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文庫定量的常見方法與技巧
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體外DNA擴增技術(shù)
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在探索高通量測序(NGS)的廣闊領(lǐng)域中,文庫定量作為確保測序數(shù)據(jù)質(zhì)量與深度的關(guān)鍵環(huán)節(jié),扮演著至關(guān)重要的角色發展的關鍵。這一步驟不僅關(guān)乎實驗的成功與否應用領域,還直接影響到后續(xù)生物信息學(xué)分析的準確性和可靠性。隨著技術(shù)的不斷進步,文庫定量的方法日益多樣化,每種方法都各具特色,適用于不同的實驗場景和需求支撐作用。
一、文庫定量的重要性
1動力、確保測序數(shù)據(jù)質(zhì)量:文庫定量可以確保測序儀上載入的DNA文庫量適中同時,從而避免文庫濃度過高導(dǎo)致的低質(zhì)量測序數(shù)據(jù)或文庫濃度過低導(dǎo)致的測序數(shù)據(jù)產(chǎn)量不足。
2效高性、穩(wěn)定產(chǎn)出各樣本數(shù)據(jù)量:在多個文庫合并測序時模式,文庫定量有助于根據(jù)測序數(shù)據(jù)量的要求混合相應(yīng)摩爾量的文庫,以穩(wěn)定產(chǎn)出各樣本數(shù)據(jù)量提升。
二高品質、常見方法
1、紫外分光光度法
(1)原理:核酸(包括DNA和RNA)中的堿基含有芳香環(huán)結(jié)構(gòu)支撐能力,因此具有紫外吸收的特性資源優勢。核酸的紫外吸收峰在260nm處,與此同時特征更加明顯,還能通過計算A260/A280和A260/A230的數(shù)值估算,估計核酸的純度(280nm吸光通常來自蛋白質(zhì),而230nm則通常來自糖類和苯酚等)的可能性。
(2)缺點:無法區(qū)分DNA和RNA不要畏懼,因為具有紫外吸收的結(jié)構(gòu)是核酸的堿基,而DNA和RNA均含有堿基問題,因此當(dāng)一份樣品同時含有DNA和RNA的時候逐漸顯現,測定濃度會高于其真實濃度。
2緊密相關、熒光染料法
(1)原理:使用靶標(biāo)特異性染料更默契了,該染料可以特異地與不同種類的核酸鏈相結(jié)合,并在特定波長光源的激發(fā)下發(fā)出熒光培訓。其中,結(jié)合了核酸的熒光染料相比那些游離的宣講手段,信號可增幅數(shù)十倍至數(shù)百倍重要工具,因此可以和背景區(qū)分開來積極拓展新的領域。
(2)操作:將待測DNA樣品與熒光染料混合,熒光染料會與DNA結(jié)合更優質,形成熒光復(fù)合物競爭力所在。然后將混合物放入Qubit測量儀器中,儀器會通過激光激發(fā)熒光復(fù)合物領域,使其發(fā)出熒光信號溝通機製。Qubit測量儀器會根據(jù)熒光信號的強度自動計算出DNA的濃度。
(3)優(yōu)點:靈敏度高註入新的動力,操作簡便快速領先水平,檢測流程高效,可以輕松地分析數(shù)十個樣本雙重提升,內(nèi)置的分析軟件簡化了數(shù)據(jù)計算戰略布局,在檢測結(jié)束后立即呈現(xiàn)文庫濃度。
(4)缺點:當(dāng)樣本增加到20~30個以上時表現明顯更佳,此種檢測方法不太適用狀態;檢測的準確度略低,結(jié)果一般不作為終濃度用于上機指導。
3廣泛認同、實時熒光定量PCR法(qPCR)
(1)原理:利用熒光檢測技術(shù)與PCR技術(shù)相結(jié)合,在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團流動性,通過實時監(jiān)測整個PCR過程中熒光信號的變化情況鍛造,反映濃度的變化,最后通過已知濃度的標(biāo)準曲線計算未知樣品的濃度追求卓越,以達到準確定量文庫濃度逐漸完善。
(2)優(yōu)點:特異引物僅會定量兩端接頭連接完整的文庫,可排除單端或雙端都不連接接頭的不可測序文庫的干擾合理需求,準確度高是目前主流,是目前業(yè)內(nèi)進行文庫定量推薦的方法,適用于測量珍貴樣本以及文庫上機pooling前的精準定量高質量。
(3)缺點:成本較高充分發揮。
三、技巧
1管理、消除和避免核酸污染:文庫定量使用的Standards濃度從高到低設計,高濃度Standards容易對環(huán)境造成核酸污染,從而影響陰性對照和低濃度Standards的結(jié)果改進措施。因此就此掀開,做文庫定量的實驗室需要定期除核酸〗衲??梢栽趯嶒灱夹g(shù)后不斷豐富,用紫外處理實施體系,將環(huán)境中的核酸氧化。
2各有優勢、文庫稀釋驗證:文庫建議稀釋2個梯度效果較好,相互驗證。說明書上建議是10000倍和20000倍持續,在具體實驗操作時設(shè)置2個梯度濃度相差10倍也可以等多個領域。要注意的是10000倍和20000倍得出的Ct值的差應(yīng)該為1附近,可以在0.951.05之間產品和服務,10000倍和100000倍得出的Ct值差在3.34附近應用擴展,可以在3.23.5之間,如果超出這兩個區(qū)間前景,則2個梯度的誤差會比較大進一步意見,這種誤差有可能是稀釋不準引起。
3共享應用、排除擴增效率影響:當(dāng)計算的結(jié)果出來生產能力,發(fā)現(xiàn)文庫稀釋成2個梯度所獲得的濃度偏差較大時,可能是由于稀釋不準示範推廣,或者該文庫的擴增效率較低堅持好,導(dǎo)致△Ct偏大。此時大幅增加,可以將這個文庫做4~5個10倍稀釋梯度特性,上機,根據(jù)上機的Ct值計算擴增效率等特點,從而排除擴增效率的因素建言直達。
文庫定量作為高通量測序流程中的關(guān)鍵環(huán)節(jié),其重要性不言而喻將進一步。通過合理選擇定量方法和靈活應(yīng)用定量技巧充分發揮,科研人員能夠更加精準地掌握文庫的質(zhì)量信息,為后續(xù)的生物信息學(xué)分析和科學(xué)研究奠定堅實的基礎(chǔ)成就。
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