紐約大學的 iGEM 團隊在 Opentrons OT-2 自動化移液平臺的幫助下，構(gòu)思了一種更具可擴展性的方法來制造類黃酮奮戰不懈。

在今年iGEM盛會上深刻變革，Opentrons 贊助了十支團隊綜合運用，本期報導我們將展示紐約大學iGEM團隊的努力成果。他們的項目（通過尋找更可擴展的方式來制造類黃酮）既有野心又實用特性，既體現(xiàn)了 Opentrons 的開源精神分析，也符合 iGEM 利用合成生物學改變世界的原則發展成就。

通過實驗室自動化提高可及性和可擴展性

類黃酮是一種天然存在于植物中的化合物，具有抗氧化劑鍛造、抗癌和抗炎以及抗誘變的作用。這使得從制藥到化妝品再到紡織品等眾多行業(yè)對它們有廣泛的需求持續創新。

但由于提取方法成本高且困難改善，目前市場上類黃酮的供應(yīng)有限。植物生長周期長協調機製，且任何特定植物中類黃酮的濃度較低導致產(chǎn)量低信息化。紐約大學想知道實驗室生產(chǎn)是否可以加快植物的代謝過程，如果是的話實踐者，是否可以提供一種更有效取得明顯成效、可重復和可擴展的類黃酮提取方法。

于是團隊開始設(shè)計一種可復制數據、可擴展的工程大腸桿菌生產(chǎn)類黃酮的方法創新的技術。他們的目標是通過代謝工程途徑來生產(chǎn)重組類黃酮，利用一種新型的光遺傳學方法顯著，減少了對更傳統(tǒng)的化學誘導過程的依賴快速增長。

“我只用過另一種自動化移液平臺，但 OT-2 實際上非常好用占。它的表現(xiàn)非常出色高質量。”

“我們的計劃是將 NEB 生物實驗室的限制酶消化和連接協(xié)議整合在一起激發創作，使其完全自動化前景。”紐約大學校友和博士生候選人史蒂文·伊奧諾夫（Steven Ionov）說增幅最大，他領(lǐng)導著一支由八名本科生組成的團隊共享應用。團隊成員知道提高實驗室效率將有助于實現(xiàn)他們的目標，因此他們打算將 Opentrons OT-2 移液機器人納入他們項目中最核心的程序：3A組裝協(xié)議的消化和連接標準。

他們的程序包括“在恒溫循環(huán)器中用 200 毫升管準備消化反應(yīng)”取得了一定進展，伊奧諾夫說。他和本科生尼爾·潘迪亞斯學會了如何使用 OT-2體驗區，而其他團隊成員設(shè)計了一個生物反應(yīng)器增多，用綠光激活和生長細胞，減少了傳統(tǒng)上對化學誘導劑的依賴有望。

“我只用過另一種移液工作站進一步推進，”伊奧諾夫說，“但OT-2實際上非常好用方案。它很出色應用的選擇。不僅學習 Python 是一次了不起的經(jīng)歷十大行動，而且校準的便利性和 Opentrons 實際編程材料的直觀性，都讓它的使用體驗非常好背景下【C合措施！?/p>

潘迪亞斯同意伊奧諾夫的熱情評價∽匀粭l件！芭c Opentrons 合作對我們團隊來說非常令人興奮設計標準，”她說』踊パa！皺C器人很容易校準發揮重要帶動作用；我們進行了一些試驗，依靠 Opentrons 網(wǎng)站和 API 進行指導意料之外∥幕瘍r值！背藢㈨椖慷ㄖ茷槭褂?300 毫升移液吸頭外，紐約大學 iGEM 還輕松地將 Opentrons 整合到他們現(xiàn)有的實驗室工作流程中置之不顧，幾乎不需要進行額外的定制不斷完善。

自適應(yīng)問題解決和項目結(jié)果

盡管如此，紐約大學 iGEM 發(fā)現(xiàn)方便，僅僅憑借熟練的技術(shù)操作無法克服協(xié)議挑戰(zhàn)營造一處。3A 組裝連接不起作用，團隊花了很多時間進行故障排除：問題出在酶知識和技能、細胞還是協(xié)議本身取得顯著成效？團隊對這些問題的故障排除過程進行了精心記錄，以確保未來團隊能夠減少錯誤并取得更多進展實現。

“這是我們第一年不容忽視，”潘迪亞斯解釋說》阵w系！拔覀冇幸粋€學習曲線說服力，就像每個第一年的iGEM團隊一樣⌒Ц呋?！笨紤]到這些問題和比賽的時間限制新體系，紐約大學 iGEM 被迫從原來的計劃轉(zhuǎn)向使用 OT-2 進行采樣，而不是按原計劃準備消化反應(yīng)創造。幸運的是不難發現，OT-2 也很好地完成了這項任務(wù)。大多數(shù)情況下設備製造“l展需要！坝幸淮沃挥幸坏?EcoRI 而不是一微升，這會有一些差別，”伊奧諾夫說顯示‰p向互動！拔覀冊趯嶒炁_上也遇到了同樣的問題，”潘迪亞斯補充道設計能力∑放?！凹词鼓阌檬殖质揭埔簶屵M行采樣，也很難從移液管頭中取出這么少量的粘性物質(zhì)更為一致。我能理解為什么自動化移液平臺也有類似的問題等形式。”

暫時的挫折至關重要，長足的進步

盡管在實驗室中遇到了挫折，但該項目的整體規(guī)劃展現(xiàn)出一種長期的愿景服務品質。因此的發生，OT-2 的使用限制只是暫時的挫折，不會影響項目的長期發(fā)展影響。紐約大學 iGEM 對他們的領(lǐng)域有了更好的理解新的動力，同時沒有削弱他們項目的長期可行性。如今OT-2已成為他們實驗室中值得信賴的技術(shù)平臺發展契機，幫助他們自動化運行實驗流程廣泛關註，未來，OT-2 將繼續(xù)為他們提供更多的自動化服務(wù)發力。

我們非常欣賞紐約大學的辛勤工作優勢領先，并期待看到他們?nèi)绾稳〉眠M展。

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