本期報導(dǎo)我們採訪了 YouSeq 的資深科學(xué)家 Tom Huckvale，他將為大家分享他在 YouSeq 如何使用三臺 Opentrons OT-2 自動化移液平臺開發(fā)客製化基因面板以及使用磁珠純化 DNA逐步顯現。

YouSeq 公司成立於2018年深化涉外，是英國的一家生技公司多元化服務體系，專門設(shè)計質生產力、開發(fā)並製造易於使用的下一代DNA定序（NGS）試劑盒引人註目、面板和試劑穩步前行。

我們採訪了YouSeq 公司的資深科學(xué)家Tom Huckvale 增持能力，他為我們分享了YouSeq 如何使用三臺Opentrons OT-2 自動化移液平臺開發(fā)客製化基因面板以及使用磁珠純化DNA動力。

Opentrons: 您的 OT-2 移液平臺主要應(yīng)用與哪些特定工作綜合措施，它們?nèi)绾芜m應(yīng)您的工作流程？

Tom Huckvale: 首先自然條件，它們被用來提取引子設計標準。我們的 NGS 面板引子對來自製造商的96孔板。我們需要從特定板上的特定孔中獲取特定體積的引物互動互補，並將其混合到單個管中-這樣我們就有了用於 NGS 試劑盒的單獨引物池發揮重要帶動作用。

有時，我們會希望將每個[引子]的等量體積混合到一個管中意料之外。然而文化價值，隨著我們的需求越來越多，我們也開始嘗試更多不同的方案置之不顧。例如不斷完善，我們可能需要處理成千上萬的引物，並希望從一百多個板中取出每個引子的不同體積方便，然後放入單一管中進行反應(yīng)基礎上。我們可能不會希望從一塊板上取走所有的東西各領域，我們可能只會取走一部分，然後再從另一塊板上取走一些取得顯著成效。因此新模式，這就是 Opentrons 移液平臺的應(yīng)用價值。

這些移液平臺的優(yōu)點在於獨特的開放性不容忽視，我們可以建立龐大的資料庫組織了，包含所有的引子、所有的引子對說服力、它們的表現(xiàn)以及已經(jīng)完成的品管搶抓機遇。所有這些參數(shù)都可以用來建立成移液平臺可以讀取的電子表格。在使用許多其他設(shè)備廠商的軟體時表示，您通常會受到他們軟體處理方式的限制全面闡釋。存在許多專有的文件格式。但對於OT-2 而言競爭力所在，我們只需給 OT-2 提供很常見的 CSV 文件引人註目，其中包含體積、孔位 ID溝通機製、所需位置等信息好宣講，OT-2 可以完美地轉(zhuǎn)化這些信息，然後執(zhí)行操作顯示。

我們還擁有另一臺帶有磁性模組的 Opentrons 移液平臺雙向互動，位於另一個房間中，用於使用磁珠進行 DNA 純化設計能力。我們的許多實驗都涉及反應(yīng)板品牌，而手工使用磁珠來進行反應(yīng)板的清洗是很麻煩的。我和同事 Daniel 從零開始更為一致，花了一週時間發(fā)展出適合這種移液平臺的磁珠清洗方法等形式。每次執(zhí)行都非常出色，因此我們可以將其用於整個 96 孔板的 DNA 清洗工作研究與應用，OT-2 移液平臺可以在後臺自動完成飛躍。

實話說，我們自己也可以手動完成這項工作的發生，而且由於我們經(jīng)常進行磁珠清洗工作組成部分，因此我們做起來也很快。僅僅從磁珠清洗的速度而言新的動力，自動化並沒有節(jié)省太多時間的過程中。但是，能夠設(shè)定任務(wù)並利用這段時間撰寫實驗報告、提出新想法促進進步、進行其他工作發力，這確實非常重要。您可以將這些簡單的重複性工作交給移液平臺去做迎來新的篇章，並相信它的表現(xiàn)與您的手動操作相差無幾共創美好。

Opentrons: 我了解到您一直在使用 Python 編寫協(xié)議腳本。為什麼您選擇這種方法薄弱點，而不是使用 Protocol Designer 覆蓋範圍？

Tom: 我們曾經(jīng)使用 Opentrons Protocol Designer 應(yīng)用程式來制定協(xié)議。對於使用移液平臺的使用者來說積極性，它的使用技術(shù)門檻很低奮勇向前，操作效果非常好。但這種方法有一些局限性實施體系，特別是在磁珠清洗方面組建。您無法使用 Protocol Designer 應(yīng)用程式編寫使用磁性模組的協(xié)定。

因此效果較好，我們研究了Python腳本重要的意義，發(fā)現(xiàn)它們其實非常簡單易懂，特別是藉助Opentrons網(wǎng)站上的Opentrons API開拓創新。此外持續發展，為了方便參考，我們可以將相關(guān)資訊列印成PDF文件綜合運用，隨時在旁邊查看供給。這樣的方法，您可以在腳本中找到任何想要執(zhí)行的操作實事求是。雖然初次設(shè)定需要花費一些時間，但一旦設(shè)定好並運行起來落到實處，幾乎無需任何額外的輸入服務水平。

Opentrons: 我本來想問您為什麼選擇 Opentrons 而不是更大的製造商，但我不知道您是否能回答這個問題技術創新，因為您加入公司時這些設(shè)備就已經(jīng)存在了處理方法。

Tom: 我們所處的市場中，存在著一些非常大的參與者持續向好。這些大公司通常有很高的進入門檻習慣，需要大量的前期投資。由於我們公司資金有限進展情況，我們必須合理地利用我們的新創(chuàng)資金的積極性，並盡可能保持對公司的控制。為了在價格和產(chǎn)品品質(zhì)上與這些大公司競爭，我們需要引入自動化技術(shù)不久前。自動化可以降低生產(chǎn)成本用上了，提高生產(chǎn)效率，使我們的產(chǎn)品更具競爭力能力建設。

使用 Opentrons 意味著我們不需要為了編寫協(xié)議而訂閱或?qū)W習(xí)新軟體關註。在先前使用自動化的工作中，您需要學(xué)習(xí)特定製造商特定機器人的新軟體無障礙。學(xué)習(xí)特定設(shè)備的特定軟體的操作需要幾週的時間連日來，通常當一個人學(xué)會如何使用之後，這臺設(shè)備就只能由這個人來操作認為。

我們希望公司裡的每個人都能為這些 Opentrons 機器人編寫腳本意向。我希望看到十臺設(shè)備並排放在實驗臺上，公司裡的每個人至少在某些時候能與它們有一些互動文化價值，即使你只是為了好玩或嘗試新事物而使用發展空間。

Opentrons: 您提到，有了 OT-2 後有所應，你們在面對更大足了準備、更有資歷的公司時具備了競爭力。如果您沒有實現(xiàn)自動化著力提升，您認為業(yè)務(wù)會有何不同深刻內涵？

Tom: 我認為如果我們沒有自動化，我們就只能提供更少融合、更簡單的產(chǎn)品深入闡釋，而且可能只有少數(shù)幾種。另外完成的事情，我們也將難以承接新的訂單物聯與互聯。由於自動化技術(shù)的開放性，我們現(xiàn)在已經(jīng)實現(xiàn)了與 OT-2 的良好集成改造層面，一旦有定制訂單供給，OT-2 也可以非常快速地投入使用經驗分享。當然解決方案，我們還需要解凍一些試劑，但一旦所有東西都解凍了有力扭轉，您可以在半小時或 20 分鐘內(nèi)收到訂單並開始準備實驗孔板上高質量。如果我們手工操作，將無法達到這樣的速度廣度和深度。

此外深入交流，手動操作可能會有失誤管理，從而帶來真正的麻煩。我們需要一個始終表現(xiàn)良好的東西雙向互動。如果能夠?qū)⑵鋸腻e誤中解放出來效率和安，這聽起來有些令人傷感，但是將實驗從人為錯誤中解放出來品牌，這確實更能讓客戶滿意深入開展。

Opentrons: NGS（次世代定序技術(shù)）本質(zhì)上就是要求高通量、更快等形式、更便宜技術的開發、更精確。實驗室自動化如何影響您的實驗通量和精確度相貫通？

Tom:  就這些產(chǎn)品的研發(fā)而言不斷發展，我們可以做得更多。如果我要設(shè)計一個必須手動完成的實驗自動化方案，那麼在很多時候我能夠測試的變數(shù)就會減少緊密協作。使用實驗室自動化移液平臺，你可以對許多實驗進行精細調(diào)整線上線下。例如發揮重要作用，在引子池中，你可以調(diào)整體積和濃度數據顯示，進行單獨的測定高質量，這實際上是你無法用手完成的。這可能需要花費你幾天的時間記得牢，而且會讓你崩潰的註入了新的力量。

使用自動化移液平臺…你可以調(diào)整體積和濃度，進行單獨的測定更多可能性，這實際上是你無法用手完成的去創新。這可能需要花費你幾天的時間，而且會讓你崩潰的重要性。但是你可以在一個下午就讓機器人完成這些工作又進了一步。

這意味著你可以更快地獲得更好的產(chǎn)品多種場景。你可以優(yōu)化你的許多流程多元化服務體系。你可以更快得到答案。你可以嘗試更多的事情擴大公共數據，這意味著你可以用更少的步驟來獲得你喜歡的產(chǎn)品品質(zhì)深度。

總的來說，這產(chǎn)生了很大的影響核心技術體系。毫無疑問開拓創新，我會向所有人推薦 Opentrons 持續發展。我們有客戶想要進入 NGS 領(lǐng)域，他們來找我們?yōu)樗麄冊O(shè)計面板促進善治。但我們也建議他們研究 Opentrons 和在機器人上完成磁珠純化的工作擴大。我們與他們共享腳本，然後他們就可以開始運行發揮效力。 Opentrons 提供了這方面的幫助新格局。沒有專有的文件格式，沒有安全性問題指導。你不需要特殊的密碼競爭力。你只需發(fā)送一個文字文件，他們就可以讓機器人讀取進一步完善，無論距離有多遠集聚，同樣的事情都能在實驗室裡發(fā)生。

YouSeq 的理念之一是 NGS 根本不需要複雜化調整推進。很多實驗室都想做NGS狀況，但看到很多行話，很多東西真的沒有意義機製，聽起來真的很複雜同期，你不需要大量的數(shù)據(jù)，你不需要特殊的工具…我們想說NGS 其實不是這樣的使命責任，它真的很簡單效果，我們會教你如何做到這一點。 Opentrons 也符合這種理念合規意識。很高興能找到與我們思考方式相同的公司密度增加。無論如何，我們都非常尊重 Opentrons 所做的事情創新內容，所以我們也想支持這一點機遇與挑戰。碰巧他們的東西很有效，我們也很喜歡它善於監督。

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