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2023 年 02 月 22 日

Retro Biosciences使用OT-2自動(dòng)化單細(xì)胞RNA測(cè)序文庫(kù)制備

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序能夠以單細(xì)胞為單位進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析優勢,這項(xiàng)研究可以讓我們進(jìn)一步了解一些稀有且貴重的細(xì)胞群便利性。盡管單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)的使用越來越廣泛切實把製度,但這項(xiàng)技術(shù)的成本仍然相當(dāng)昂貴進行部署。除了測(cè)序平臺(tái)和每次單獨(dú)運(yùn)行的成本外,文庫(kù)制備步驟既昂貴又費(fèi)力解決問題。然而相互配合,把文庫(kù)制備步驟進(jìn)行自動(dòng)化可以有效減少實(shí)驗(yàn)結(jié)果的變異性,同時(shí)節(jié)約研究人員的寶貴時(shí)間,解放他們的雙手助力各行,讓科研人員能有更多時(shí)間用來來設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)或分析數(shù)據(jù)首要任務。

目前,市面上能實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞RNA測(cè)序的自動(dòng)化文庫(kù)制備成本高達(dá) 26萬美元面向,昂貴的成本已經(jīng)超出了市面上大部分小型研究實(shí)驗(yàn)室的預(yù)算。為了向更多實(shí)驗(yàn)室提供這項(xiàng)自動(dòng)化技術(shù)講道理,Retro Biosciences 成功“破解”了 Opentrons 的 OT-2 自動(dòng)化移液平臺(tái)更多的合作機會,使其能夠?qū)崿F(xiàn)自動(dòng)化文庫(kù)制備功能,同時(shí)成本僅為 2.6萬美元共謀發展!節(jié)約了10倍的啟動(dòng)成本。

Retro Biosciences?是一家位于加州的生物醫(yī)藥公司,專注于血漿療法大局、細(xì)胞重編程和細(xì)胞自噬研究設施。

Retro Bio's OT-2, hacked to perform scRNAseq at a fraction of the cost
Retro Bio 使用OT-2 進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)制備(圖片由 Retro Biosciences 的 Ben 提供)

Q: 請(qǐng)簡(jiǎn)單介紹一下Retro Biosciences 公司推進高水平?
A: Retro Biosciences 的成立最初是一家臨床治療藥物研發(fā)公司,后來主要業(yè)務(wù)是開發(fā)預(yù)防性藥物來解決細(xì)胞衰老問題橫向協同。大多數(shù)研究衰老的生物學(xué)公司都專注于單一的衰老機(jī)制,而 Retro Biosciences 是一家多項(xiàng)目公司參與水平,我們努力探索的三種療法有:細(xì)胞重編程、自噬和血漿啟發(fā)療法。我們了解到醫(yī)院接待的病人中有 80% 以上的疾病負(fù)擔(dān)源自于衰老機(jī)制開展試點,因此我們希望找到能直接解決這些問題的療法簡單化,幫助更多病人善謀新篇。

Q:?自動(dòng)化如何幫助您實(shí)現(xiàn)目標(biāo)高產?
A: 機(jī)器自動(dòng)化是不知疲倦的良好,可以持續(xù)性工作示範,同時(shí)自動(dòng)化的效率顯著超越人工。我們正在探索未知的生物學(xué),其中一些探索涉及到的參數(shù)以及參數(shù)組合非常廣泛,如果繼續(xù)讓科研人員使用手動(dòng)的方式進(jìn)行實(shí)驗(yàn)信息,我認(rèn)為這是對(duì)研究者科學(xué)頭腦的一種浪費(fèi)。

Q: 您為自動(dòng)化單細(xì)胞RNA測(cè)序的文庫(kù)制備創(chuàng)建了一個(gè)非嘲l展?崆曳浅?shí)惠的解決方案建設項目。請(qǐng)告訴我們您創(chuàng)造這個(gè)方案的初衷,以及您是如何做到的高效利用?
A: 文庫(kù)制備對(duì)我們來說是一個(gè)入門項(xiàng)目的可能性。自動(dòng)化的最大優(yōu)勢(shì)是你可以將那些固有的系統穩定性、大量重復(fù)的、最不希望出錯(cuò)的環(huán)節(jié)自動(dòng)運(yùn)作起來相對開放,節(jié)約時(shí)間,減少人工失誤戰略布局。我們?cè)谶@里做了很多單細(xì)胞RNA測(cè)序。每一次測(cè)序我們需要面臨的分析和研究任務(wù)都很重,因此我們必須開發(fā)新的軟件功能(例如液位特定移液)和硬件功能(例如改進(jìn)的磁珠分離系統(tǒng))行業內卷,它使我們能夠直觀地審查協(xié)議中的所有步驟追求卓越,以發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤并驗(yàn)證質(zhì)量。

Q: 您在 Github?上發(fā)表了這項(xiàng)工作參與能力,引發(fā)了不錯(cuò)的反響合理需求, 您為什么決定公開這項(xiàng)工作?
A:?對(duì)我們來說充分發揮,在廣泛的生物學(xué)研究中降低科研成本對(duì)社會(huì)的好處應用擴展,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了我們對(duì)同行的競(jìng)爭(zhēng)關(guān)系的狹隘擔(dān)憂。我們希望有更多從事同類研究的科研者可以從自動(dòng)化中獲益進行培訓。

Retro Biosciences 通過展示Opentrons開源自動(dòng)化移液系統(tǒng)創(chuàng)造了屬于自己的單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)制備自動(dòng)化流程,幫助了更多研究單細(xì)胞測(cè)序的實(shí)驗(yàn)室能夠啟動(dòng)自動(dòng)化,提升他們的研究效率性能。我們的開源自動(dòng)化程序可以通過編程來完成研究人員需要的任何事情,同時(shí)把成本控制在較低的范圍內(nèi)力量。我們被 Retro Biosciences 引領(lǐng)的創(chuàng)新所震撼,期待他們未來的持續(xù)創(chuàng)新重要的角色。

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