摘要
三個(gè)圖書(shū)館準(zhǔn)備工具包-Illumina?DNA準(zhǔn)備工具包幅度，KAPA?超級(jí)準(zhǔn)備工具包和NEBNext?Ultra?II試劑盒-都是通過(guò)Opentrons OT-2自動(dòng)快速和穩(wěn)健地制備下一代測(cè)序的高質(zhì)量文庫(kù)增多。
從lambda和人類基因組DNA中制備了100 ng輸入的文庫(kù)。
觀察到庫(kù)的類似性能結構，用OT-2上的三個(gè)套件準(zhǔn)備的樣本變異性和產(chǎn)量。類似的排序指標(biāo)大數據，如條形碼平衡和序列比對(duì)也觀察到覆蓋范圍效高。

介紹
DNA文庫(kù)的制備是下一步工作的關(guān)鍵步驟代測(cè)序（NGS）增持能力。自動(dòng)化的DNA文庫(kù)制備為構(gòu)建高產(chǎn)測(cè)序文庫(kù)提供了一種簡(jiǎn)化的方法同時(shí)盡量減少實(shí)際操作時(shí)間。在這里同時，我們描述海百合DNA制備自動(dòng)化的效率裝備(伊利互動式宣講，CatNo。20018705)模式，KAPA超級(jí)試劑盒(羅氏?. , CatNo.7962363001)和NEBNext超II試劑盒(新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)室?. , CatNo.E7645L)在OT-2機(jī)器人液體處理平臺(tái)上自動化。

材料和方法
Illumina DNA制備試劑盒、KAPA超級(jí)制備試劑盒通過活化、NEBNext Ultra II和視中心OT-2平臺(tái)概述
擁有專利NGS標(biāo)記工作流程落地生根，利用珠聯(lián)轉(zhuǎn)座體，這不同于KAPA HyperPrep和NEBNext Ultra II工作流程-DNA末端修復(fù)和a尾的解決流程健康發展。

對(duì)于Illumina DNA準(zhǔn)備試劑盒有效保障，使用OT-2上的雙索引適配器對(duì)DNA進(jìn)行標(biāo)記和標(biāo)記。DNA樣品（n=8,100 ng）量化長效機製，歸一化到一個(gè)4 nM的庫(kù)講實踐，匯集到一個(gè)多路復(fù)用的樣本，然后在一個(gè)2x75上運(yùn)行在Illumina MiSeq上的流式細(xì)胞進(jìn)行基因組測(cè)序奮戰不懈。工作流程包括生成DNA準(zhǔn)備庫(kù)Lambda（n=24）和人類基因組DNA樣本（n=8）市場開拓。

對(duì)于HyperPrep和NEBNext Ultra II DNA制備試劑盒，我們?cè)贠T-2上構(gòu)建了抗體DNA片段（n=8,100 ng）的DNA文庫(kù)大大縮短。使用的條形碼來(lái)自KAPA獨(dú)特的雙索引適配器要落實好，和NEB多重雙索引II為NEBNext索引設(shè)置1。樣本被定量更默契了、歸一化先進技術，并匯集到一個(gè)4 nM的文庫(kù)中，并在一個(gè)帶有2x75的MiSeq上進(jìn)行測(cè)序流路池該工作流程包括為=片段DNA（n=24）和人類基因組DNA（n=8）生成文庫(kù)不合理波動。

測(cè)序數(shù)據(jù)由Illumina公司進(jìn)行解復(fù)用
基本空間?根據(jù)適配器的條形碼序列宣講手段，并與參考基因組對(duì)齊。利用Geneious技術(shù)對(duì)該基因組的覆蓋圖譜進(jìn)行了分析?主要的2021.2.21. 我們的數(shù)據(jù)顯示了較低的樣本變異性和在OT-2上使用DNA制備試劑盒制備的文庫(kù)的可靠一致性積極拓展新的領域。

OT-2工作流協(xié)議的原理圖

對(duì)于Illumina的DNA準(zhǔn)備試劑盒配套設備，DNA和IDT?為了伊利DNA/RNA UD指數(shù)集A。.
在OT-2上進(jìn)行了標(biāo)記（圖1）相對開放。A
清洗步驟是必要的推進高水平，以去除殘留的DNA和適配器接下來(lái)脫穎而出，使用具有可編程蓋子和塊溫度的OT-2甲板上熱循環(huán)器進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

對(duì)于HyperPrep和NEBNext Ultra II DNA制備試劑盒探索創新，都用NEB片段酶進(jìn)行片段化帶來全新智能。
人類16分鐘，人類20分鐘基因組DNA新產品，然后用AMPure進(jìn)行清理?XP珠子(貝克曼庫(kù)爾特去完善，CatNo。. A63881).對(duì)OT-2進(jìn)行DNA末端修復(fù)/A尾跡長遠所需，然后是AMPure XP珠子清理步驟求索、條形碼或適配器連接（圖1）。使用的條形碼來(lái)自KAPA獨(dú)特的雙索引適配器(羅氏規模，CatNo穩定發展。08861919702). 對(duì)于HyperPrep和NEB多重雙索引引物集1 (NEB，CatNo聯動。E7335L)為NEBNext Ultra II增持能力。.

使用甲板上的熱循環(huán)器在OT-2上進(jìn)行DNA擴(kuò)增。

工作流布局
Opentrons OT-2平臺(tái)的布局包括模塊行業內卷、實(shí)驗(yàn)室軟件和DNA準(zhǔn)備試劑（圖2）追求卓越。
雖然工作流程包括在OT-2上的自動(dòng)移液，但需要手動(dòng)干預(yù)參與能力，在甲板上的恒溫器和磁塊之間移動(dòng)樣品板合理需求，并在此期間重置移液管尖端架協(xié)議。

圖2：OT-2甲板布局

模塊充分發揮，實(shí)驗(yàn)室軟件高質量，和DNA準(zhǔn)備試劑。這個(gè)

標(biāo)準(zhǔn)化的甲板布局與HyperPrep和其他平臺(tái)共享

NEB下一個(gè)Ultra II選擇適用。該工作流程在OT-2上自動(dòng)移液管理，需要手動(dòng)干預(yù)在甲板上恒溫筆和之間移動(dòng)樣品板(1)

磁性磁塊(2)，以及在運(yùn)行過(guò)程中重置尖端機(jī)架業務指導。甲板布局包括1個(gè)NEST 12井儲(chǔ)層基礎，1 x 96井鋁塊，1個(gè)熱循環(huán)器上的200μl PCR板還不大，溫度模塊上的1個(gè)NEST0.1 mL PCR板(3)。模塊包括一個(gè)磁性模塊信息化技術、溫度模塊發揮作用、熱循環(huán)器模塊，以及P20和P300 8通道移液管逐步顯現。

結(jié)果
DNA文庫(kù)擴(kuò)增
使用PicoGreen檢測(cè)DNA文庫(kù)?在一個(gè)量子位?4.用熒光計(jì)測(cè)定濃度發揮。CV（變異系數(shù)為標(biāo)準(zhǔn)差除以平均值）顯著。所有文庫(kù)的最終洗脫體積均為30μL。對(duì)于使用Illumina準(zhǔn)備的庫(kù)
DNAPrep（n=8,100ng）的CV為10.7%（n=24,100 ng）的CV為16.6%（表1A）開放以來。為文庫(kù)使用HyperPrep制備占，CV為（n=8100ng）的13.4%，（n=24100ng）的CV為17.6

. 1B)使用NEBNext Ultra II制備的文庫(kù)顯示（=8）的CV為12.1%提供了有力支撐，（=24）的CV為14.5%
（表1C)激發創作。在OT-2上制備的lambda和人類DNA文庫(kù)的產(chǎn)量（ng/μl）、CV（%）和片段大羞M一步意見。╞p）的比較見(jiàn)表2增幅最大。

DNA制備文庫(kù)的小基因組測(cè)序
多路復(fù)用的DNA準(zhǔn)備文庫(kù)(n=8,100在Illumina上使用2x75流動(dòng)細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序MiSeq儀器。第二批DNA準(zhǔn)備文庫(kù)（n=24,100 ng）在OT-2上的3個(gè)單獨(dú)的列中進(jìn)行處理生產能力，以解釋一批內(nèi)的任何柱間可變性標準。安捷倫?5300年碎片分析儀計(jì)算

用DNA制備文庫(kù)的片段大小來(lái)確定
在OT-2上制備的文庫(kù)的可靠均勻性（表3A-3C）。同樣堅持好，在OT-2上構(gòu)建的48 kb基因組的一致測(cè)序覆蓋顯示了8倍路DNA制備文庫(kù)的一致性
（表4）即將展開。

條形碼平衡是準(zhǔn)確的DNA準(zhǔn)備樣本顯示的平均11.2%–12.31%的伊利米納
DNA Prep，KAPA HyperPrep的10.6%–14.1%特性，NEBNextUltraII的10.5%–14.6%（圖3）.
比較DNA制備試劑盒的尖端分配和OT-2方案的持續(xù)時(shí)間（表5）傳承。

結(jié)論
我們驗(yàn)證了免疫DNA準(zhǔn)備，KAPA超準(zhǔn)備更加完善，和NEBNext Ultra II在OT-2和演示了它在下一代測(cè)序的文庫(kù)制備中的應(yīng)用形式。我們發(fā)現(xiàn)，DNA Prep樣本在復(fù)制和化學(xué)中表現(xiàn)出低可變性支撐作用，甚至樣本條形碼平衡日漸深入，并且高序列比對(duì)的覆蓋范圍，表明OT-2可以用來(lái)可靠地自動(dòng)化制備高質(zhì)量的DNA文庫(kù)同時。

原文地址：使用DNA制備試劑盒自動(dòng)制備小基因組的文庫(kù)