Stephane Plaisance, VIB的分子生物學(xué)家數據顯示，倡導(dǎo)引入自動(dòng)化技術(shù)來改進(jìn)實(shí)驗(yàn)室用于長讀長和短讀長測序的NGS文庫制備工作流程新型儲能。

隨著測序服務(wù)的需求量增長品質，實(shí)驗(yàn)室需要尋找能夠大幅度提升工作產(chǎn)能的方法，實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化就是簡化和擴(kuò)展測序操作的有效措施投入力度。比利時(shí)領(lǐng)先的生命科學(xué)研究所之一VIB Nucleomics的分子生物學(xué)家Stephane Plaisance選擇Opentrons自動(dòng)化移液平臺(tái)，用于提升實(shí)驗(yàn)室的 NGS 文庫制備工作效率。

復(fù)雜而乏味的實(shí)驗(yàn)室工作限制了實(shí)驗(yàn)室效率

VIB Nucleomics 是一個(gè)以測序?yàn)楹诵臉I(yè)務(wù)的研究所信息，致力于為 VIB 研究人員以及研究各種生命科學(xué)學(xué)科的外部學(xué)術(shù)和工業(yè)研究人員提供服務(wù)能力建設。

VIB 的 NGS 分析專家Stephane Plaisance與其他九名實(shí)驗(yàn)室科學(xué)家一起共同完成實(shí)驗(yàn)工作模樣，包括 NGS 文庫制備、在不同平臺(tái)上進(jìn)行長讀長和短讀長測序以及全基因組表達(dá)分析服務。幾年前很重要，他的團(tuán)隊(duì)面臨了實(shí)驗(yàn)產(chǎn)出效率低的問題。冗長乏味的移液操作限制了他們的工作效率覆蓋，并給他們的實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員帶來了工作壓力異常狀況。他們想用自動(dòng)化來改善工作流程，但當(dāng)時(shí)許多大型 NGS 機(jī)器人不具備能夠適配實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目多樣性的能力高效。

“ 我們開始關(guān)注大型應用創新、更昂貴的機(jī)器人，但這些機(jī)器人更適合高吞吐量的日常工作機構，而我們需要根據(jù)我們承擔(dān)的每個(gè)項(xiàng)目調(diào)整我們的流程的特性。這是我們最終選擇Opentrons的原因，它具備較高的靈活性和性價(jià)比基礎。”

–Stephane Plaisance

VIB將實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化集成到測序核心工作流程中

在進(jìn)行了全面的市場分析后共同，評(píng)估了產(chǎn)品性價(jià)比和使用靈活性，Stephane選擇了 Opentrons OT-2 自動(dòng)化移液機(jī)器人經過，OT-2受到實(shí)驗(yàn)室工作人員的一致好評(píng)簡單化。根據(jù)實(shí)驗(yàn)室的特定應(yīng)用需求力度，他們逐漸調(diào)整出了最適合該實(shí)驗(yàn)室的實(shí)驗(yàn)流程協(xié)議。在他們購買了第一臺(tái)OT-2后不到兩年系統性，VIB Nucleomics 又購買了四臺(tái)勇探新路，現(xiàn)在有五臺(tái) OT-2 自動(dòng)化移液機(jī)器人協(xié)助他們完成不同的實(shí)驗(yàn)室任務(wù)。其中三臺(tái)用于 Illumina NGS 文庫制備傳遞，負(fù)責(zé)自動(dòng)化PCR前處理和后處理工作試驗。

“ 對于 Illumina DNA 文庫準(zhǔn)備，我們在專用的 PCR 前處理實(shí)驗(yàn)室中對一臺(tái)OT-2進(jìn)行初始樣本操作開展攻關合作，然后我們將孔板從那個(gè)房間中取出進(jìn)行 PCR製度保障，然后我們使用第二臺(tái)OT-2進(jìn)行PCR后處理工作。”

–Stephane Plaisance

一臺(tái)OT-2用于研發(fā)逐步改善，最后一臺(tái)OT-2用于在文庫制備完成后對樣本進(jìn)行重新混合意見征詢。OT-2的靈活性和Opentrons團(tuán)隊(duì)提供的產(chǎn)品支持，再加上Plaisance和VIB團(tuán)隊(duì)的創(chuàng)造力大大提高，使得對該設(shè)施投資推動(dòng)實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化取得了巨大成功的必然要求。與此同時(shí)，一個(gè)包含1萬個(gè)樣本的宏基因組項(xiàng)目已經(jīng)成功使用OT-2流水線執(zhí)行取得了一定進展，更多的大型項(xiàng)目即將到來完善好！

了解更多關(guān)于在OT-2上自動(dòng)化NGS文庫制備。