背景

已經(jīng)評(píng)估了兩種用于從鼻咽拭子中高通量提取 RNA 以檢測 SARS-CoV-2 的自動(dòng)化內(nèi)部協(xié)議意料之外。

方法

在 10 天內(nèi)收集了 141 個(gè) SARS-CoV-2 陽性樣本求得平衡。內(nèi)部協(xié)議基于磁珠提取，設(shè)計(jì)用于 Opentrons OT-2（OT-2_內(nèi)部）液體處理機(jī)器人或 MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（MM_{內(nèi)部）設計。兩種協(xié)議均與使用 MagMAX} ^TM系統(tǒng)（MM_試劑盒）的商業(yè)試劑盒并行測試高效。核酸提取效率是根據(jù) SARS-CoV-2 DNA 陽性對(duì)照計(jì)算的配套設備。

結(jié)果

在檢測陽性樣本方面，內(nèi)部方案和商用試劑盒之間沒有發(fā)現(xiàn)顯著差異可能性更大。MM 試劑_盒效率最高部署安排，盡管_{內(nèi)部 MM 試劑盒}的平均 Ct 值低于其他兩種試劑盒。與商用試劑盒相比共享應用，內(nèi)部方案每提取 96 個(gè)樣本可節(jié)省 350 歐元至 400 歐元生產能力。

結(jié)論

所述協(xié)議利用易于獲得的試劑和開源液體處理系統(tǒng)，適用于高通量設(shè)施中的 SARS-CoV-2 檢測示範推廣。

引用： Lázaro-Perona F最為顯著、Rodriguez-Antolín C大數據、Alguacil-Guillén M、Gutiérrez-Arroyo A、Mingorance J勃勃生機、García-Rodriguez J 等人。 （2021）評(píng)估兩種用于 SARS-CoV-2 檢測的自動(dòng)化低成本 RNA 提取方案顯著。 PLoS ONE 16(2): e0246302技術節能。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246302

編輯： AM Abd El-Aty，埃及開羅大學(xué)

收稿日期： 2020 年 11 月 5 日將進一步；接受日期： 2021 年 1 月 15 日充分發揮；發(fā)表日期： 2021 年 2 月 16 日

版權(quán)所有：?? 2021 Lázaro-Perona 等人。這是一篇開放獲取的文章成就，根據(jù)知識(shí)共享署名許可條款分發(fā)重要方式，允許在任何媒體中不受限制地使用、分發(fā)和復(fù)制系統，前提是注明原作者和出處非常重要。

數(shù)據(jù)可用性：所有相關(guān)數(shù)據(jù)均在論文及其支持信息文件中。

資金：作者未收到此項(xiàng)工作的特定資金資助提升。

競爭利益：作者已聲明不存在競爭利益高品質。

介紹

SARS-CoV-2 疫情要求大規(guī)模使用 qPCR 檢測，以發(fā)現(xiàn)陽性病例并追蹤接觸者支撐能力，從而阻止社區(qū)傳播資源優勢。在 qPCR 檢測之前，通常需要對(duì)臨床樣本進(jìn)行 RNA 提取 [?1-4?]」浪?？紤]到每天檢測的樣本數(shù)量講理論，大多數(shù)機(jī)構(gòu)無法采用手動(dòng) RNA 提取方法，因此不要畏懼，自動(dòng)化系統(tǒng)被廣泛用于此任務(wù) [?5-7?] 服務為一體。自動(dòng)化系統(tǒng)的缺點(diǎn)是，它顯著增加了最終成本保持競爭優勢，這可能會(huì)阻礙某些地區(qū)的大規(guī)模檢測進行培訓。此外，由于需求增加長效機製，提取試劑的庫存短缺導(dǎo)致診斷嚴(yán)重延遲法治力量。

本文介紹了兩種低成本的自動(dòng) RNA 提取方法。第一種方法使用 OT-2 系統(tǒng)（Opentrons分享，紐約州紐約市共享，美國），這是一種能夠自動(dòng)執(zhí)行自行設(shè)計(jì)方案的開源液體處理機(jī)器人方式之一；第二種方法使用快速且易于使用的核酸提取儀 MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（Thermo Fisher Scientific生動，馬薩諸塞州沃爾瑟姆，美國）創新能力。后者可在 30 分鐘內(nèi)提取多達(dá) 96 個(gè)樣本新品技，但需要事先手動(dòng)分配試劑、磁珠和 96 孔板中的樣本溝通機製，這會(huì)增加 30 分鐘好宣講。作為替代方案，OT-2_內(nèi)部方案可以完全自動(dòng)化地在 104 分鐘內(nèi)處理多達(dá) 48 個(gè)樣本領先水平。

方法

樣品采集

在十天內(nèi)，收集了 141 份連續(xù)的 SARS-CoV-2 陽性鼻咽拭子，這些拭子帶有病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基（西班牙巴塞羅那 Deltalab）戰略布局，并儲(chǔ)存在 4°C 下事關全面。處理前，將 500 μL 病毒培養(yǎng)基和 500 μL 4M 異硫氰酸胍 (GTC)（德國希爾登 Qiagen）與 5 μg/mL 載體 RNA 混合狀態，使樣品失活技術節能，然后將樣品在 80°C 下加熱 2 分鐘，并短暫渦旋混合廣泛認同。

設(shè)備和試劑

核酸自動(dòng)提取采用兩種系統(tǒng)：MagMAX ^TM Express-96 深孔磁粉處理器（King Fisher Instrument國際要求，Thermo Fisher Scientific，美國馬薩諸塞州沃爾瑟姆）和開放式系統(tǒng) OT-2（Opentrons鍛造，美國紐約州紐約）競爭激烈，配有 GEN1 磁模塊（Opentrons持續創新，美國紐約州紐約）和內(nèi)部協(xié)議。兩種系統(tǒng)均使用 MagMAX? Express 96 板和深孔板（Thermo Fisher Scientific空白區，美國馬薩諸塞州沃爾瑟姆）協調機製。

核酸提取采用三種方法：1）根據(jù)制造商的說明，使用 MagMAX?^TM和商用 MagMAX CORE 核酸純化試劑盒 (MM_{試劑盒)（Thermo Fisher Scientific開放要求，美國馬薩諸塞州沃爾瑟姆）向好態勢；2）OT-2 系統(tǒng)采用通用試劑（OT-2內(nèi)部}），例如乙醇（Emsure?服務機製，Merck KGaA貢獻力量，德國達(dá)姆施塔特）、2-丙醇（Emsure?薄弱點，Merck KGaA覆蓋範圍，德國達(dá)姆施塔特）、洗脫緩沖液（Omega BIO-TEK積極性，美國佐治亞州諾克羅斯）、無核酸酶水（Ambion?^TM不斷豐富，Thermo Fisher Scientific實施體系，美國馬薩諸塞州沃爾瑟姆）和磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek各有優勢，美國佐治亞州諾克羅斯）效果較好；3）MagMAX?^TM采用與商用試劑盒相同的協(xié)議，但使用 OT-2 方法中的試劑（MM_內(nèi)部）持續。內(nèi)部協(xié)議是 Hui He 等人描述的程序的修改版[8]等多個領域。簡而言之，將滅活的呼吸道樣本以 1:1 的比例與異丙醇混合產品和服務，至最終體積為 500 μl（_{內(nèi)部OT-2）和 1000 μL（內(nèi)部}MM）應用擴展，加入 40 μL 磁珠并在室溫下孵育 5 分鐘。接下來增多，用磁鐵將磁珠拉到管的一側(cè)并棄去上清液活動上。然后用 500 μL 新鮮制備的 70% 乙醇洗滌磁珠兩次。第二次洗滌后進一步推進，棄去 70% 乙醇并在室溫下風(fēng)干磁珠導向作用。最后，將珠子重新懸浮在 100 μL 洗脫緩沖液中并再次用磁鐵分離以回收洗脫的病毒 RNA（表1）應用的選擇。

表 1.所評(píng)估的三個(gè)方案中使用的步驟十大行動、試劑和體積（μL）。

協(xié)議設(shè)計(jì)和驗(yàn)證

MM_試劑盒協(xié)議：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板背景下，一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 1綜合措施，另一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 2傳承。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板，每個(gè)孔裝有 90μL MagMAX? CORE Elution Buffer的積極性。
2. 每個(gè)樣品準(zhǔn)備 20μL MagMAX? CORE 磁珠和 10μL MagMAX? CORE 蛋白酶 K 的混合物（珠子/PK 混合物）綠色化發展。
3. 為每個(gè)樣品準(zhǔn)備 300μL MagMAX? CORE 裂解溶液和 300μL MagMAX? CORE 結(jié)合溶液的混合物（裂解/結(jié)合溶液）。
4. 在深孔板中每孔分配 30μL 珠子/PK 混合物不久前、700μL 裂解/結(jié)合溶液和 200μL 樣品用上了。
5. 將所有板放入系統(tǒng)并運(yùn)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96。

MM_內(nèi)部協(xié)議：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板能力建設，每個(gè)孔加入 500μL 70% 乙醇關註。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板，每個(gè)孔加入 90μL 洗脫緩沖液（Omega BIO-TEK無障礙，美國佐治亞州諾克羅斯）連日來。
2. 在深孔板中每孔分配 40 μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek認為，美國佐治亞州諾克羅斯）系統、500 μL 異丙醇和 500 μL 樣品。
3. 將所有板放入系統(tǒng)并運(yùn)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96重要意義。

OT-2_內(nèi)部協(xié)議：

1. 將 40μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS交流等，Omega Bio-Tek，美國佐治亞州諾克羅斯）規劃、250μL 異丙醇和 250μL 樣品分裝到深孔板中提高。用移液器吹打五次混勻，室溫下孵育 5 分鐘進入當下。
2. 激活GEN1磁性模塊4分鐘紮實。
3. 收集上清液并棄去。
4. 加入500μL 70%乙醇新體系，收集并丟棄投入力度。
5. 加入500μL 70%乙醇，收集并丟棄長效機製。
6. 風(fēng)干 4 分鐘法治力量。
7. 關(guān)閉GEN1磁性模塊并添加100μL洗脫緩沖液（Omega BIO-TEK，美國佐治亞州諾克羅斯）分享。
8. 30秒后打開GEN1磁性模塊共享。
9. 90秒后收集上清液并轉(zhuǎn)移至96孔微量滴定板。

樣品輸入量是自動(dòng)移液系統(tǒng)允許的最大量方式之一，其他試劑的量也不同解決方案，因此三種方法的輸入量不同

OT-2內(nèi)部協(xié)議是根據(jù) Opentrons 說明用 Python 編寫的。腳本已存放在 GitHub 存儲(chǔ)庫中

為了驗(yàn)證內(nèi)部核酸提取方案的性能有力扭轉，使用 DNA 陽性對(duì)照 TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒 v1（賽默飛世爾科技上高質量，美國馬薩諸塞州沃爾瑟姆）制作了標(biāo)準(zhǔn)一站式服務、低和極低病毒載量的模擬樣本。對(duì)照試劑盒的濃度為 1 x 10 ⁴拷貝/μL深入交流。標(biāo)準(zhǔn)病毒載量樣本的制備方法是將 10 μL 陽性對(duì)照與 490 μL 病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基和 500 μL GTC 混合引領作用。低和極低病毒載量的制備方式相同，但使用陽性對(duì)照的十倍連續(xù)稀釋液臺上與臺下。所有模擬樣本均制備三份用的舒心，并與_內(nèi)部OT-2 、MM_{試劑盒和內(nèi)部}MM并行處理集聚效應，然后使用 TaqMan 2019-nCoV 檢測試劑盒 v1 進(jìn)行 qPCR 測試集成。標(biāo)準(zhǔn)、低和極低病毒載量的模擬樣本中陽性對(duì)照的最終濃度分別為 1 x 10 ⁶拷貝/mL互動講、1 x 10 ⁵拷貝/mL 和 1 x 10 ⁴拷貝/mL穩定性。所有運(yùn)行均包括陰性對(duì)照。

通過將模擬樣本中陽性對(duì)照的 Ct 值 (Ct _ss ) 與直接從庫存制備的陽性對(duì)照的 Ct 值進(jìn)行比較來計(jì)算核酸提取效率過程中，校正量以匹配稀釋因子和每個(gè)方案中使用的初始樣本量 (Ct _pc ) (R = 2 ^-ΔCt = 2 ^-(Ctss-Ctpc) )去突破。

定量PCR

使用針對(duì)orf1ab、刺突 (S)重要部署、核衣殼 (N) 和人 RNaseP 基因的 TaqMan 2019-nCoV 檢測試劑盒 v1 以及作為陽性對(duì)照的 TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒 v1具體而言，按照制造商推薦的 qPCR 條件對(duì) SARS-CoV-2 病毒 RNA 進(jìn)行核酸擴(kuò)增。所有 qPCR 檢測均在 CFX96 Touch 實(shí)時(shí) PCR 檢測系統(tǒng) (Bio-Rad智慧與合力，美國加利福尼亞州赫拉克勒斯) 中進(jìn)行。為了減少檢測間差異重要的角色，提取的核酸樣本使用另一個(gè) OT-2 模塊自動(dòng)分配到 qPCR 試紙中開放要求。

統(tǒng)計(jì)分析

成對(duì)比較了這三種方案。使用 McNemar 檢驗(yàn)來比較它們將樣本分配為陽性或陰性的表現(xiàn)平臺建設。Ct 值不呈正態(tài)分布服務機製，因此使用 Wilcoxon 符號(hào)秩檢驗(yàn)來比較每個(gè)目標(biāo)的 Ct 值。對(duì)于每個(gè)目標(biāo)使用，僅考慮通過這三種方法擴(kuò)增的樣本大幅拓展。使用 bootstrap 方法計(jì)算中位置信區(qū)間。

所有統(tǒng)計(jì)測試均采用 IBM SPSS Statistics 24.0.0.0 軟件包（SPSS Inc.更加堅強，美國伊利諾伊州芝加哥）執(zhí)行緊迫性。

結(jié)果

提取方案的效率

通過提取用模擬不同病毒載量的 SARS-CoV-2 陽性對(duì)照制備的模擬樣本，將兩種內(nèi)部方案的核酸提取效率與 MM_{試劑盒方案進(jìn)行了比較更適合。MM試劑盒}和 OT-2_內(nèi)部方案成功擴(kuò)增了所有具有標(biāo)準(zhǔn)病毒載量的模擬樣本中的orf1ab高效、S 和 N 靶標(biāo)。對(duì)于這些樣本要素配置改革，所有重復(fù)和基因的平均提取效率為 MM_{試劑盒33.9%（SD：13.8）體系，OT-2內(nèi)部}方案19.6%（SD：2.2）保障性，MM_{內(nèi)部方案}16.0%（SD：5.03） 。

在低病毒載量模擬樣本中責任製，MM_試劑盒無法擴(kuò)增所有樣本中的 S 靶標(biāo)十分落實，也無法擴(kuò)增其中一個(gè)重復(fù)樣本中的 N 靶標(biāo)，而 OT-2_內(nèi)部和 MM_內(nèi)部檢測出了所有基因規則製定。最后製造業，MM_試劑盒和 OT-2_內(nèi)部方案無法擴(kuò)增極低病毒載量樣本，除了一個(gè)重復(fù)樣本發揮效力，其中 N 基因可以通過 OT-2_內(nèi)部方案擴(kuò)增新格局，但 MM_內(nèi)部可以檢測到所有樣本中的陽性對(duì)照，其中一個(gè)樣本含有三個(gè)靶標(biāo)安全鏈，一個(gè)樣本含有 orf1ab和N 靶標(biāo)顯示，最后一個(gè)樣本含有orf1ab靶標(biāo)（S1 表）。

臨床呼吸道樣本的核酸提取

收集的 141 份陽性臨床樣本同時(shí)使用 MM_試劑盒真正做到、OT-2_內(nèi)部方法和 MM_內(nèi)部方法進(jìn)行核酸提取科普活動，并通過 qPCR 檢測洗脫的 SARS-CoV-2 RNA。記錄每個(gè)目標(biāo)的陽性/陰性結(jié)果和擴(kuò)增循環(huán)閾值 (Ct)強化意識。根據(jù)制造商的說明長期間，當(dāng)三個(gè)目標(biāo)區(qū)域中至少一個(gè)擴(kuò)增且 Ct<40 時(shí)，樣本被視為陽性現場。所有運(yùn)行中包括的陰性對(duì)照在所有情況下均產(chǎn)生陰性 PCR 結(jié)果高端化。

141 個(gè)樣本中，123 個(gè)樣本通過至少一種提取方法檢測出 SARS-CoV-2 陽性我有所應，而 18 個(gè)樣本通過三種方法檢測均為陰性提單產。這可能是由于樣本在采集期間降解所致，因?yàn)樗鼈円言?4°C 下儲(chǔ)存了約 48 小時(shí) [9]至關重要。按方法分類發展空間，114 個(gè)樣本使用 MM_{試劑盒檢測呈陽性，111 個(gè)樣本使用內(nèi)部}OT-2 檢測呈陽性應用的因素之一，118 個(gè)樣本使用_內(nèi)部MM 檢測呈陽性解決。成對(duì)比較發(fā)現(xiàn)它們檢測 SARS-CoV-2 的性能沒有顯著差異（MM_試劑盒Vs OT-2_內(nèi)部，P =?0.5465敢於監督；MM_試劑盒Vs MM_內(nèi)部幅度，P =?0.3865；OT-2_內(nèi)部Vs MM_內(nèi)部更合理，P =?0.0961）適應能力。18 個(gè)樣本通過三種方法中的一些方法檢測呈陰性。這些具有較高的 Ct 值各方面，?orf1ab和 N 靶標(biāo)的中值分別為 38.68 和 38.19（在這些樣本中防控，S 靶標(biāo)未通過任何方法擴(kuò)增）成效與經驗。比較所有方法和靶標(biāo)的成對(duì)線性回歸和相關(guān)性分析顯示 R?²值在 0.85 和 0.95 之間，Bland-Altman 分析表明在整個(gè) Ct 范圍內(nèi)一致性是一致的（S1 圖）堅實基礎。

_{在使用 MM試劑盒}提取的樣本中稍有不慎，43% 可檢測到三個(gè)靶標(biāo)（orf1ab 、 N 和 S ）等地，在使用_內(nèi)部OT-2 提取的樣本中最為顯著，49%可檢測到，_{在使用內(nèi)部}MM 提取的樣本中規定，49% 可檢測到（圖 1）環境。在 34%、39% 和 30% 的樣本中檢測到了orf1ab和 N 靶標(biāo)高質量，在 19%相對簡便、10% 和 17% 的樣本中僅擴(kuò)增了 N 靶標(biāo)。只有極少數(shù)樣本因單獨(dú)擴(kuò)增orf1ab靶標(biāo)（6）流程、orf1ab?+ S（1）或 N + S（5）靶標(biāo)而被視為陽性合作，并且沒有樣本以 S 基因作為唯一的陽性標(biāo)記。事實(shí)上助力各業，該檢測中的 S 靶標(biāo)明顯缺乏靈敏度極致用戶體驗，并且與診斷決策無關(guān)。使用 OT-2_內(nèi)部協(xié)議檢測到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本占 87%（97 個(gè)樣本）應用，使用 MM_{內(nèi)部協(xié)議檢測到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本占 82%（95 個(gè)樣本）建議，使用 MM試劑盒}檢測到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本占 79%?（90 個(gè)樣本）。

考慮配對(duì)樣本時(shí)講故事，在 orf1ab ( P = 0.437)、N ( P = 0.686) 和 S ( P = 0.794) 靶標(biāo)的 Ct 值中性能穩定，MM 試劑盒和 OT-2 內(nèi)部方案之間的 Cts 沒有顯著差異( 圖 2 )全面革新。與 MM 試劑盒 ( orf1ab?;?P?<?0.00001?,?N?;?_P?<?_0.00001?,?S?;?P?=?0.00148?)和OT?-?2內(nèi)部_方案(?orf1ab?;?P?<?0.00001, N;?P =?0.00008, S;?P =?0.00252)相比，MM_{內(nèi)部方案在所有靶標(biāo)中的 Cts 確實(shí)顯}著較低情況正常。

圖 2.箱線圖顯示使用 MM_試劑盒行業分類、OT-2_內(nèi)部方法和 MM_{內(nèi)部方法獲得的}orf1ab?技術特點、S 和 N 目標(biāo)的 Ct 值分布。y 軸顯示擴(kuò)增循環(huán) (Ct)發展邏輯。顯示每個(gè)數(shù)據(jù)集上的數(shù)據(jù)點(diǎn)數(shù)量凝聚力量。

使用 MM_試劑盒、OT-2_{內(nèi)部試劑盒}和 MM_{內(nèi)部試劑盒對(duì)}orf1ab靶標(biāo)的中位擴(kuò)增循環(huán) (CI:95%)分別為 35.53 (33.82–36.36)聽得進、35.58 (34.33–36.21) 和 34.8 (33.71–35.29)新的力量。對(duì)于 S 基因，中位擴(kuò)增循環(huán) (CI:95%) 為 30.16 (28.56–33.08)便利性、31.32 (29.22–32.88) 和 31.07 (29.36–32.90)全面展示；對(duì)于 N 靶標(biāo)，中位擴(kuò)增循環(huán) (CI:95%) 為 34.83 (33.93–35.97)深刻認識、34.64 (33.42–35.29) 和 34.28 (33.52–35.10)核心技術。

開采成本和實(shí)際操作時(shí)間

_{使用 OT-2內(nèi)部}協(xié)議提取 96 個(gè)樣本的核酸，總成本為 107 歐元（試劑 37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具 70 歐元）高效，實(shí)際操作時(shí)間為 10 分鐘溝通協調，提取時(shí)間為 3 個(gè)半小時(shí)（腳本每次運(yùn)行處理 48 個(gè)樣本，因此必須完成兩次）體系。MM_內(nèi)部成本為 66 歐元（試劑 37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具 29 歐元）保障性，MM 試劑_盒成本為 472 歐元（試劑 443 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具 29 歐元）。兩種協(xié)議的實(shí)際操作時(shí)間均為 40 分鐘責任製，提取時(shí)間均為 30 分鐘新創新即將到來。值得注意的是，雖然 96 個(gè)樣本的 OT-2 協(xié)議比 MM_內(nèi)部協(xié)議貴 40 歐元有序推進，但所需的初始投資明顯較低設施，OT-2 系統(tǒng)（包括模塊和移液器）約為 10,000 歐元，MagMAX ^TM系統(tǒng)約為 50,000 歐元堅定不移。

討論

本文介紹了兩種低成本病毒 RNA 提取和臨床樣本 SARS-CoV-2 檢測方法讓人糾結，其性能與商用試劑盒相當(dāng)。盡管內(nèi)部方案提取 DNA 對(duì)照的效率低于商用試劑盒優勢，但在臨床樣本中適應性強，整體靈敏度并未受到影響，這可能是因?yàn)閮?nèi)部方案使用更大的樣本起始量來彌補(bǔ)較低的效率堅持先行。

設(shè)置 OT-2 系統(tǒng)進(jìn)行 RNA 提取需要對(duì)沒有經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)進(jìn)行密集編程產業，但提供了一種經(jīng)濟(jì)高效的替代方案，能夠在一次運(yùn)行中提取 48 個(gè)樣本情況較常見。這項(xiàng)工作中使用的腳本已上傳到開放訪問軟件存儲(chǔ)庫 GitHub可持續，在那里可以找到許多用于這些和類似應(yīng)用程序的協(xié)議。這應(yīng)該有助于其他工作人員避免或減少編程步驟。該協(xié)議幾乎不需要?jiǎng)邮謺r(shí)間構建，并且使用容易獲得的試劑創新科技。此外，與其他提取系統(tǒng)相比不負眾望，該設(shè)備所需的投資較低高效流通，使其適用于中低資源設(shè)施。MagMAX?^TM?Express-96 是一種快速精準調控、半自動(dòng)設(shè)備功能，每次運(yùn)行能夠提取 96 個(gè)樣本。MM_試劑盒提供用于滅活解決、裂解預期、洗滌和洗脫的試劑，可以以具有競爭力的成本用于不同的基質(zhì)和樣品類型幅度。另一方面結構，MM_內(nèi)部協(xié)議利用該系統(tǒng)的半開放方法，用其他化學(xué)品替代商業(yè)解決方案貢獻，使其更具成本效益規模最大。在這兩種情況下，都必須手動(dòng)準(zhǔn)備深孔板明確了方向、緩沖液和樣品系統性，這會(huì)增加總提取時(shí)間和操作錯(cuò)誤風(fēng)險(xiǎn)。這兩種內(nèi)部協(xié)議的主要缺點(diǎn)是單產提升，當(dāng)處理粘稠樣品時(shí)傳遞，粘液、高粘性多糖勞動精神、白細(xì)胞開展攻關合作、紅細(xì)胞、血紅蛋白預下達、蛋白酶和含有大量細(xì)胞核酸的細(xì)胞碎屑會(huì)阻礙 RNA 提取或抑制 PCR 反應(yīng) [?10-12?]?的有效手段。為了部分克服這個(gè)問題，可以在提取前對(duì)樣品進(jìn)行加熱和渦旋或離心方案，但這會(huì)增加動(dòng)手時(shí)間和響應(yīng)時(shí)間應用情況。當(dāng)使用_內(nèi)部MM時(shí)，洗脫樣品在某些情況下可能含有痕量的磁珠組建，但這不會(huì)影響 RT-PCR 反應(yīng)的性能。

在這三個(gè)系統(tǒng)中特點，陰性對(duì)照在所有情況下均為陰性深刻變革，表明在這些系統(tǒng)中處理原始樣本時(shí)不存在交叉污染問題。不過，與非自動(dòng)化系統(tǒng)一樣質生產力，應(yīng)采取預(yù)防措施適應性強，將 PCR 前和 PCR 后操作分開。如果使用 OT-2 模塊設(shè)置 PCR 后反應(yīng)（例如測序）先進的解決方案，則不應(yīng)使用它從樣本中提取核酸拓展，除非徹底凈化。

研究優(yōu)勢和局限性

這項(xiàng)研究的主要優(yōu)勢在于宣講活動，這些方法都是在臨床微生物實(shí)驗(yàn)室中用真實(shí)樣本進(jìn)行測試的不斷進步。方法之間的比較并不系統(tǒng)，這是一個(gè)重要的限制效率。事實(shí)上規模，設(shè)計(jì)的目的是優(yōu)化每個(gè)系統(tǒng)的結(jié)果，因此輸入是不同的講道理。系統(tǒng)地探索輸入樣本量以及其他試劑量將是有益和有益的發展目標奮鬥，但這超出了這項(xiàng)研究的目的，即比較臨床實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中系統(tǒng)與真實(shí)樣本的性能落地生根。

結(jié)論

總之的特點，這里介紹的兩種內(nèi)部核酸提取方法可有效實(shí)現(xiàn) SARS-CoV-2 的高通量診斷，且成本僅為其他商業(yè)試劑盒的一小部分有效保障，且不損失靈敏度大數據。