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自動化 NGS 工作流程的 5 個理由

與第一代方法相比,新一代定序 (NGS) 具有更快的速度增幅最大、更低的成本和更高的通量反應能力,已將生物學研究推入了一個新時代核心技術。 全基因組定序最為顯著、表觀基因組學、宏基因組學和微生物組學只是當今眾多 NGS 應用中的一小部分,它們促進了流行病學可能性更大、癌癥診斷和藥物領域的進步廣泛關註。

自動化 NGS

與第一代方法相比,次世代定序 (NGS) 具有更快的速度、更低的成本和更高的通量,已將生物學研究推入了一個新時代各項要求。 全基因組定序、表觀基因組學反應能力、宏基因組學和微生物組學只是當今眾多NGS 應用的一小部分共謀發展,它們促進了流行病學學習、癌癥診斷和藥物發(fā)現的進步結構重塑,並極大地提高了我們對生物體如何利用遺傳訊息在環(huán)境中生存和繁殖的理解。 不斷變化的環(huán)境應用優勢。

市場上有各種各樣的測序儀器和服務提供商高質量發展,NGS 正迅速被各種規(guī)模和不同預算的實驗室所接受。 雖然定序和數據分析通常是自動化的高效節能,但上游 NGS 步驟影響力範圍,即樣品處理和文庫製備通常是手動進行的。 幸運的是新創新即將到來,透過一些努力和優(yōu)化邁出了重要的一步,這些步驟可以在移液機器人上輕鬆自動化,為使用者節(jié)省了許多潛在的麻煩設施。 在這裡需求,我們來看看自動化 NGS 工作流程的 5 大理由。

  1. 可擴展性

如果您曾經嘗試過手動處理大量 NGS 結合樣本組合運用,那麼擴大規(guī)模的潛力應該會讓您對自動化感到興奮更讓我明白了。 機器人的具體功能取決於型號,但在大多數情況下,您將能夠同時處理多達 96 個樣本探索,從而顯著減少手動處理相同數量的樣本所需的時間生產創效。

自動化還為您省去了批量處理樣品的可怕麻煩,由於離心機尺寸管理、樣品降解風險(例如優化上下,使用 RNA 時)以及最大數量的限制,這在手動設定中通常是必要的模樣。 人們在任何時候都感覺可以輕鬆處理的樣本不斷創新。 比避免麻煩更重要的是,更少的批次意味著更少或沒有批次間的差異提供了遵循。

2參與水平、創(chuàng)新

透過自動化擴大 NGS 實驗規(guī)模將不可避免地讓您能夠解決手動設定幾乎無法解決的新研究問題。 以下是一系列 NGS 應用的幾個範例:

藥物發(fā)現:篩選大量新型化合物服務效率,以尋找疾病材料(例如細胞系)中所需的轉錄或表觀遺傳學變化明確相關要求,而不是試圖挑選可能具有治療相關作用的化合物。

微生物組學:分析足夠大的樣本集統籌發展,以獲得您選擇的物種中「正成罨嫱?!刮⑸飬^(qū)系的圖片。 如果您一次只能處理 12 或 24 個樣本生產製造,這將是一項不可能的任務開展試點。

植物育種:大規(guī)模鑑定農藝重要基因和遺傳標記,以幫助基因組選擇和基因工程開發(fā)具有高度理想性狀的新品種共同。

疾病研究與診斷:篩選大量臨床樣本以發(fā)現新的疾病相關基因或生物標記推進一步。

環(huán)境監(jiān)測:透過對其無脊椎動物居民進行定性和定量序列分析來評估生態(tài)系統(tǒng)的健康狀況。

除了增加您自己的研究創(chuàng)新之外簡單化,更高的通量還應該促進與其他實驗室加強合作力度,為新專案和發(fā)現打開大門,否則這些專案和發(fā)現將非常具有挑戰(zhàn)性(如果可能的話)系統性。

  1. 一致的數據質量

在整個NGS工作流程中勇探新路,樣本處理、文庫建置以及PCR擴增和文庫標準化等下游處理步驟特別容易出現人為錯誤傳遞。 該協(xié)議很冗長試驗,有許多移液步驟和不斷變化的試劑體積,通常需要沿途將樣品轉移到新管中開展攻關合作。 不正確的標籤製度保障、污染、移液錯誤或與方案的最輕微偏差都會嚴重影響結果數據自行開發。

即使人為錯誤完全不可避免銘記囑托,批次之間的差異以及工作人員之間樣品處理的差異也是不可避免的引領。 如果可能的話,監(jiān)控 NGS 工作流程中的這些錯誤和變更也是不切實際的示範。 自動化樣品和文庫製備緩解了這個問題應用前景,提供更好的過程控制、準確高效的工作流程以及獨立於人員變動的更好的運行重複性運行好,從而無論您有1 個還是1,000 個樣品首次,都可以提供可靠性和一致的數據品質。

  1. 增加離開時間

這並不完全是黑白分明的部署安排,因為您需要在啟動階段投入一些時間和精力搖籃,以確保您的移液機器人能夠執(zhí)行嚴格的協(xié)議。如果幸運的話推廣開來,您也許能夠找到一個 從其供應商或您選擇的核酸提取和文庫製備試劑盒的供應商處獲取適合您機器人的腳本推動,其中許多供應商與自動化供應商合作開發(fā)自動化就緒協(xié)議。

無論如何資源配置,一旦您的自動化設定啟動並運行信息,您就可以享受將寶貴的實驗室時間花在規(guī)劃新的關鍵實驗上,而不是重複的樣品和文庫準備大力發展。 自動化還可以減少對員工進行多種不同方案培訓所需的工作量豐富內涵,從而釋放更多資源,並避免員工因過度移液而造成的重複性勞損產能提升。

  1. 降低成本

根據您目前的資源適應性,在設置和最佳化階段可能會產生相當大的支出,例如通過活化,如果您的實驗室還沒有移液機器人落地生根,您將需要獲得移液機器人。 您還需要花時間對機器人進行編程以執(zhí)行各種協(xié)議研學體驗。 然而建設項目,一旦您的自動化設定啟動並運行,節(jié)省的員工培訓和樣品處理時間以及避免人為錯誤導致的材料和試劑損失可能會轉化為顯著的成本節(jié)省落實落細,特別是當NGS 是常規(guī)且關鍵的部分時你的研究。

你能自動化完成工作嗎高效化?

別擔心製高點項目,即使是最好的自動化設定也不能完全消除人工幹預的需要。 您仍需要納入品質控制檢查

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