背景

已經(jīng)評(píng)估了兩種用於從鼻咽拭子中高通量提取 RNA 以檢測(cè) SARS-CoV-2 的自動(dòng)化內(nèi)部協(xié)議具體而言。

方法

在 10 天內(nèi)收集了 141 個(gè) SARS-CoV-2 陽(yáng)性樣本將進一步。內(nèi)部協(xié)議基於磁珠提取，設(shè)計(jì)用於Opentrons OT-2（OT-2_內(nèi)部）液體處理機(jī)器人或MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（MM_{內(nèi)部）不折不扣。兩種協(xié)議均與使用 MagMAX} ^TM系統(tǒng)（MM_試劑盒）的商業(yè)試劑盒並行測(cè)試。核酸萃取效率是根據(jù) SARS-CoV-2 DNA 陽(yáng)性對(duì)照計(jì)算的兩個角度入手。

結(jié)果

在檢測(cè)陽(yáng)性樣本方面去創新，內(nèi)部方案和商用試劑盒之間沒(méi)有發(fā)現(xiàn)顯著差異。 MM 試劑_盒效率最高適應性，儘管_{內(nèi)部 MM 試劑盒}的平均 Ct 值低於其他兩種試劑盒堅實基礎。與商用試劑盒相比，內(nèi)部方案每萃取 96 個(gè)樣本可節(jié)省 350 歐元至 400 歐元重要作用。

結(jié)論

所述協(xié)議利用易於取得的試劑和開(kāi)源液體處理系統(tǒng)等地，適用於高通量設(shè)施中的 SARS-CoV-2 檢測(cè)。

引用： Lázaro-Perona F尤為突出、Rodriguez-Antolín C保供、Alguacil-Guillén M、Gutiérrez-Arroyo A進行部署、Mingorance J責任、García-Rodriguez J 等人。 （2021）評(píng)估兩種用於 SARS-CoV-2 檢測(cè)的自動(dòng)化低成本 RNA 萃取方案保護好。 PLoS ONE 16(2): e0246302組建。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246302

編輯： AM Abd El-Aty，埃及開(kāi)羅大學(xué)

收稿日期： 2020 年11 月5 日特點；接受日期： 2021 年1 月15 日深刻變革；發(fā)表日期： 2021 年2 月16日

版權(quán)所有： ? 2021 Lázaro-Perona 等人。這是一篇開(kāi)放取用的文章和諧共生，根據(jù)知識(shí)共享署名授權(quán)條款分發(fā)質生產力，允許在任何媒體中不受限制地使用適應性強、分發(fā)和複製，前提是註明原作者和來(lái)源先進的解決方案。

資料可用性：所有相關(guān)資料均在論文及其支援資訊檔案中拓展。

資金：作者未收到此項(xiàng)工作的特定資金資助。

競(jìng)爭(zhēng)利益：作者已聲明不存在競(jìng)爭(zhēng)利益助力各行。

介紹

SARS-CoV-2 疫情要求大規(guī)模使用 qPCR 檢測(cè)前來體驗，以發(fā)現(xiàn)陽(yáng)性病例並追蹤接觸者，從而阻止社區(qū)傳播確定性。在 qPCR 檢測(cè)之前更加廣闊，通常需要對(duì)臨床樣本進(jìn)行 RNA 萃取 [ 1-4 ]≈v故事？紤]到每天檢測(cè)的樣本數(shù)量非常完善，大多數(shù)機(jī)構(gòu)無(wú)法採(cǎi)用手動(dòng) RNA 提取方法，因此全面革新，自動(dòng)化系統(tǒng)被廣泛用於此任務(wù) [ 5-7 ] 作用。自動(dòng)化系統(tǒng)的缺點(diǎn)是，它顯著增加了最終成本行業分類，這可能會(huì)阻礙某些地區(qū)的大規(guī)模檢測(cè)技術特點。此外，由於需求增加發展邏輯，萃取試劑的庫(kù)存短缺導(dǎo)致診斷嚴(yán)重延遲凝聚力量。

本文介紹了兩種低成本的自動(dòng) RNA 萃取方法。第一種方法使用OT-2 系統(tǒng)（Opentrons為產業發展，紐約州紐約市範圍和領域，美國(guó)），這是一種能夠自動(dòng)執(zhí)行自行設(shè)計(jì)方案的開(kāi)源液體處理機(jī)器人各項要求；第二種方法使用快速且易於使用的核酸萃取儀MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（Thermo Fisher Scientific更高要求，麻薩諸塞州沃爾瑟姆，美國(guó)）新技術。後者可在 30 分鐘內(nèi)提取多達(dá) 96 個(gè)樣本共同學習，但需要事先手動(dòng)分配試劑、磁珠和 96 孔板中的樣本深入，這會(huì)增加 30 分鐘應用優勢。作為替代方案，OT-2_內(nèi)部方案可以完全自動(dòng)化地在 104 分鐘內(nèi)處理多達(dá) 48 個(gè)樣本全方位。

方法

樣本採(cǎi)集

在十天內(nèi)，收集了 141 份連續(xù)的 SARS-CoV-2 陽(yáng)性鼻咽拭子影響力範圍，這些拭子帶有病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基（西班牙巴塞隆納 Deltalab）大局，並儲(chǔ)存在 4°C 下新創新即將到來。處理前，將500 μL 病毒培養(yǎng)基和500 μL 4M 異硫氰酸胍(GTC)（德國(guó)希爾登Qiagen）與5 μg/mL 載體RNA 混合有序推進，使樣品失活設施，然後將樣品在80°C 下加熱2 分鐘，並短暫渦旋混合堅定不移。

設(shè)備和試劑

核酸自動(dòng)萃取採(cǎi)用兩種系統(tǒng)：MagMAX ^TM Express-96 深孔磁粉處理器（King Fisher Instrument組合運用，Thermo Fisher Scientific，美國(guó)麻薩諸塞州沃爾瑟姆）和開(kāi)放式系統(tǒng)OT-2（ Opentrons迎難而上，美國(guó)紐約州紐約）積極，配有GEN1 磁模組（Opentrons，美國(guó)紐約州紐約）和內(nèi)部協(xié)議堅持先行。兩種系統(tǒng)均使用 MagMAX? Express 96 板和深孔板（Thermo Fisher Scientific產業，美國(guó)麻薩諸塞州沃爾瑟姆）。

核酸萃取採(cǎi)用三種方法：1）根據(jù)製造商的說(shuō)明情況較常見，使用MagMAX ^TM和商用MagMAX CORE 核酸純化試劑盒(MM_{試劑盒)（Thermo Fisher Scientific可持續，美國(guó)麻薩諸塞州沃爾瑟姆）；2）OT-2 系統(tǒng)採(cǎi)用通用試劑（OT-2內(nèi)部}）體製，例如乙醇（Emsure?構建，Merck KGaA，德國(guó)達(dá)姆施塔特）能力和水平、2-丙醇（Emsure?覆蓋，Merck KGaA，德國(guó)達(dá)姆施塔特）明確相關要求、洗脫緩衝液（Omega BIO-TEK重要意義，美國(guó)喬治亞州諾克羅斯）、無(wú)核酸酶水（Ambion ^TM深化涉外，Thermo Fisher Scientific體系，美國(guó)麻薩諸塞州沃爾瑟姆）和磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek開展試點，美國(guó)喬治亞州諾克羅斯）攜手共進；3）MagMAX ^TM採(cǎi)用與商用試劑盒相同的協(xié)議，但使用OT-2 方法中的試劑（MM_內(nèi)部）推進一步。內(nèi)部協(xié)議是 Hui He 等人所描述的程序的修改版[8]經過。簡(jiǎn)而言之，將滅活的呼吸道樣本以1:1 的比例與異丙醇混合力度，至最終體積為500 μl（_{內(nèi)部OT-2）和1000 μL（內(nèi)部}MM）明確了方向，加入40 μL 磁珠並在室溫下孵育5 分鐘。接下來(lái)勇探新路，用磁鐵將磁珠拉到管的一側(cè)並棄去上清液單產提升。然後用 500 μL 新鮮製備的 70% 乙醇洗滌磁珠兩次傳遞。第二次洗滌後，棄去 70% 乙醇並在室溫下風(fēng)乾磁珠勞動精神。最後開展攻關合作，將珠子重新懸浮在 100 μL 洗脫緩衝液中並再次用磁鐵分離以回收洗脫的病毒 RNA（表1）。

表 1.所評(píng)估的三個(gè)方案中所使用的步驟預下達、試劑和體積（μL）的有效手段。

協(xié)議設(shè)計(jì)與驗(yàn)證

MM_試劑盒協(xié)議：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板，一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 1方案，另一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 2關鍵技術。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板，每個(gè)孔裝 90μL MagMAX? CORE Elution Buffer組建。
2. 每個(gè)樣品準(zhǔn)備 20μL MagMAX? CORE 磁珠和 10μL MagMAX? CORE 蛋白酶 K 的混合物（珠子/PK 混合物）表現。
3. 為每個(gè)樣品準(zhǔn)備 300μL MagMAX? CORE 裂解液和 300μL MagMAX? CORE 結(jié)合溶液的混合物（裂解/結(jié)合溶液）。
4. 在深孔板中每孔分配 30μL 珠子/PK 混合物深刻變革、700μL 裂解/結(jié)合溶液和 200μL 樣品可能性更大。
5. 將所有板放入系統(tǒng)並執(zhí)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96。

MM_內(nèi)部協(xié)定：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板搖籃，每個(gè)孔加入 500μL 70% 乙醇技術。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板，每個(gè)孔加入 90μL 洗脫緩衝液（Omega BIO-TEK推動，美國(guó)喬治亞州諾克羅斯）相對較高。
2. 在深孔板中每孔分配 40 μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek信息，美國(guó)喬治亞州諾克羅斯）相關、500 μL 異丙醇和 500 μL 樣本。
3. 將所有板放入系統(tǒng)並執(zhí)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96豐富內涵。

OT-2_內(nèi)部協(xié)定：

1. 將 40μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS生產效率，Omega Bio-Tek，美國(guó)喬治亞州諾克羅斯）適應性、250μL 異丙醇和 250μL 樣本分裝到深孔板中節點。用移液管吹打五次混勻，室溫孵育 5 分鐘落地生根。
2. 啟動(dòng)GEN1磁性模組4分鐘的特點。
3. 收集上清液並棄去。
4. 加入500μL 70%乙醇有效保障，收集並丟棄大數據。
5. 加入500μL 70%乙醇，收集並丟棄。
6. 風(fēng)乾 4 分鐘高效化。
7. 關(guān)閉GEN1磁性模組並加入100μL洗脫緩衝液（Omega BIO-TEK製高點項目，美國(guó)喬治亞州諾克羅斯）。
8. 30秒後開(kāi)啟GEN1磁性模組範圍和領域。
9. 90秒後收集上清液並轉(zhuǎn)移至96孔微量滴定板。

樣品輸入量是自動(dòng)移液系統(tǒng)允許的最大量各項要求，其他試劑的量也不同更高要求，因此三種方法的輸入量不同

OT-2內(nèi)部協(xié)定是根據(jù) Opentrons 說(shuō)明用 Python 編寫(xiě)的。腳本已存放在 GitHub 儲(chǔ)存庫(kù)中

為了驗(yàn)證內(nèi)部核酸萃取方案的性能新技術，使用DNA 陽(yáng)性對(duì)照TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒v1（賽默飛世爾科技共同學習，美國(guó)麻薩諸塞州沃爾瑟姆）製作了標(biāo)準(zhǔn)、低和極低病毒載量的模擬樣本服務為一體。對(duì)照試劑盒的濃度為 1 x 10 ⁴拷貝/μL問題。標(biāo)準(zhǔn)病毒量樣本的製備方法是將 10 μL 陽(yáng)性對(duì)照與 490 μL 病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基和 500 μL GTC 混合。低和極低病毒量的製備方式相同全會精神，但使用陽(yáng)性對(duì)照的十倍連續(xù)稀釋液系統穩定性。所有模擬樣本均製備三份，並與_內(nèi)部OT-2 集中展示、MM_{試劑盒和內(nèi)部}MM並行處理實力增強，然後使用TaqMan 2019- nCoV 檢測(cè)試劑盒v1 進(jìn)行qPCR 測(cè)試。標(biāo)準(zhǔn)探索創新、低和極低病毒量的模擬樣本中陽(yáng)性對(duì)照的最終濃度分別為1 x 10 ⁶拷貝/mL帶來全新智能、1 x 10 ⁵拷貝/mL 和1 x 10 ⁴拷貝/mL。所有運(yùn)行均包括陰性對(duì)照新產品。

透過(guò)將模擬樣本中陽(yáng)性對(duì)照的Ct 值(Ct _ss ) 與直接從庫(kù)存製備的陽(yáng)性對(duì)照的Ct 值進(jìn)行比較來(lái)計(jì)算核酸提取效率去完善，校正量以匹配稀釋因子和每個(gè)方案中使用的初始樣本量(Ct _pc ) (R = 2 ^-ΔCt = 2 ^-(Ctss-Ctpc) )。

定量PCR

使用針對(duì)orf1ab長遠所需、刺突(S)求索、核衣殼(N) 和人類(lèi)RNaseP 基因的TaqMan 2019-nCoV 檢測(cè)試劑盒v1 以及作為陽(yáng)性對(duì)照的TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒v1，依照製造商建議的qPCR 條件對(duì)SARS-CoV-2 病毒RNA 進(jìn)行核酸擴(kuò)增生產創效。所有 qPCR 檢測(cè)均在 CFX96 Touch 實(shí)時(shí) PCR 檢測(cè)系統(tǒng) (Bio-Rad結構，美國(guó)加州赫拉克勒斯) 中進(jìn)行。為了減少檢測(cè)間差異優化上下，萃取的核酸樣本使用另一個(gè) OT-2 模組自動(dòng)分配到 qPCR 試紙中能力建設。

統(tǒng)計(jì)分析

成對(duì)比較了這三種方案。使用 McNemar 檢定來(lái)比較它們將樣本分配為陽(yáng)性或陰性的表現(xiàn)生產體系。 Ct 值不呈常態(tài)分佈服務，因此使用 Wilcoxon 符號(hào)秩檢定來(lái)比較每個(gè)目標(biāo)的 Ct 值。對(duì)於每個(gè)目標(biāo)，僅考慮透過(guò)這三種方法擴(kuò)增的樣本覆蓋。使用 bootstrap 方法計(jì)算中位置信區(qū)間異常狀況。

所有統(tǒng)計(jì)檢定均採(cǎi)用 IBM SPSS Statistics 24.0.0.0 軟體套件（SPSS Inc.，美國(guó)伊利諾州芝加哥）執(zhí)行高效。

結(jié)果

萃取方案的效率

透過(guò)提取模擬不同病毒量的 SARS-CoV-2 陽(yáng)性對(duì)照製備的模擬樣本應用創新，將兩種內(nèi)部方案的核酸萃取效率與 MM_{試劑盒方案進(jìn)行了比較。 MM試劑盒}和OT-2_內(nèi)部方案成功擴(kuò)增了所有具有標(biāo)準(zhǔn)病毒量的模擬樣本中的orf1ab 機構、S 和N 標(biāo)靶的特性。對(duì)於這些樣本，所有重複和基因的平均萃取效率為MM_{試劑盒33.9%（SD：13.8）協調機製，OT-2內(nèi)部}方案19.6%（SD：2.2） 信息化，MM_{內(nèi)部方案}16.0%（SD：5.03） 。

在低病毒量模擬樣本中實踐者，MM_試劑盒無(wú)法擴(kuò)增所有樣本中的S 靶標(biāo)取得明顯成效，也無(wú)法擴(kuò)增其中一個(gè)重複樣本中的N 靶標(biāo)，而OT-2_內(nèi)部和MM_內(nèi)部檢測(cè)出了所有基因數據。最後創新的技術，MM_試劑盒和OT-2_內(nèi)部方案無(wú)法擴(kuò)增極低病毒量樣本，除了一個(gè)重複樣本改進措施，其中N 基因可以透過(guò)OT-2_內(nèi)部方案擴(kuò)增就此掀開，但MM_內(nèi)部可以檢測(cè)到所有樣本中的陽(yáng)性對(duì)照，其中一個(gè)樣本含有三個(gè)靶標(biāo)今年，一個(gè)樣本含有orf1ab和 N標(biāo)靶穩步前行，最後一個(gè)樣本含有orf1ab標(biāo)靶（S1 表）。

臨床呼吸道樣本的核酸萃取

收集的141 個(gè)陽(yáng)性臨床樣本同時(shí)使用MM_試劑盒動手能力、OT-2_內(nèi)部方法和MM_內(nèi)部方法進(jìn)行核酸萃取逐步改善，並透過(guò)qPCR檢測(cè)洗脫的SARS-CoV-2 RNA。記錄每個(gè)目標(biāo)的陽(yáng)性/陰性結(jié)果和擴(kuò)增循環(huán)閾值 (Ct)提升。根據(jù)製造商的說(shuō)明大大提高，當(dāng)三個(gè)目標(biāo)區(qū)域中至少一個(gè)擴(kuò)增且 Ct<40 時(shí)，樣本被視為陽(yáng)性研究成果。所有運(yùn)行中包含的陰性對(duì)照在所有情況下均產(chǎn)生陰性 PCR 結(jié)果取得了一定進展。

141 個(gè)樣本中，123 個(gè)樣本透過(guò)至少一種萃取方法檢測(cè)出 SARS-CoV-2 陽(yáng)性大面積，而 18 個(gè)樣本透過(guò)三種方法檢測(cè)均為陰性積極參與。這可能是由於樣本在採(cǎi)集期間降解所致，因?yàn)樗鼈円言?4°C 下儲(chǔ)存了約 48 小時(shí) [9]培養。依方法分類(lèi)交流研討，114 個(gè)樣本使用MM_{試劑盒檢測(cè)呈陽(yáng)性更加完善，111 個(gè)樣本使用內(nèi)部}OT-2 檢測(cè)呈陽(yáng)性，118 個(gè)樣本使用_內(nèi)部MM 檢測(cè)呈陽(yáng)性建設應用。成對(duì)比較發(fā)現(xiàn)它們檢測(cè)SARS-CoV-2 的性能沒(méi)有顯著差異（MM_試劑盒Vs OT-2_內(nèi)部支撐作用，P = 0.5465 ；MM_試劑盒Vs MM_內(nèi)部動力，P = 0.3865綜合措施；OT-2_內(nèi)部Vs MM_內(nèi)部，P = 0.0961）等特點。 18 個(gè)樣本透過(guò)三種方法中的一些方法檢測(cè)呈陰性建言直達。這些具有較高的 Ct 值， orf1ab和 N 標(biāo)靶的中位數(shù)分別為 38.68 和 38.19（在這些樣本中將進一步，S 標(biāo)靶未透過(guò)任何方法擴(kuò)增）。比較所有方法和標(biāo)靶的配對(duì)線性迴歸和相關(guān)性分析顯示R ²值在0.85 和0.95 之間發展成就，Bland-Altman 分析顯示在整個(gè)Ct 範(fàn)圍內(nèi)一致性是一致的（S1 圖）成就。

_{在使用MM試劑盒}萃取的樣本中，43% 可偵測(cè)到三個(gè)標(biāo)靶（orf1ab 開展面對面、 N 和S ）系統，在使用_內(nèi)部 OT-2 提取的樣本中，49%可檢測(cè)到進一步提升，_{在使用內(nèi)部}MM 提取的樣本中空間廣闊，49% 可檢測(cè)到（圖1）。在 34%改革創新、39% 和 30% 的樣本中檢測(cè)到了orf1ab和 N 靶標(biāo)知識和技能，在 19%、10% 和 17% 的樣本中僅擴(kuò)增了 N 靶標(biāo)新模式。只有極少數(shù)樣本因單獨(dú)擴(kuò)增orf1ab標(biāo)靶（6）實現、orf1ab + S（1）或N + S（5）標(biāo)靶而被視為陽(yáng)性，且沒(méi)有樣本以S 基因作為唯一的陽(yáng)性標(biāo)記組織了。事實(shí)上服務體系，該檢測(cè)中的 S 標(biāo)靶明顯缺乏靈敏度，且與診斷決策無(wú)關(guān)搶抓機遇。使用OT-2_內(nèi)部協(xié)議檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本佔(zhàn)87%（97 個(gè)樣本）分析，使用MM_{內(nèi)部協(xié)議檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本佔(zhàn)82%（95 個(gè)樣本），使用MM試劑盒}偵測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本佔(zhàn)79% （90 個(gè)樣本）全面闡釋。

考慮配對(duì)樣本時(shí)，在orf1ab ( P = 0.437)新型儲能、N ( P = 0.686) 和S ( P = 0.794) 標(biāo)靶的Ct 值中創新能力，MM 試劑盒和OT-2 內(nèi)部方案之間的Cts 沒(méi)有顯著差異( 圖2 )。與 MM 試劑盒 ( orf1ab ; P < 0.00001 , N ; _P < _0.00001 , S ; P = 0.00148 )和OT - 2內(nèi)部_方案( orf1ab ; P < 0.00001, N; P = 0.00008, S; P = 0.00252)相比範圍，MM_{內(nèi)部方案在所有標(biāo)靶中的Cts 確實(shí)顯}著較低求得平衡。

圖2.箱線圖顯示使用MM_試劑盒、OT-2_內(nèi)部方法和MM_{內(nèi)部方法獲得的}orf1ab 空間廣闊、S 和N 目標(biāo)的Ct 值分佈至關重要。 y 軸顯示擴(kuò)增循環(huán) (Ct)。顯示每個(gè)資料集上的資料點(diǎn)數(shù)量服務品質。

使用MM_試劑盒的發生、OT-2_{內(nèi)部試劑盒}和MM_{內(nèi)部試劑盒對(duì)}orf1ab標(biāo)靶的中位擴(kuò)增循環(huán)(CI:95%)分別為35.53 (33.82–36.36)、35.58 (34.33–36.21) 及34.8 (33.71–35.29)影響。對(duì)於S 基因新的動力，中位擴(kuò)增循環(huán)(CI:95%) 為30.16 (28.56–33.08)、31.32 (29.22–32.88) 和31.07 (29.36–32.90)發展契機；對(duì)於N 靶標(biāo)廣泛關註，中位擴(kuò)增循環(huán)(CI:95 %) 為34.83 (33.93–35.97)、34.64 (33.42–35.29) 和 34.28 (33.52–35.10)。

開(kāi)採(cǎi)成本和實(shí)際操作時(shí)間

_{使用OT-2內(nèi)部}協(xié)議萃取96 個(gè)樣本的核酸，總成本為107 歐元（試劑37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具70 歐元）拓展，實(shí)際操作時(shí)間為10 分鐘十分落實，萃取時(shí)間為3 個(gè)半小時(shí)（腳本每次運(yùn)行處理48 個(gè)樣本，因此必須完成兩次）。 MM_內(nèi)部成本為66 歐元（試劑37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具29 歐元），MM 試劑_盒成本為472 歐元（試劑443 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具29 歐元） 。兩種協(xié)議的實(shí)際操作時(shí)間均為 40 分鐘信息化，提取時(shí)間均為 30 分鐘。值得注意的是實踐者，雖然96 個(gè)樣本的OT-2 協(xié)議比MM_內(nèi)部協(xié)議貴40 歐元取得明顯成效，但所需的初始投資明顯較低，OT-2 系統(tǒng)（包括模組和移液器）約10,000 歐元數據，MagMAX ^TM系統(tǒng)約為50,000 歐元創新的技術。

討論

本文介紹了兩種低成本病毒 RNA 萃取和臨床樣本 SARS-CoV-2 檢測(cè)方法，其性能與商用試劑盒相當(dāng)發行速度。儘管內(nèi)部方案萃取 DNA 對(duì)照的效率低於商用試劑盒更加堅強，但在臨床樣本中與時俱進，整體靈敏度並未受到影響，這可能是因?yàn)閮?nèi)部方案使用更大的樣本起始量來(lái)彌補(bǔ)較低的效率初步建立。

設(shè)定 OT-2 系統(tǒng)進(jìn)行 RNA 萃取需要對(duì)沒(méi)有經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)進(jìn)行密集編程綜合運用，但提供了一種經(jīng)濟(jì)高效的替代方案，能夠在一次運(yùn)行中提取 48 個(gè)樣本的方法。這項(xiàng)工作中使用的腳本已上傳到開(kāi)放存取軟體儲(chǔ)存庫(kù) GitHub實事求是，在那裡可以找到許多用於這些和類(lèi)似應(yīng)用程式的協(xié)定。這應(yīng)該有助於其他工作人員避免或減少程式步驟落到實處。該協(xié)議幾乎不需要?jiǎng)邮謺r(shí)間服務水平，並且使用容易獲得的試劑。此外技術創新，與其他提取系統(tǒng)相比處理方法，該設(shè)備所需的投資較低，使其適用於中低資源設(shè)施持續向好。 MagMAX ^TM Express-96 是一種快速活動上、半自動(dòng)設(shè)備，每次運(yùn)行能夠提取 96 個(gè)樣本進一步推進。 MM_試劑盒提供用於滅活、裂解方案、洗滌和洗脫的試劑應用的選擇，可以以具有競(jìng)爭(zhēng)力的成本用於不同的基質(zhì)和樣品類(lèi)型。另一方面左右，MM_內(nèi)部協(xié)議利用該系統(tǒng)的半開(kāi)放方法背景下，以其他化學(xué)品取代商業(yè)解決方案，使其更具成本效益可靠保障。在這兩種情況下自然條件，都必須手動(dòng)準(zhǔn)備深孔板、緩衝液和樣品開展，這會(huì)增加總提取時(shí)間和操作錯(cuò)誤風(fēng)險(xiǎn)互動互補。這兩種內(nèi)部協(xié)議的主要缺點(diǎn)是，當(dāng)處理黏稠樣本時(shí)意向，黏液意料之外、高黏性多醣、白血球發展空間、紅血球效果、血紅蛋白、蛋白酶和含有大量細(xì)胞核酸的細(xì)胞碎屑會(huì)阻礙RNA 萃取或抑制PCR 反應(yīng)[ 10- 12 ] 足了準備。為了部分克服這個(gè)問(wèn)題合作關系，可以在萃取前對(duì)樣品進(jìn)行加熱和渦旋或離心著力提升，但這會(huì)增加動(dòng)手時(shí)間和反應(yīng)時(shí)間。當(dāng)使用_內(nèi)部MM時(shí)傳遞，洗脫樣本在某些情況下可能含有微量的磁珠融合，但這不會(huì)影響 RT-PCR 反應(yīng)的表現(xiàn)。

在這三個(gè)系統(tǒng)中更加廣闊，陰性對(duì)照在所有情況下均為陰性規劃，顯示在這些系統(tǒng)中處理原始樣本時(shí)不存在交叉污染問(wèn)題。不過(guò)可以使用，與非自動(dòng)化系統(tǒng)一樣進入當下，應(yīng)採(cǎi)取預(yù)防措施，將 PCR 前和 PCR 後操作分開(kāi)效高化。如果使用 OT-2 模組設(shè)定 PCR 後反應(yīng)（例如定序）新體系，則不應(yīng)使用它從樣本中提取核酸，除非徹底淨(jìng)化創造。

研究?jī)?yōu)點(diǎn)和局限性

這項(xiàng)研究的主要優(yōu)勢(shì)在於不難發現，這些方法都是在臨床微生物實(shí)驗(yàn)室中以真實(shí)樣本進(jìn)行測(cè)試的。方法之間的比較並不繫統(tǒng)設備製造，這是一個(gè)重要的限制發展需要。事實(shí)上，設(shè)計(jì)的目的是優(yōu)化每個(gè)系統(tǒng)的結(jié)果管理，因此輸入是不同的顯示。系統(tǒng)地探索輸入樣本量以及其他試劑量將是有益和有益的，但這超出了這項(xiàng)研究的目的效率和安，即比較臨床實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中系統(tǒng)與真實(shí)樣本的性能設計能力。

結(jié)論

總之，這裡介紹的兩種內(nèi)部核酸萃取方法可有效實(shí)現(xiàn) SARS-CoV-2 的高通量診斷深入開展，且成本僅為其他商業(yè)試劑盒的一小部分更為一致，且不損失靈敏度。