作者馬修?阿卡納，金納裡?沃森博士，莫拉約?阿德伊比博士穩中求進。

介紹次世代定序（NGS）的工作流程包括使用市售軟體製備DNA文庫以及經(jīng)濟(jì)有效的DNA製備試劑盒。透過使用自動(dòng)化的OT-2協(xié)議來優(yōu)化這個(gè)工作流程很有幫助以提高DNA文庫的製備效率方便。在這裡服務效率，我們描述了伊利?DNA的效率優勢。準(zhǔn)備工具包(Illumina適應性強，CatNo。20018705)在OT-2堅持先行，機(jī)器人液體處理平臺(tái)上產業，自動(dòng)執(zhí)行標(biāo)記工作流程。使用OT-2的高性能能力自動(dòng)化此過程提供了一個(gè)快速且健壯的工作流程情況較常見，產(chǎn)生用於基因組定序的統(tǒng)一DNA準(zhǔn)備文庫可持續。

照明?DNA準(zhǔn)備試劑盒和外中心OT-2平臺(tái)概述伊利?專利NGS標(biāo)記工作流程實(shí)現(xiàn)了利用珠子進(jìn)行的珠上標(biāo)記鏈接的轉(zhuǎn)座體。珠鏈的化學(xué)性質(zhì)轉(zhuǎn)座體對(duì)DNA片段化更有效和DNA末端修復(fù)與先前溶液內(nèi)標(biāo)記的工作流程相比體製。此DNA片段使用雙索引適配器進(jìn)行標(biāo)記構建，這是一種獨(dú)特的條碼分配每個(gè)DNA片段。 DNA Prep樣本（n=8）分別為量化能力和水平，歸一化到一個(gè)4nM的庫大型，匯集到一個(gè)單一多路復(fù)（8倍或16倍）樣品，然後在Illumina?MiSeq上的2x75流細(xì)胞上進(jìn)行基因組測(cè)序明確相關要求。我們的數(shù)據(jù)顯示了所有數(shù)據(jù)的低變異性重要意義，PNA擴(kuò)增前後測(cè)定的DNA製備樣本；條碼平衡深化涉外，以及統(tǒng)一和高覆蓋率的定序比對(duì)體系。參考基因組的研究表明，使用OT-2協(xié)議的自動(dòng)標(biāo)記為基因組測(cè)序提供了一個(gè)高品質(zhì)的DNA準(zhǔn)備文庫開展試點。

OT-2工作流程協(xié)議的原理圖DNA和IDT?對(duì)?DNA/RNA UD指數(shù)集A的DNA和IDT?攜手共進。 20027213)在孵育期間一個(gè)被稱為標(biāo)記的過程，在OT-2上推進一步，如圖（圖1）所示經過。進(jìn)行了標(biāo)記清洗步驟，以去除殘留的DNA和適配器力度。下一個(gè)的用OT-2方法進(jìn)行DNA擴(kuò)增具有可編程蓋和塊溫度的甲板上熱循環(huán)器明確了方向。

依照OT-2方案勇探新路，進(jìn)行後擴(kuò)增使用AMPure(貝克曼庫爾特單產提升，貓。不a63881)根據(jù)製造商進(jìn)行檢測(cè)推薦DNA Prep樣本被定量試驗，歸一化至4nM(使用NEBNext?文庫定量試劑盒對(duì)伊利?文庫定量進(jìn)行qPCR測(cè)定試劑盒勞動精神，以8倍或16倍的形式匯集單一樣本，然後在伊利?MiSeq上的2x75流池上運(yùn)行製度保障。

工作流程佈局OT-2平臺(tái)的佈置包括模組預下達，實(shí)驗(yàn)室軟體，和伊利米納?DNA準(zhǔn)備試劑，如詳見（圖2）方案。雖然該工作流程包括：在OT-2上進(jìn)行自動(dòng)移液應用情況，人工幹預(yù)是需要在甲板上的之間移動(dòng)樣品板熱循環(huán)筆和磁塊，並在協(xié)議期間重置移液管尖端架組建。

DNA製備樣本的PCR擴(kuò)增採(cǎi)用伊利?DNA製備試劑盒建構(gòu)OT-2上的Lambda DNA文庫（n=8,100 ng）表現。分別定量前後PCR濃度（ng/uL）5個(gè)週期的PCR擴(kuò)增，和DNA濃度使用Quant-iT?dsDNA高靈敏度檢測(cè)試劑盒(熱費(fèi)雪科學(xué)公司深刻變革，Cat可能性更大。No.Q33120)在一個(gè)Qubit?上確定變異係數(shù)，即標(biāo)準(zhǔn)差除以整個(gè)樣本的平均值搖籃。 Lambda DNA樣本的PCR前平均濃度為2.92技術，變異係數(shù)（CV）為10.4%，5個(gè)週期後的PCR後濃度平均為28.23推動，CV為10.7%相對較高，見（表1）。這些結(jié)果很簡(jiǎn)單信息，優(yōu)化後的OT-2協(xié)議可以產(chǎn)生一個(gè)高品質(zhì)和可靠的NGS DNA準(zhǔn)備庫相關。

DNA製備文庫的小基因組定序?qū)?6個(gè)樣本的?DNA製備試劑盒(M)進(jìn)行標(biāo)記。用No. 20018705)製備了大腸桿菌非甲基化基因組DNA (Zymogen豐富內涵，Cat.. 不. 樣本（n=16,100ng）

這個(gè)工作流程在OT-2上都有自動(dòng)的移液功能，需要手動(dòng)操作在甲板上移動(dòng)樣品板(1)和磁性磁塊(2)落地生根，以及復(fù)位在運(yùn)作期間的尖端機(jī)架的特點。甲板佈局包括1個(gè)NEST 12井水庫，1個(gè)96井鋁塊，1倍埃彭多夫熱循環(huán)器上的200ul PCR板，和一個(gè)1xNEST0.1 mL PCR板上溫度模組(3)。模組包括一個(gè)磁性模組、溫度模組智慧與合力、熱循環(huán)器模組，以及P20和P300多通道移液管技術研究。

兩批新技術，第二批共同學習，E。 . 大腸桿菌DNA樣本（n=8,100 ng）在OT-2上的2個(gè)單獨(dú)的列上進(jìn)行處理服務為一體，以解釋列內(nèi)可能出現(xiàn)的可變性問題。 E. 大腸桿菌DNA（n=16,100 ng）和Lambda DNA (n=8,100ng)被擴(kuò)增、歸一化全會精神，並彙集到一個(gè)單一的多路復(fù)用（8倍或16倍）樣本中進(jìn)行定序系統穩定性。三個(gè)DNA製備批次的定序結(jié)果為比較確定樣品產(chǎn)量，條碼. 平衡和覆蓋率集中展示，如（表2）所示實力增強，對(duì)DNA製備文庫觀察到統(tǒng)一的產(chǎn)量。計(jì)算了E的樣本產(chǎn)量探索創新。 8號(hào)試驗(yàn)室的大腸桿菌含量分別為9.75和3.79. 16倍帶來全新智能；8倍和16倍?適配器條碼的CV值分別為8.77%和6.2%，顯示8倍和16倍樣本的平衡是準(zhǔn)確的8倍的平均11.2%-12.31%新產品，相較之下去完善，預(yù)期的為12.5%。對(duì)於16-plex長遠所需，根據(jù)伊利?參考計(jì)算的6%的期望值為6.2%脫穎而出。 DNA的平均基因組覆蓋率準(zhǔn)備了E。大腸桿菌樣本的8倍為150倍生產創效，16倍為45倍. 此外結構，Lambda 48kb基因組的覆蓋圖譜顯示~為7800倍，這表明對(duì)齊的序列reads水平較高（圖3）優化上下∧芰ㄔO？偟膩碚f，這表明在OT-2上建構(gòu)的用於定序的DNA Prep文庫與參考計(jì)算相比顯示出一致性（圖4）生產體系。

結(jié)論我們演示了它的高性能和性能。在視中心OT-2上使用伊利umina?DNA準(zhǔn)備試劑盒自動(dòng)標(biāo)記過程能力和水平。我們展示了DNA Prep樣本顯示出低變異性覆蓋，條碼平衡性，以及序列比對(duì)的高覆蓋率研究。自動(dòng)化這個(gè)全面的NGS工作流程在的上OT-2將DNA文庫製備過程中的風(fēng)險(xiǎn)降至最低高效，同時(shí)確保基因組的DNA文庫製備品質(zhì)先後順序