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利用開源機(jī)器人推進(jìn)生物學(xué)發(fā)展

科技野心可以透過創(chuàng)辦人在訪談中喜歡放棄的類比來衡量今年。 X 的 Uber簡單化、Y 的亞馬遜建言直達,如果這家新創(chuàng)公司能夠成功的話文化價值,這一切都令人印象深刻創新能力。 但OpenTrons 背後的組織力量Will Canine 有著更高的目標(biāo):「今天的生物實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化就像20 世紀(jì)60 年代的電腦一樣——一臺(tái)配有打孔卡的大型主機(jī),由實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員運(yùn)行有望。我們是個(gè)人電腦進一步推進。

對(duì)於任何具??有令人興奮的未來主義心態(tài)的人來說,這都會(huì)喚起各種瘋狂的科技烏托邦幻想方案。 當(dāng)您在 Kickstarter 上看到 Opentrons 的開源機(jī)器人 OT.One 時(shí)應用的選擇,您會(huì)想:終於,一個(gè)適合生命本身的 MakerBot 了左右。 為活動(dòng)捐款足夠多(希望他們真的能做到這一點(diǎn))背景下,你就會(huì)列印出聞起來像草莓的夜光魚,並立即分泌出救命的抗癌藥物可靠保障。

但這其實(shí)意味著──生物學(xué)領(lǐng)域的個(gè)人電腦革命──要複雜一些自然條件,但也更實(shí)用。 從技術(shù)上講開展,OT.One 是一種液體處理機(jī)器人互動互補。 它不會(huì)將滲出的合成生命擠出到盤子上,而是將構(gòu)成大部分生物學(xué)研究的繁瑣工作自動(dòng)化意向。 Canine 的大型機(jī)類比是正確的意料之外,因?yàn)楝F(xiàn)有的生物實(shí)驗(yàn)室機(jī)器人最基本的成本約為50,000 美元(迅速上升到六位數(shù)),需要數(shù)週的培訓(xùn)才能正確使用發展空間,而且絕對(duì)不是開源的善謀新篇,並且通常只專門用於一項(xiàng)實(shí)驗(yàn)室任務(wù)不斷豐富。

移液器圖片

在擺弄 MakerBots 一段時(shí)間後發展需要,Canine 決定報(bào)名參加位於布魯克林的 DIY 生物實(shí)驗(yàn)室 Genspace 的合成生物學(xué)入門課程。 他在高中時(shí)一直在學(xué)習(xí)生物課程認為,但在大學(xué)一年級(jí)進(jìn)入初級(jí)實(shí)驗(yàn)班時(shí),他就被淘汰了增強。 在那裡重要意義,回到潮濕的工作環(huán)境中,他不得不面對(duì)一個(gè)令人不安的事實(shí):他的移液技術(shù)很糟糕更加廣闊。

「我當(dāng)時(shí)想規劃,『媽的,我沒有拿到微生物學(xué)博士學(xué)位可以使用,所以我沒有任何實(shí)驗(yàn)室技術(shù)進入當下,』」卡尼恩說。 但是效高化,他想新體系,有了機(jī)器人誰(shuí)還需要科技呢?

他聯(lián)繫了 DIY Bio 名單中的兩位技術(shù)人員創造,他們的經(jīng)驗(yàn)比他豐富不難發現,Nick Wagner(軟體人員)和 Chiu Chau(機(jī)器人技術(shù)人員,擁有數(shù)十年的生物機(jī)器人經(jīng)驗(yàn))設備製造。 OpenTrons 誕生了發展需要。 他們圍繞著開源 Raspberry Pi 板構(gòu)建了機(jī)器人的大腦,而對(duì)於機(jī)器人的精確控製手臂管理,他們使用了開源 Smoothieboard顯示。 OT.One 設(shè)計(jì)用於使用標(biāo)準(zhǔn)手動(dòng)移液器,用一個(gè)小機(jī)器人活塞代替不幸的博士後疲憊的拇指效率和安,它配備了網(wǎng)絡(luò)攝像頭設計能力,以便研究人員可以確保協(xié)議順利進(jìn)行(並可能弄清楚哪裡出了問題,如果他們讓它整夜運(yùn)行)範圍。

去年春天求得平衡,原型完成後不久,在 Canine 的 ITP 論文發(fā)表之前空間廣闊,Canine至關重要、Wagner 和 Chau 就被總部位於深圳的硬體加速器 HAXLR8R 錄取。 隊(duì)伍啟程前往中國(guó)用的舒心。 他們整個(gè)夏天都住在那裡技術發展,致力於將 OT.One 打造成一款可大規(guī)模生產(chǎn)的產(chǎn)品,當(dāng)他們回到美國(guó)後集成,立即啟動(dòng)了 Kickstarter 眾籌活動(dòng)重要手段。 他們還沒有時(shí)間運(yùn)行產(chǎn)生有關(guān)機(jī)器人錯(cuò)誤率或準(zhǔn)確性的可靠數(shù)據(jù)所需的測(cè)試互動講,但這並沒有阻止近 200 人為該活動(dòng)捐贈(zèng)超過 75,000 美元。

移液器圖片

將研究生從腕管中拯救出來像一棵樹,讓無能的 DIY 生物學(xué)家在沒有多年移液器訓(xùn)練的情況下進(jìn)行實(shí)驗(yàn)過程中,這一切都很好,但 Canine 對(duì) OpenTrons 的願(yuàn)景更遠(yuǎn)能運用。 廉價(jià)的開源自動(dòng)化帶來了標(biāo)準(zhǔn)化達到,並在每一個(gè)為 OT.One 投入 3000 美元(或只要 2000 美元,如果你去 Kickstarter)購(gòu)買 OT.One 的實(shí)驗(yàn)室中推廣不可缺少。 根據(jù)一些調(diào)查蓬勃發展,另一個(gè)實(shí)驗(yàn)室按照已發(fā)表的研究中提出的方法實(shí)際上可以重現(xiàn)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果比例低得驚人——例如低百分之十。 目前還不清楚為什麼會(huì)出現(xiàn)這樣的問題積極回應,但實(shí)驗(yàn)室之間的條件重要性、實(shí)驗(yàn)方案、甚至移液技術(shù)的變化都是不受控制的變數(shù)多種場景。

Canine 認(rèn)為多元化服務體系,廣泛的自動(dòng)化,加上創(chuàng)客使用、DIY 者和佔(zhàn)領(lǐng)運(yùn)動(dòng)的開源精神大幅拓展,或許能夠提高這一比例發行速度。 解決這部分問題需要的不僅僅是一個(gè)廉價(jià)的機(jī)器人更加堅強。

OT.One 由名為 Mix.Bio 的基於瀏覽器的介面控制,該介面允許用戶將不同的命令性能、液體和生物成分拖放到 OT.One 然後運(yùn)行的協(xié)議中初步建立。 合成生物學(xué)一直用DNA作為程式語(yǔ)言來比喻自己,而Mix.Bio在其之上放置了一個(gè)用戶友好的GUI供給。 Mix.Bio還允許用戶輕鬆共享和下載協(xié)議的方法,這使整個(gè)系統(tǒng)回到了MakerBot概念。

“我們的整體目標(biāo)是成為生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)位製造機(jī)器進行探討,”Canine 說落到實處,“你可以通過電子郵件向朋友發(fā)送文件,確保床上有正確的燈絲或材料十分落實,然後點(diǎn)擊運(yùn)行倍增效應。”

OpenTrons 系統(tǒng)仍然依賴大量的手工生物學(xué)工作——MakerBot 床上的材料是一堆塑料製造業; OT.One 床中的材料是懸浮在液體中的生物構(gòu)件的複雜而脆弱的組合優化服務策略,但在理想的世界中,這種自動(dòng)化將允許快速發展基礎、值得信賴的分散式實(shí)驗(yàn)兩個角度入手。 世界各地?cái)?shù)百個(gè) OpenTrons 系統(tǒng)可以同時(shí)運(yùn)行相同的實(shí)驗(yàn)建強保護,在相對(duì)較短的時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生比任何一個(gè)實(shí)驗(yàn)室單獨(dú)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)多幾個(gè)數(shù)量級(jí)的數(shù)據(jù)。 隨著系統(tǒng)的計(jì)劃增加生產效率,例如 Canine 估計(jì)明年夏天可能會(huì)推出的離心機(jī)使命責任,這些可共享的協(xié)議將能夠複製越來越複雜的實(shí)驗(yàn)。

最終使用,對(duì)於習(xí)慣用摩爾定律思考的人來說強化意識,個(gè)人電腦的類比有點(diǎn)令人不滿意。 生物過程比計(jì)算機(jī)需要更多的時(shí)間基本情況。 被操縱的生物體需要時(shí)間來生長(zhǎng)現場,但更重要的是,將整個(gè) DNA 作為程式語(yǔ)言的隱喻從根本上具有誤導(dǎo)性力量。 我們還不能直接侵入生活的命令行我有所應,只能嘗試透過較弱的連接來擺弄它,並希望預(yù)期的更改能夠在不破壞整個(gè)系統(tǒng)的情況下完成深入實施。 即便如此至關重要,也需要幾天的時(shí)間(和大量的移液)才能看到是否有效果。 合成生物學(xué)最成功的故事之一來自加州大學(xué)柏克萊分校效果,該校的研究人員成功地將酵母進(jìn)行基因改造有所應,生產(chǎn)出一種名為青蒿素的抗瘧疾藥物。 這項(xiàng)工作的首席科學(xué)家 Jay Keasling 估計(jì)該項(xiàng)目需要 150 人年的工作才能完成合作關系。

考慮到相對(duì)巨大的複雜性和緩慢的速度著力提升,向 Canine 詢問某人自製生物版 3D 列印槍、某種超級(jí)病毒或一種新的抗抗生素瘟疫的危險(xiǎn)傳遞,似乎有點(diǎn)愚蠢融合, 但他認(rèn)真對(duì)待這個(gè)問題。 「我們對(duì)生物技術(shù)的恐懼是正確的規模最大,因?yàn)樗欠浅7浅?qiáng)大的東西穩中求進,」他說。 “但我認(rèn)為問題不在於技術(shù)最深厚的底氣,而在於擁有技術(shù)的人協同控製,到目前為止,技術(shù)主要被用來強(qiáng)化有毒做法品質,並維持對(duì)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等方面的束縛利用好。”

回到他的第一個(gè)比喻最為顯著,他繼續(xù)說道:「電腦最初是為了投擲炸彈而開發(fā)的尤為突出,並不是每個(gè)人一開始都在上面製作動(dòng)圖並微笑的令人驚奇的東西。但我們正在努力做的一件事是讓人們能夠利用生物技術(shù)創(chuàng)新來製造不受逐利限制的產(chǎn)品環境。

所有照片均由 Andrew White/Re:form 拍攝

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