）靶標(biāo)而被視為陽(yáng)性技術節能，并且沒(méi)有樣本以 S 基因作為唯一的陽(yáng)性標(biāo)記指導。事實(shí)上，該檢測(cè)中的 S 靶標(biāo)明顯缺乏靈敏度國際要求，并且與診斷決策無(wú)關(guān)流動性。使用 OT-2_內(nèi)部協(xié)議檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本占 87%（97 個(gè)樣本），使用 MM_{內(nèi)部協(xié)議檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本占 82%（95 個(gè)樣本）競爭激烈，使用 MM試劑盒}檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本占 79%?（90 個(gè)樣本）持續創新。

考慮配對(duì)樣本時(shí)，在 orf1ab ( P = 0.437)業務指導、N ( P = 0.686) 和 S ( P = 0.794) 靶標(biāo)的 Ct 值中改進措施，MM 試劑盒和 OT-2 內(nèi)部方案之間的 Cts 沒(méi)有顯著差異( 圖 2 )就此掀開。與 MM 試劑盒 ( orf1ab?;?P?<?0.00001?,?N?;?_P?<?_0.00001?,?S?;?P?=?0.00148?)和OT?-?2內(nèi)部_方案(?orf1ab?;?P?<?0.00001, N;?P =?0.00008, S;?P =?0.00252)相比，MM_{內(nèi)部方案在所有靶標(biāo)中的 Cts 確實(shí)顯}著較低今年。

圖 2.箱線圖顯示使用 MM_試劑盒穩步前行、OT-2_內(nèi)部方法和 MM_{內(nèi)部方法獲得的}orf1ab?、S 和 N 目標(biāo)的 Ct 值分布動手能力。y 軸顯示擴(kuò)增循環(huán) (Ct)逐步改善。顯示每個(gè)數(shù)據(jù)集上的數(shù)據(jù)點(diǎn)數(shù)量。

使用 MM_試劑盒提升、OT-2_{內(nèi)部試劑盒}和 MM_{內(nèi)部試劑盒對(duì)}orf1ab靶標(biāo)的中位擴(kuò)增循環(huán) (CI:95%)分別為 35.53 (33.82–36.36)大大提高、35.58 (34.33–36.21) 和 34.8 (33.71–35.29)。對(duì)于 S 基因研究成果，中位擴(kuò)增循環(huán) (CI:95%) 為 30.16 (28.56–33.08)取得了一定進展、31.32 (29.22–32.88) 和 31.07 (29.36–32.90)；對(duì)于 N 靶標(biāo)大面積，中位擴(kuò)增循環(huán) (CI:95%) 為 34.83 (33.93–35.97)積極參與、34.64 (33.42–35.29) 和 34.28 (33.52–35.10)。

開(kāi)采成本和實(shí)際操作時(shí)間

_{使用 OT-2內(nèi)部}協(xié)議提取 96 個(gè)樣本的核酸有望，總成本為 107 歐元（試劑 37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具 70 歐元）進一步推進，實(shí)際操作時(shí)間為 10 分鐘，提取時(shí)間為 3 個(gè)半小時(shí)（腳本每次運(yùn)行處理 48 個(gè)樣本方案，因此必須完成兩次）應用的選擇。MM_內(nèi)部成本為 66 歐元（試劑 37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具 29 歐元），MM 試劑_盒成本為 472 歐元（試劑 443 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具 29 歐元）左右。兩種協(xié)議的實(shí)際操作時(shí)間均為 40 分鐘背景下，提取時(shí)間均為 30 分鐘。值得注意的是傳承，雖然 96 個(gè)樣本的 OT-2 協(xié)議比 MM_內(nèi)部協(xié)議貴 40 歐元等特點，但所需的初始投資明顯較低，OT-2 系統(tǒng)（包括模塊和移液器）約為 10,000 歐元多種，MagMAX ^TM系統(tǒng)約為 50,000 歐元將進一步。

討論

本文介紹了兩種低成本病毒 RNA 提取和臨床樣本 SARS-CoV-2 檢測(cè)方法，其性能與商用試劑盒相當(dāng)發展成就。盡管內(nèi)部方案提取 DNA 對(duì)照的效率低于商用試劑盒成就，但在臨床樣本中，整體靈敏度并未受到影響開展面對面，這可能是因?yàn)閮?nèi)部方案使用更大的樣本起始量來(lái)彌補(bǔ)較低的效率系統。

設(shè)置 OT-2 系統(tǒng)進(jìn)行 RNA 提取需要對(duì)沒(méi)有經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)進(jìn)行密集編程，但提供了一種經(jīng)濟(jì)高效的替代方案進一步提升，能夠在一次運(yùn)行中提取 48 個(gè)樣本空間廣闊。這項(xiàng)工作中使用的腳本已上傳到開(kāi)放訪問(wèn)軟件存儲(chǔ)庫(kù) GitHub營造一處，在那里可以找到許多用于這些和類(lèi)似應(yīng)用程序的協(xié)議。這應(yīng)該有助于其他工作人員避免或減少編程步驟知識和技能。該協(xié)議幾乎不需要?jiǎng)邮謺r(shí)間取得顯著成效，并且使用容易獲得的試劑。此外實現，與其他提取系統(tǒng)相比不容忽視，該設(shè)備所需的投資較低，使其適用于中低資源設(shè)施服務體系。MagMAX?^TM?Express-96 是一種快速說服力、半自動(dòng)設(shè)備，每次運(yùn)行能夠提取 96 個(gè)樣本分析。MM_試劑盒提供用于滅活新體系、裂解、洗滌和洗脫的試劑發展機遇，可以以具有競(jìng)爭(zhēng)力的成本用于不同的基質(zhì)和樣品類(lèi)型長效機製。另一方面，MM_內(nèi)部協(xié)議利用該系統(tǒng)的半開(kāi)放方法全技術方案，用其他化學(xué)品替代商業(yè)解決方案，使其更具成本效益共享。在這兩種情況下信息化，都必須手動(dòng)準(zhǔn)備深孔板、緩沖液和樣品生動，這會(huì)增加總提取時(shí)間和操作錯(cuò)誤風(fēng)險(xiǎn)新型儲能。這兩種內(nèi)部協(xié)議的主要缺點(diǎn)是，當(dāng)處理粘稠樣品時(shí)新品技，粘液範圍、高粘性多糖、白細(xì)胞紮實做、紅細(xì)胞空間廣闊、血紅蛋白、蛋白酶和含有大量細(xì)胞核酸的細(xì)胞碎屑會(huì)阻礙 RNA 提取或抑制 PCR 反應(yīng) [?10-12?]?提供深度撮合服務。為了部分克服這個(gè)問(wèn)題服務品質，可以在提取前對(duì)樣品進(jìn)行加熱和渦旋或離心，但這會(huì)增加動(dòng)手時(shí)間和響應(yīng)時(shí)間組成部分。當(dāng)使用_內(nèi)部MM時(shí)影響，洗脫樣品在某些情況下可能含有痕量的磁珠，但這不會(huì)影響 RT-PCR 反應(yīng)的性能的過程中。

在這三個(gè)系統(tǒng)中發展契機，陰性對(duì)照在所有情況下均為陰性廣泛關註，表明在這些系統(tǒng)中處理原始樣本時(shí)不存在交叉污染問(wèn)題。不過(guò)發力，與非自動(dòng)化系統(tǒng)一樣優勢領先，應(yīng)采取預(yù)防措施，將 PCR 前和 PCR 后操作分開(kāi)持續創新。如果使用 OT-2 模塊設(shè)置 PCR 后反應(yīng)（例如測(cè)序）改善，則不應(yīng)使用它從樣本中提取核酸，除非徹底凈化喜愛。

研究?jī)?yōu)勢(shì)和局限性

這項(xiàng)研究的主要優(yōu)勢(shì)在于重要的角色，這些方法都是在臨床微生物實(shí)驗(yàn)室中用真實(shí)樣本進(jìn)行測(cè)試的。方法之間的比較并不系統(tǒng)向好態勢，這是一個(gè)重要的限制平臺建設。事實(shí)上，設(shè)計(jì)的目的是優(yōu)化每個(gè)系統(tǒng)的結(jié)果貢獻力量，因此輸入是不同的使用。系統(tǒng)地探索輸入樣本量以及其他試劑量將是有益和有益的，但這超出了這項(xiàng)研究的目的發行速度，即比較臨床實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中系統(tǒng)與真實(shí)樣本的性能更加堅強。

結(jié)論

總之，這里介紹的兩種內(nèi)部核酸提取方法可有效實(shí)現(xiàn) SARS-CoV-2 的高通量診斷性能，且成本僅為其他商業(yè)試劑盒的一小部分初步建立，且不損失靈敏度。