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DNA 標(biāo)記

一種同時(shí)分割 DNA 並以適配序列標(biāo)記的技術(shù)高效利用,主要用於為次世代定序 (NGS) 高效製備 DNA 文庫(kù)適應性。這個(gè)過(guò)程對(duì)於 DNA 定序發揮效力、標(biāo)靶研究有所應、元基因組學(xué)和染色質(zhì)分析(如 ATAC-seq)等工作流程至關(guān)重要。

哪些工作流程需要 DNA 標(biāo)記特點?

DNA 標(biāo)記的主要目的是為下一代定序快速且有效率地製備 DNA 文庫(kù)積極回應。此過(guò)程簡(jiǎn)化了文庫(kù)製備,減少了所需的時(shí)間和步驟又進了一步,並能在定序過(guò)程中實(shí)現(xiàn)更均勻的覆蓋多種場景。 DNA 標(biāo)記常用於各種工作流程多元化服務體系,例如:

  1. DNA 定序,尤其是 NGS 工作流程擴大公共數據。
  2. 對(duì)特定基因組區(qū)域感興趣的定向定序研究深度。
  3. 對(duì)不同生物群落進(jìn)行定序的元基因組研究。
  4. 染色質(zhì)分析研究重要平臺,如 ATAC-seq(利用定序進(jìn)行轉(zhuǎn)座酶可接觸染色質(zhì)的分析)深刻認識。

DNA 標(biāo)記從未如此簡(jiǎn)單

OT-2 是一款臺(tái)面式液體工作站,設(shè)計(jì)方便靈活應用提升,可自動(dòng)處理許多常見應(yīng)用主動性。

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DNA 標(biāo)記的最佳方法

  1. Nextera DNA 文庫(kù)製備: 這種商業(yè)方法由 Illumina 開發(fā),使用特定的轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行標(biāo)記發展的關鍵。
  2. ATAC-seq:這種方法將標(biāo)記與定序結(jié)合道路,以評(píng)估染色質(zhì)的可及性。
  3. 客製化轉(zhuǎn)座酶系統(tǒng): 一些研究小組已針對(duì)特定應(yīng)用或生物體優(yōu)化了轉(zhuǎn)座酶酶和方案真諦所在。

協(xié)議亮點(diǎn)

Opentrons 可協(xié)助您使用 OT-2和 Opentrons Flex 的開源協(xié)議實(shí)現(xiàn) DNA 標(biāo)記自動(dòng)化

DNA 標(biāo)記為何如此困難指導?

  • 酵素的敏感性: 轉(zhuǎn)座酶對(duì)濃度、反應(yīng)時(shí)間和溫度等各種因素都很敏感充分。微小的偏差都可能導(dǎo)致標(biāo)記過(guò)度或標(biāo)記不足規則製定。
  • 最佳化: 要在定序過(guò)程中實(shí)現(xiàn)均勻的片段化和均勻的覆蓋率,需要對(duì)標(biāo)記條件進(jìn)行仔細(xì)的最佳化優化服務策略。
  • DNA 品質(zhì): DNA 樣本的純度和完整性會(huì)影響標(biāo)記的效率和結(jié)果。

以手動(dòng)移液法進(jìn)行 DNA 標(biāo)記的主要挑戰(zhàn)

  • 可重複性: 手動(dòng)移液會(huì)造成酵素和 DNA 濃度的變化發展基礎,導(dǎo)致結(jié)果不一致兩個角度入手。
  • 污染風(fēng)險(xiǎn): 手動(dòng)移液會(huì)增加樣本間交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)。
  • 效率: 同時(shí)製備多個(gè)樣本會(huì)耗費(fèi)大量人力和時(shí)間同期。

與手動(dòng)移液相比生產效率,自動(dòng)化 DNA 標(biāo)記的優(yōu)勢(shì):

  • 一致性與重複性: 自動(dòng)化系統(tǒng)可提供一致的產(chǎn)量,減少人為錯(cuò)誤效果。
  • 吞吐量: 自動(dòng)化系統(tǒng)可同時(shí)處理多個(gè)樣本使用,大幅縮短製備時(shí)間。
  • 降低污染風(fēng)險(xiǎn):減少人工幹預(yù)密度增加,降低交叉污染風(fēng)險(xiǎn)有效性。
  • 最佳化: 可對(duì)自動(dòng)化系統(tǒng)進(jìn)行編程,同時(shí)測(cè)試多個(gè)條件機遇與挑戰,進(jìn)而協(xié)助最佳化標(biāo)記條件廣泛關註。

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