紐約大學(xué)的 iGEM 團(tuán)隊(duì)在 Opentrons OT-2 自動(dòng)化移液平臺(tái)的幫助下不容忽視，構(gòu)思了一種更具可擴(kuò)展性的方法來(lái)製造類黃酮應用創新。

在今年iGEM盛會(huì)上性能，Opentrons 贊助了十支團(tuán)隊(duì)發力，本期報(bào)告我們將展示紐約大學(xué)iGEM團(tuán)隊(duì)的努力成果。他們的專案（透過(guò)尋找更可擴(kuò)展的方式來(lái)製造類黃酮）既有野心又實(shí)用機遇與挑戰，既體現(xiàn)了 Opentrons 的開(kāi)源精神深入闡釋，也符合 iGEM 利用合成生物學(xué)改變世界的原則集聚效應。

透過(guò)實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化提高可近性和可擴(kuò)展性

類黃酮是一種天然存在於植物中的化合物，具有抗氧化劑、抗癌和抗發(fā)炎以及抗誘變的作用現場。這使得從製藥到化妝品再到紡織品等眾多行業(yè)對(duì)它們有廣泛的需求高端化。

但由於萃取方法成本高且困難，目前市場(chǎng)上類黃酮的供應(yīng)有限我有所應。植物生長(zhǎng)週期長(zhǎng)提單產，且任何特定植物中類黃酮的濃度較低導(dǎo)致產(chǎn)量低。紐約大學(xué)想知道實(shí)驗(yàn)室生產(chǎn)是否可以加快植物的代謝過(guò)程調解製度，如果是的話精準調控，是否可以提供更有效、可重複和可擴(kuò)展的類黃酮提取方法應用的因素之一。

於是團(tuán)隊(duì)開(kāi)始設(shè)計(jì)一種可複製機遇與挑戰、可擴(kuò)展的工程大腸桿菌生產(chǎn)類黃酮的方法。他們的目標(biāo)是透過(guò)代謝工程途徑來(lái)生產(chǎn)重組類黃酮善於監督，利用一種新型的光遺傳學(xué)方法集成技術，減少了對(duì)更傳統(tǒng)的化學(xué)誘導(dǎo)過(guò)程的依賴。

“我只用過(guò)另一種自動(dòng)化移液平臺(tái)更合理，但 OT-2 實(shí)際上非常好用適應能力。它的表現(xiàn)非常出色「鞣矫?！?/p>

「我們的計(jì)劃是將NEB 生物實(shí)驗(yàn)室的限制酶消化和連接協(xié)議整合在一起防控，使其完全自動(dòng)化∵m應性！辜~約大學(xué)校友和博士生候選人史蒂文·伊奧諾夫（Steven Ionov）說(shuō)堅實基礎，他領(lǐng)導(dǎo)著一支由八名本科生組成的團(tuán)隊(duì)。團(tuán)隊(duì)成員知道提高實(shí)驗(yàn)室效率將有助於實(shí)現(xiàn)他們的目標(biāo)重要作用，因此他們打算將 Opentrons OT-2 移液機(jī)器人納入他們專案中最核心的程序：3A組裝協(xié)議的消化和連接等地。

他們的程序包括“在恆溫循環(huán)器中用 200 毫升管準(zhǔn)備消化反應(yīng)”，伊奧諾夫說(shuō)尤為突出。他和本科生尼爾潘迪亞斯學(xué)會(huì)如何使用 OT-2規定，而其他團(tuán)隊(duì)成員設(shè)計(jì)了一個(gè)生物反應(yīng)器，用綠光激活和生長(zhǎng)細(xì)胞空間載體，減少了傳統(tǒng)上對(duì)化學(xué)誘導(dǎo)劑的依賴高質量。

「我只用過(guò)另一種移液工作站，」伊奧諾夫說(shuō)重要組成部分，「但OT-2實(shí)際上非常好用流程。它很出色。不僅學(xué)習(xí)Python 是一次了不起的經(jīng)歷勃勃生機，而且校準(zhǔn)的便利性和Opentrons實(shí)際編程材料的直觀性助力各業，都讓它的使用體驗(yàn)非常好一站式服務。

潘迪亞斯同意伊奧諾夫的熱情評(píng)價(jià)。 「與 Opentrons 合作對(duì)我們團(tuán)隊(duì)來(lái)說(shuō)非常令人興奮深入交流，」她說(shuō)智能化。 「機(jī)器人很容易校準(zhǔn)；我們進(jìn)行了一些試驗(yàn)處理，依靠Opentrons 網(wǎng)站和API 進(jìn)行指導(dǎo)建設。」除了將專案定制為使用300 毫升移液吸頭外助力各行，紐約大學(xué)iGEM 還輕鬆地將Opentrons 整合到他們現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)室工作流程中前來體驗，幾乎不需要進(jìn)行額外的客製化。

自適應(yīng)問(wèn)題解決和專案結(jié)果

儘管如此確定性，紐約大學(xué) iGEM 發(fā)現(xiàn)更加廣闊，僅僅憑藉熟練的技術(shù)操作無(wú)法克服協(xié)議挑戰(zhàn)。 3A 組裝連接不起作用講故事，團(tuán)隊(duì)花了很多時(shí)間進(jìn)行故障排除：?jiǎn)栴}出在酵素非常完善、細(xì)胞還是協(xié)議本身？團(tuán)隊(duì)對(duì)這些問(wèn)題的故障排除過(guò)程進(jìn)行了精心記錄全面革新，以確保未來(lái)團(tuán)隊(duì)能夠減少錯(cuò)誤並取得更多進(jìn)展作用。

「這是我們第一年，」潘迪亞斯解釋行業分類。 「我們有一個(gè)學(xué)習(xí)曲線技術特點，就像每個(gè)第一年的iGEM團(tuán)隊(duì)一樣“l展邏輯！箍紤]到這些問(wèn)題和比賽的時(shí)間限制凝聚力量，紐約大學(xué)iGEM 被迫從原來(lái)的計(jì)劃轉(zhuǎn)向使用OT-2 進(jìn)行採(cǎi)樣，而不是按原計(jì)劃準(zhǔn)備消化反應(yīng)聽得進。幸運(yùn)的是新的力量，OT-2 也很好地完成了這項(xiàng)任務(wù)。大多數(shù)情況下更多可能性。 「有一次只有一滴 EcoRI 而不是一微升去創新，這會(huì)有一些差別，」伊奧諾夫說(shuō)緊迫性。 「我們?cè)趯?shí)驗(yàn)臺(tái)上也遇到了同樣的問(wèn)題，」潘迪亞斯補(bǔ)充道更適合。 “即使你用手持式移液槍進(jìn)行採(cǎi)樣高效，也很難從移液管頭中取出這麼少量的粘性物質(zhì)。我能理解為什麼自動(dòng)化移液平臺(tái)也有類似的問(wèn)題要素配置改革∪轿?！?/p>

暫時(shí)的挫折高效節能，長(zhǎng)足的進(jìn)步

儘管在實(shí)驗(yàn)室中遇到了挫折，但該計(jì)畫的整體規(guī)劃展現(xiàn)出長(zhǎng)期的願(yuàn)景大局。因此新創新即將到來，OT-2 的使用限制只是暫時(shí)的挫折，不會(huì)影響專案的長(zhǎng)期發(fā)展有序推進。紐約大學(xué) iGEM 對(duì)他們的領(lǐng)域有了更好的理解設施，同時(shí)也沒(méi)有削弱他們計(jì)畫的長(zhǎng)期可行性。如今OT-2已成為他們實(shí)驗(yàn)室中值得信賴的技術(shù)平臺(tái)堅定不移，幫助他們自動(dòng)化運(yùn)行實(shí)驗(yàn)流程組合運用，未來(lái)，OT-2 將繼續(xù)為他們提供更多的自動(dòng)化服務(wù)迎難而上。

我們非常欣賞紐約大學(xué)的辛勤工作積極，並期待看到他們?nèi)绾稳〉眠M(jìn)展。

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