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2017 年 27 月 4 日

Opentrons 客戶訪談 | Biomarin 製藥公司的 Elaine Phan

Kristin Ellis 最近造訪了位於加州聖拉斐爾的 Biomarin 製藥公司總部。在那裡,她與 Biomarin 蛋白質(zhì)生物化學(xué)的高級(jí)研究助理 Elaine Phan 進(jìn)行了交談取得了一定進展。 Elaine Phan 一直在使用 OT-1 PRO進(jìn)行蛋白質(zhì)定量分析。

(為了提供您更簡(jiǎn)潔易懂的閱讀體驗(yàn)充分發揮, 本篇報(bào)導(dǎo)已編輯優(yōu)化)。

Kristin: 我非常高興聽到Biomarin如何利用 OT-1 PRO,那麼設計,首先業務指導,能否分享一下您使用 Opentrons 的體驗(yàn)?

Elaine: 非常棒就此掀開!你們提供的協(xié)議讓我得以順利執(zhí)行長足發展。目前為止,我主要是根據(jù)你們給我的自動(dòng)化Bradford Assay 的說明進(jìn)行操作穩步前行,然後在你們的網(wǎng)站上尋找如何寫協(xié)議的細(xì)節(jié)結構不合理。我想你們有一個(gè)專門的頁面供人學(xué)習(xí)吧?

Kristin: 您是指Opentrons的開源API文件嗎逐步改善?

Elaine: 對(duì)意見征詢,還有 Artyom 推薦的 Python 學(xué)習(xí)平臺(tái) SoloLearn。起初大大提高,我是根據(jù) Will 在部落格上分享的 JSON協(xié)議進(jìn)行學(xué)習(xí)的等多個領域,這讓我更容易理解 Python 的相關(guān)內(nèi)容。

Kristin: 哦產品和服務,真的應用擴展?您為什麼這麼認(rèn)為?

Elaine: 因?yàn)橐婚_始前景,我覺得 Python 看起來比較複雜進一步意見。但透過閱讀你們提供的 JSON 說明增幅最大,我能夠更好地理解並編寫各種命令共享應用。當(dāng)我拿到硬體後,我能夠迅速組裝機(jī)器標準,並調(diào)整現(xiàn)有的 Bradford Assay 程式碼示範推廣。對(duì)我而言,我已經(jīng)進(jìn)行了十多年的加樣工作即將展開,這款裝置真的減輕了我手臂的負(fù)擔(dān)大幅增加。

Kristin: 你能否簡(jiǎn)單介紹一下你們團(tuán)隊(duì)的工作內(nèi)容?

Elaine: 我們專注於蛋白質(zhì)純化傳承,屬於蛋白質(zhì)科學(xué)研究團(tuán)隊(duì)等特點。我們的工作流程非常龐大,而我還處於研究的初級(jí)階段多種。我們?nèi)〉迷S多餾分將進一步,並需要確定每個(gè)餾分的純度。這意味著我們需要進(jìn)行凝膠電泳發展成就、Bradford實(shí)驗(yàn)等操作成就,然後集中所有所需的材料。接下來開展面對面,我們要製備足夠的材料系統,用於臨床前樣本非常重要,以展示藥物的療效。簡(jiǎn)而言之空間廣闊,我們需要製備足夠的藥物營造一處,以便提供給其他團(tuán)隊(duì)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。一旦完成這些實(shí)驗(yàn)知識和技能,我們將藥物用於小鼠模型資源優勢,觀察其效果。擁有 Opentrons 機(jī)器人可以大幅加快這一流程特征更加明顯,使其更有效率不斷完善。

Kristin: 你們測(cè)試的蛋白質(zhì)最初是從哪裡取得的?

Elaine: 我們有另一個(gè)團(tuán)隊(duì)專門進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)方便。他們?yōu)槲遗囵B(yǎng)所需的細(xì)胞基礎上。我們使用哺乳動(dòng)物細(xì)胞和 E.coli 兩種細(xì)胞。目前應用領域,我主要研究 E. coli保持競爭優勢,並在其上表達(dá) His-tag。這個(gè)過程相對(duì)簡(jiǎn)單發展機遇。透過 His 結(jié)合柱將蛋白質(zhì)結(jié)合長效機製,然後洗脫,再放入餾分中全技術方案,就可以觀察到蛋白質(zhì)的位置分享。

Kristin: 這樣你們就能觀察到蛋白質(zhì)的表現(xiàn)量了。

Elaine: 是的信息化,流程大致上是這樣的方式之一。首先,進(jìn)行加載步驟新型儲能,將樣本裝入儀器中創新能力,未與柱子結(jié)合的物質(zhì)會(huì)流出。這樣範圍,所有不需要的雜質(zhì)都可以被移除求得平衡。接下來是洗滌步驟,用於沖洗柱子空間廣闊。然後透過咪唑梯度將材料洗脫出來至關重要,最終只有我想要結(jié)合的物質(zhì)才會(huì)與柱子結(jié)合。將這些與柱子結(jié)合的物質(zhì)收集起來雙重提升,並分成多個(gè)餾分戰略布局。然後透過凝膠電泳分析其純度。我還要進(jìn)行 Bradford 實(shí)驗(yàn),以量化所有蛋白質(zhì)並顯示回收率狀態。之後技術節能,可以對(duì)每個(gè)餾分進(jìn)行凝膠電泳,或?qū)讉€(gè)餾分合併後進(jìn)行凝膠電泳廣泛認同,然後透過 Western blot 觀察蛋白質(zhì)的位置國際要求。這就是我們通常所做的工作!

我們最終的目標(biāo)是讓 OT-1 能夠進(jìn)行 ELISAs 實(shí)驗(yàn)全面協議。我們需要展示活性等數(shù)據(jù)重要部署。我個(gè)人不從事 ELISAs 方面的工作,但其他人會(huì)進(jìn)行這方面的研究工具。因此智慧與合力,一旦他們確定了工作流程,我就可以從他們那裡獲得 ELISAs和其他活性檢測(cè)方法重要的角色,並嘗試將其應(yīng)用於機(jī)器人開放要求。

Kristin: 是的,這也是我們目前與其他幾個(gè)團(tuán)隊(duì)合作的項(xiàng)目之一——我們希望實(shí)現(xiàn)各種類型的 ELISAs 的自動(dòng)化平臺建設。不僅是單一的 ELISA 服務機製,還包括 MSD 板、Luminex 等我們可以開發(fā)的任何東西使用。這是我們想要進(jìn)入的一個(gè)領(lǐng)域大幅拓展。

Elaine: 很好!一旦我決定開始這方面的研究更加堅強,我將向您諮詢更多問題與時俱進。

Kristin: 當(dāng)然!這就是我們存在的意義不斷豐富,也是我們建立這個(gè)社群的原因實施體系!

你已經(jīng)使用 OT-1 PRO 一個(gè)半月了各有優勢。你說你已經(jīng)從事生物學(xué)和手動(dòng)移液工作 10 年了。然後你得到了OT-1 PRO重要的意義,並開始學(xué)習(xí)如何編程和如何圍繞自動(dòng)化建立實(shí)驗(yàn)持續。與手動(dòng)操作相比,程式設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)對(duì)你的實(shí)驗(yàn)室工作體驗(yàn)有何影響再獲?

Elaine: 這臺(tái)機(jī)器完全顛覆了我的認(rèn)知產品和服務。我一直從事生物學(xué)和手動(dòng)移液工作 10 年,從未想過能接觸到這個(gè)全新的領(lǐng)域◇w驗區,F(xiàn)在增多,這臺(tái)機(jī)器幾乎成了我的實(shí)驗(yàn)助手。它幫我處理了很多日常的實(shí)驗(yàn)工作,例如運(yùn)行Bradfords 和其他一些常規(guī)實(shí)驗(yàn)進一步推進,這為我節(jié)省了大量時(shí)間蜃饔?,F(xiàn)在,我可以把更多精力投入閱讀文獻(xiàn)創新為先、理解實(shí)驗(yàn)原理和改進(jìn)實(shí)驗(yàn)方法真正做到。此外,學(xué)會(huì)程式設(shè)計(jì)後創新延展,我彷彿打開了新世界的大門強化意識。我現(xiàn)在腦海中充滿了各種想法,只是還沒有完全表達(dá)出來基本情況,因?yàn)檫€有許多東西要學(xué)習(xí)現場。

而且這臺(tái)機(jī)器有這麼多的可能性——例如使用不同的移液器。即使你們說這臺(tái)機(jī)器可能無法與Rainin 移液器搭配使用力量,我還是想試試看不久前。我不會(huì)輕易放棄,總是想挑戰(zhàn)新事物提升行動!

Kristin: 我們當(dāng)然不會(huì)阻止你能力建設!這也是我們讓 Opentrons 平臺(tái)保持開源的原因之一,這樣當(dāng)我們對(duì)你說「哦研究進展,你知道嗎無障礙,我們這邊不這麼做」時(shí),你就可以自己解決快速融入!

我知道你覺得程式設(shè)計(jì)部分很酷認為,而且你已經(jīng)開始調(diào)整硬體了。那麼增強,你對(duì)硬體模組化以及可以隨意組合東西有什麼看法重要意義?

Elaine: 這真是太棒了,因?yàn)槲铱梢园讶魏螙|西放在平臺(tái)上更加廣闊!我以前甚至沒有考慮過這些好用的東西(指著裝有Beckman Coulter 儲(chǔ)液池的吸頭架)規劃,因?yàn)槲覀兺ǔJ褂靡淮涡缘乃苣z吸頭架,但現(xiàn)在我可以想到一百萬種可以放在那裡的液體可以使用。

Biomarin 公司已經(jīng)將 Opentrons 的吸頭架重新利用進入當下,改造成了 Beckman Coulter 儲(chǔ)液池的支架。

Elaine: 我還想認(rèn)識(shí)其他從事這方面工作的人效高化,了解他們的想法新體系。我知道你們?cè)?Slack 頻道上有小型的社區(qū),但如果我能與人們見面創造,解釋我正在做的事情尤為突出,同時(shí)他們也向我解釋他們?cè)谧鍪颤N規定,那麼這些想法真的會(huì)匯聚在一起。

Kristin: 聽起來你對(duì)社區(qū)方面也很有興趣空間載體。作為一個(gè)在科學(xué)領(lǐng)域經(jīng)驗(yàn)豐富的人高質量,你認(rèn)為這種社群對(duì)於發(fā)展和建構(gòu)非常重要嗎?

Elaine: 我認(rèn)為是的經驗分享,尤其對(duì)我而言解決方案,因?yàn)楝F(xiàn)在我是公司裡唯一一個(gè)使用它的人。所以除了你們有力扭轉,我真的不知道該和誰討論這臺(tái)機(jī)器能做些什麼更廣泛的事上高質量。例如,你今天提到有人在使用磁珠廣度和深度、亞馬遜的 Alexa等深入交流。實(shí)際上,我的程式設(shè)計(jì)等級(jí)還處於初級(jí)階段加強宣傳。我能進(jìn)行多少更多的程式設(shè)計(jì)工作臺上與臺下?我該如何開始學(xué)習(xí)?

Kristin: 這就是我們Protocol Library背後的理念技術發展。最近我們重新推出了這個(gè)庫集聚效應,我們之所以說“我們與Biomarin 合作開發(fā)了 Bradford Assay”,部分原因是為了讓人們可以在圖書館中看到這個(gè)方案重要手段。然後互動講,如果他們對(duì)這個(gè)方案有疑問,可以進(jìn)入社區(qū)頻道問你們:「嘿像一棵樹,你是如何開發(fā)這個(gè)方案的過程中?」此外,用戶越多能運用,我們添加的方案就越多達到。然後,你可以下載它們查看程式碼並開始理解不可缺少,就像你最初開始時(shí)一樣蓬勃發展。

Elaine: 是的,那將會(huì)非常有幫助重要的角色。能夠在看到方案後向他們提問開放要求,使得 Protocol Library 也成為對(duì)話的起點(diǎn)。我們實(shí)際上計(jì)劃引入一個(gè)平臺(tái)也逐步提升,而我開始意識(shí)到你們可以做他們能做的所有事情。他們有一些很好的想法註入了新的力量,而他們只是拖放操作重要的作用,這對(duì)於不懂編程的人來說真的很簡(jiǎn)單……但如果我能學(xué)習(xí)編程更多可能性,我就可以讓OT-1 來完成它,而且它的成本非常低廉足夠的實力,這讓我感到非常興奮緊迫性。

Kristin: 這個(gè)觀點(diǎn)其實(shí)很有趣!那麼更適合,如果你回顧一下職涯的起點(diǎn)高效,假設(shè)你一開始就擁有像 OT-1 這樣的工具,像是這個(gè)和一臺(tái) 3D 列印機(jī)要素配置改革,那會(huì)帶來哪些可能性呢體系?

Elaine: 那將會(huì)是太棒了!我現(xiàn)在想想帶動產業發展,如果當(dāng)時(shí)有這個(gè)工具責任製,我可以用它來寫很多實(shí)驗(yàn)。很多事情倍增效應,尤其是分離……你知道規則製定,有時(shí)候你必須加班到很晚才能完成某些工作,因?yàn)椴荒艿却齼灮詹呗?,也不能放入冰箱關規定,否則蛋白質(zhì)會(huì)沉澱。所以兩個角度入手,你只能完成到某個(gè)階段建強保護,然後停下來或冷凍。在很多這樣的情況下創新為先,如果有助手幫忙真正做到,那就太好了。

Kristin: 你是如何決定從 Bradford Assay 開始的創新延展?這是你們實(shí)驗(yàn)室的迫切需求嗎強化意識?

Elaine: 是的,這是每個(gè)人都要運(yùn)行的實(shí)驗(yàn)基本情況,也是每個(gè)新來的人都要學(xué)習(xí)的基礎(chǔ)知識(shí)現場,因?yàn)槊總€(gè)人都需要時(shí)時(shí)刻刻知道蛋白質(zhì)的濃度。所以我們想集成應用,如果機(jī)器能運(yùn)行這個(gè) Bradford Assay探討,那麼它也能運(yùn)行 ELISAs,可以做凝膠製備高效流通,可以做標(biāo)準(zhǔn)曲線調解製度。 Bradford Assay 只是每個(gè)人在實(shí)驗(yàn)室開始時(shí)都必須做的基本移液實(shí)驗(yàn)。如果你能非常準(zhǔn)確地完成這些功能,那麼你可能就能完成我們實(shí)驗(yàn)室所需的所有實(shí)驗(yàn)應用的因素之一。

Elaine 最初沒有程式設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)解決,但透過學(xué)習(xí),她現(xiàn)在已經(jīng)成長(zhǎng)為 Opentrons 的超級(jí)用戶敢於監督!她的回饋幫助我們改善了使用者體驗(yàn)幅度,她對(duì) Protocol Library 的貢獻(xiàn)使科學(xué)對(duì)每個(gè)人來說都更具可重複性。

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