作者林喬納森1瑞恩薩薩達(dá)1機製性梗阻，傑薩裡雷德2，霍馬姆賈馬爾2全過程，金納里沃森21Zymo研究2Optrens實(shí)驗(yàn)室公司集成應用。

摘要微生物學(xué)是一個(gè)具有重要意義的新興領(lǐng)域?yàn)槿祟惤】档膹V泛的主題。現(xiàn)代的定序技術(shù)可以提供豐富和新穎的數(shù)據(jù)但受到DNA萃取方法的限制不負眾望，這困難高效流通、耗時(shí)，特別是在微生物方面樣本重要意義，容易產(chǎn)生偏差統籌發展。自動(dòng)化系統(tǒng)可以解決其中一些挑戰(zhàn)深化涉外，但必須小心設(shè)計(jì)和校準(zhǔn)，並需要配合適當(dāng)?shù)脑噭﹣?lái)提供高品質(zhì)的結(jié)果創新科技。在目前的一組測(cè)試中服務延伸，視中心子採(cǎi)用OT-2核酸萃取工作站ZymoBIOMICSTM 96磁珠DNA試劑盒從典型的微生物樣本中萃取DNA。表演對(duì)該系統(tǒng)和試劑盒的產(chǎn)量和純度指標(biāo)進(jìn)行了評(píng)估具有重要意義。提取偏倚和交叉污染分別是也評(píng)估。結(jié)果表明大部分，OT-2結(jié)合在一起使用ZymoBIOMICS試劑盒生產(chǎn)了高產(chǎn)量強大的功能、高純度的DNA樣品，沒(méi)有偏差和交叉污染解決方案。確定了若干項(xiàng)調(diào)整以進(jìn)一步改進(jìn)表演總之優勢，這些測(cè)試?yán)C了OT-2在不同應(yīng)用程序?qū)崿F(xiàn)過(guò)程中的準(zhǔn)確性和精度，提供了最佳的性能行業(yè)領(lǐng)先的微生物學(xué)DNA提取試劑盒增產。

介紹人類的微生物群不再是生物學(xué)研究的背景便利性。多樣化，大行動力，和微生物群非程峁┯辛χ?；钴S，已經(jīng)成為人們關(guān)注的焦點(diǎn)保供，它因其在人類健康方面的廣泛作用而日益受到重視自行開發，包括傳染病、晝夜節(jié)律和心理狀況的作用責任。自動(dòng)化可以支援這一新興領(lǐng)域在關(guān)鍵的核酸萃取步驟中具有無(wú)偏壓性能的領(lǐng)域。優(yōu)質(zhì)的DNA萃取依賴於有效的溶解，即特別是對(duì)微生物組樣本的挑戰(zhàn)性它們所含的各種生物體技術先進。有些生物較耐寒需求，較耐溶解，而其他的則較容易溶解深刻變革，較容易溶解結論。如果一種裂解法無(wú)法克服這些差異，耐寒的物種將會(huì)產(chǎn)生較少的DNA著力增加，而較易感的物種則會(huì)產(chǎn)生較多智能化，導(dǎo)致下游分析中有偏差代表性。

通常使用兩種主要裂解法：酵素法或基於試劑的裂解和機(jī)械裂解深入。這個(gè)在ZymoBIOMICS 96磁珠DNA試劑盒中使用基於珠技術(shù)的機(jī)械裂解試劑盒使用超高密度技術研究，混蛋珠tm來(lái)傳遞微生物的均勻溶解並與自動(dòng)化，因?yàn)橹樽邮穷A(yù)裝在準(zhǔn)備樣品的管開展研究。

自動(dòng)化為DNA提供了進(jìn)一步的改進(jìn)提取除了裂解的挑戰(zhàn)姿勢，手工DNA提取協(xié)議是耗時(shí)且容易產(chǎn)生的由錯(cuò)誤和差異引起的可變性實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員的性能相互融合。自動(dòng)化程序可以消除可變性和增加吞吐量，但必須小心校準(zhǔn)綠色化，以確保DNA分離出來(lái)產(chǎn)量和純度都很好不同需求。

本研究試圖評(píng)估OT-2核酸萃取自動(dòng)工作站與ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA的性能微生物學(xué)試劑盒。測(cè)定了產(chǎn)率和純度在典型的微生物學(xué)糞便樣本中使用標(biāo)準(zhǔn)萃取性能指標(biāo)保持穩定。這些指標(biāo)是比較了自動(dòng)工作站和由訓(xùn)練有素的手動(dòng)程序技術(shù)人員對(duì)自動(dòng)化工作站也進(jìn)行了測(cè)試用於板井間的交叉污染總之。

此測(cè)試旨在優(yōu)化該試劑盒和系統(tǒng)的方案。 OT-2避免了萃取偏倚支撐作用，並交付的樣品的產(chǎn)率和純度與由訓(xùn)練有素的技術(shù)人員執(zhí)行的手動(dòng)程序相當(dāng)研學體驗。橫井污染程度在兩者之間也具有可比性。兩種提取方法最為突出。此外落實落細，一些協(xié)議使用OT-2自動(dòng)化工作流程進(jìn)行了調(diào)整，以提高產(chǎn)量並減少週轉(zhuǎn)時(shí)間高效化。

結(jié)果使用OT-2工作站和ZymoBIOMICS MagBead試劑盒自動(dòng)提取DNA製高點項目，成功地純化了DNA，沒(méi)有引入偏倚純化偏倚可能是由於不均勻的裂解之間造成的一個(gè)樣本中的微生物群物種範圍和領域。有些物種較少容易溶解有所增加，因此可能被代表不足在下游定序資料中⌒纶厔?；斓爸閆ymoBIOMICS試劑盒中使用的技術(shù)是一種透過(guò)珠磨機(jī)或珠磨機(jī)進(jìn)行機(jī)械分解的系統(tǒng)跳動(dòng)的技術(shù)反應能力。這種技術(shù)包括將樣品與小玻璃、鋼或陶瓷珠結(jié)合起來(lái)用力混合兩者學習。 1在混合過(guò)程中結構重塑，珠子與細(xì)胞發(fā)生碰撞，打破細(xì)胞膜和細(xì)胞壁應用優勢，釋放DNA高質量發展。打珠試劑使用超高密度珠子可以以這種方式均勻溶解微生物樣品，防止偏差高效節能。

為了評(píng)估這種性能更默契了，我們使用OT-2工作站和ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA提取DNA試劑盒對(duì)酶ZymoBIOMICS的樣品進(jìn)行了檢測(cè)微生物群落標(biāo)準(zhǔn)（N=8）。萃取的DNA以16S rRNA基因標(biāo)靶定序進(jìn)行分析培訓，引子針對(duì)V3-V4區(qū)域伊利諾州的定序?MiSeq?儀器不合理波動。微生物群落標(biāo)準(zhǔn)是一個(gè)明確的特徵參考樣本的種類包括革蘭氏陽(yáng)性菌和革蘭氏陰性菌以及酵母菌不同的大小和細(xì)胞壁組成。由偏置裂解法產(chǎn)生的觀察到的組成不能反映標(biāo)準(zhǔn)品的理論組成重要工具。定序資料顯示積極拓展新的領域，使用OT-2核酸萃取工作站和ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒進(jìn)行自動(dòng)萃取，並觀察到高保真度符合微生物群落標(biāo)準(zhǔn)的微生物圖譜（圖1）更優質。

試劑盒自動(dòng)化提供了產(chǎn)率和純度匹配的手動(dòng)提取OT-2核酸提取物的性能工作站與酶微生物學(xué)96 MagBead從典型微生物糞便樣本中提取DNA的DNA試劑盒進(jìn)行DNA產(chǎn)量和純度評(píng)估生產創效，並與經(jīng)過(guò)高度訓(xùn)練有素的技術(shù)人員執(zhí)行的手動(dòng)程序進(jìn)行比較（N=12）。利用奈米Drop2000紫外-可見(jiàn)分光光度計(jì)進(jìn)行測(cè)量DNA濃度及吸光度比（A260/230管理、A260/280）優化上下。

手動(dòng)和自動(dòng)化的程序交付在附近相同的結(jié)果（圖2）。自動(dòng)化和手動(dòng)操作此程序的平均產(chǎn)率為57.88ng/μLand 57.85ng/μL模樣，平均吸光度值為260/2801.94和1.90不斷創新，平均吸光度值為260/230分別為1.85和1.87。自動(dòng)化程序避免了交叉污染板井之間的交叉污染存在aDNA提取程序的重大問(wèn)題提供了遵循，因?yàn)楸晃廴镜臉颖緯?huì)損害資料的完整性。然而大型，污染可能很難預(yù)防手動(dòng)處理程序相比之下服務效率，自動(dòng)化可以減少污染，促進(jìn)審計(jì)程序如果污染確實(shí)發(fā)生了重要意義，它將會(huì)被識(shí)別出來(lái)統籌發展。向評(píng)估OT-2核酸萃取工作站對(duì)於交叉污染，新型隱球菌和將酵素微生物學(xué)DNase/Fre-rnase水加入a96孔板體系，交替使用生產製造，以棋盤式使用。平板以自動(dòng)工作站處理攜手共進，每個(gè)孔的洗脫液用Femto進(jìn)行qPCR檢測(cè)tmCFX96上的細(xì)菌DNA定量試劑盒共同。

觸摸即時(shí)PCR檢測(cè)系統(tǒng)在任何充滿水的對(duì)照井中檢測(cè)到新生兒，這表明沒(méi)有發(fā)生交叉污染（圖3）高質量。

圖2：自動(dòng)化和人工程式提供了相當(dāng)?shù)腄NA產(chǎn)量和純度充分發揮。以O(shè)T-2核酸萃取工作站和ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒從糞便樣本中萃取DNA。用ng/μL法測(cè)定純化後的DNA的產(chǎn)量和純度管理，和260/280和使用NanoDrop 2000紫外-可見(jiàn)分光光度法獲得的260/230的吸光度值設計，在收率(A)和純度（B和C ）方面幾乎得到了相同的結(jié)果。

結(jié)論對(duì)DNA萃取方法的評(píng)估OT-2核酸萃取工作站與之搭配ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒顯示沒(méi)有淨(jìng)化偏差銘記囑托。自動(dòng)提取提供的產(chǎn)率和純度與訓(xùn)練有素的技術(shù)人員的手工提取相當(dāng)，同時(shí)避免了井間的交叉污染自動化裝置。此外示範，還發(fā)現(xiàn)了一些協(xié)議調(diào)整，以提高提取工作流程的效能和速度有很大提升空間。

採(cǎi)用OT-2核酸萃取工作站及ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒萃取DNA運行好，獲得高純度DNA，收率高淨(jìng)化偏倚或交叉污染可能性更大。優(yōu)秀

沒(méi)有污染或純化偏差的性能是必要的DNA提取協(xié)議保持部署安排。隨著微生物學(xué)研究的不斷發(fā)展。這些高效能的結(jié)果表明技術，OT-2可以為微生物的工作流程提供一個(gè)可靠的純化解決方案推廣開來。這些數(shù)據(jù)也展示了OT-2對(duì)支援廣泛應(yīng)用程式的工具包的使用的靈活性。 OT-2可以提供增加的吞吐量和減少的周轉(zhuǎn)時(shí)間相對較高，以促進(jìn)更雄心勃勃的實(shí)驗(yàn)資源配置，節(jié)省寶貴的時(shí)間，同時(shí)保持高品質(zhì)數(shù)據(jù)的高標(biāo)準(zhǔn)相關。