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2023 年 02 月 22 日

Retro Biosciences使用OT-2自動(dòng)化單細(xì)胞RNA測(cè)序文庫制備

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序能夠以單細(xì)胞為單位進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析處理方法,這項(xiàng)研究可以讓我們進(jìn)一步了解一些稀有且貴重的細(xì)胞群。盡管單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)的使用越來越廣泛影響力範圍,但這項(xiàng)技術(shù)的成本仍然相當(dāng)昂貴。除了測(cè)序平臺(tái)和每次單獨(dú)運(yùn)行的成本外,文庫制備步驟既昂貴又費(fèi)力。然而優勢領先,把文庫制備步驟進(jìn)行自動(dòng)化可以有效減少實(shí)驗(yàn)結(jié)果的變異性,同時(shí)節(jié)約研究人員的寶貴時(shí)間共創美好,解放他們的雙手推動並實現,讓科研人員能有更多時(shí)間用來來設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)或分析數(shù)據(jù)。

目前覆蓋範圍,市面上能實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞RNA測(cè)序的自動(dòng)化文庫制備成本高達(dá) 26萬美元優化程度,昂貴的成本已經(jīng)超出了市面上大部分小型研究實(shí)驗(yàn)室的預(yù)算。為了向更多實(shí)驗(yàn)室提供這項(xiàng)自動(dòng)化技術(shù)奮勇向前,Retro Biosciences 成功“破解”了 Opentrons 的 OT-2 自動(dòng)化移液平臺(tái)不斷豐富,使其能夠?qū)崿F(xiàn)自動(dòng)化文庫制備功能,同時(shí)成本僅為 2.6萬美元組建!節(jié)約了10倍的啟動(dòng)成本各有優勢。

Retro Biosciences?是一家位于加州的生物醫(yī)藥公司,專注于血漿療法重要的意義、細(xì)胞重編程和細(xì)胞自噬研究持續。

Retro Bio's OT-2, hacked to perform scRNAseq at a fraction of the cost
Retro Bio 使用OT-2 進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序文庫制備(圖片由 Retro Biosciences 的 Ben 提供)

Q: 請(qǐng)簡單介紹一下Retro Biosciences 公司?
A: Retro Biosciences 的成立最初是一家臨床治療藥物研發(fā)公司再獲,后來主要業(yè)務(wù)是開發(fā)預(yù)防性藥物來解決細(xì)胞衰老問題產品和服務。大多數(shù)研究衰老的生物學(xué)公司都專注于單一的衰老機(jī)制,而 Retro Biosciences 是一家多項(xiàng)目公司體驗區,我們努力探索的三種療法有:細(xì)胞重編程前景、自噬和血漿啟發(fā)療法。我們了解到醫(yī)院接待的病人中有 80% 以上的疾病負(fù)擔(dān)源自于衰老機(jī)制進行探討,因此我們希望找到能直接解決這些問題的療法落到實處,幫助更多病人服務水平。

Q:?自動(dòng)化如何幫助您實(shí)現(xiàn)目標(biāo)?
A: 機(jī)器自動(dòng)化是不知疲倦的技術創新,可以持續(xù)性工作處理方法,同時(shí)自動(dòng)化的效率顯著超越人工。我們正在探索未知的生物學(xué)持續向好,其中一些探索涉及到的參數(shù)以及參數(shù)組合非常廣泛習慣,如果繼續(xù)讓科研人員使用手動(dòng)的方式進(jìn)行實(shí)驗(yàn),我認(rèn)為這是對(duì)研究者科學(xué)頭腦的一種浪費(fèi)進展情況。

Q: 您為自動(dòng)化單細(xì)胞RNA測(cè)序的文庫制備創(chuàng)建了一個(gè)非车姆e極性?崆曳浅?shí)惠的解決方案。請(qǐng)告訴我們您創(chuàng)造這個(gè)方案的初衷至關重要,以及您是如何做到的不久前?
A: 文庫制備對(duì)我們來說是一個(gè)入門項(xiàng)目。自動(dòng)化的最大優(yōu)勢(shì)是你可以將那些固有的提升行動、大量重復(fù)的能力建設、最不希望出錯(cuò)的環(huán)節(jié)自動(dòng)運(yùn)作起來,節(jié)約時(shí)間研究進展,減少人工失誤無障礙。我們?cè)谶@里做了很多單細(xì)胞RNA測(cè)序。每一次測(cè)序我們需要面臨的分析和研究任務(wù)都很重快速融入,因此我們必須開發(fā)新的軟件功能(例如液位特定移液)和硬件功能(例如改進(jìn)的磁珠分離系統(tǒng))認為,它使我們能夠直觀地審查協(xié)議中的所有步驟,以發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤并驗(yàn)證質(zhì)量增強。

Q: 您在 Github?上發(fā)表了這項(xiàng)工作重要意義,引發(fā)了不錯(cuò)的反響自主研發, 您為什么決定公開這項(xiàng)工作?
A:?對(duì)我們來說增持能力,在廣泛的生物學(xué)研究中降低科研成本對(duì)社會(huì)的好處處理,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了我們對(duì)同行的競(jìng)爭關(guān)系的狹隘擔(dān)憂。我們希望有更多從事同類研究的科研者可以從自動(dòng)化中獲益重要部署。

Retro Biosciences 通過展示Opentrons開源自動(dòng)化移液系統(tǒng)創(chuàng)造了屬于自己的單細(xì)胞測(cè)序文庫制備自動(dòng)化流程,幫助了更多研究單細(xì)胞測(cè)序的實(shí)驗(yàn)室能夠啟動(dòng)自動(dòng)化,提升他們的研究效率應用領域。我們的開源自動(dòng)化程序可以通過編程來完成研究人員需要的任何事情,同時(shí)把成本控制在較低的范圍內(nèi)深入闡釋。我們被 Retro Biosciences 引領(lǐng)的創(chuàng)新所震撼相關性,期待他們未來的持續(xù)創(chuàng)新。

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