作者雷德和金納裡·沃森

摘要Swift 2S Turbo DNA庫套件是完全自動化的前來體驗，使用中心OT-2快速自主研發，放手，高為Illumina下一代定序提供的高品質(zhì)文庫更加廣闊。主要發(fā)現(xiàn).8個序列準(zhǔn)備的DNA文庫可以在3小時內(nèi)建構(gòu)損耗。 .分析了326bp和330bp的目標(biāo)插入物大小人類基因組DNA。 .低PCR偏倚非常完善，顯示微生物和人類文庫的PCR重複水準(zhǔn)為分別為0.02%和0.01%性能穩定。 .在OT-2運行過程中保持高DNA覆蓋率，透過相似的reads百分比來描述對齊：微生物文庫佔95.4%作用，人類文庫佔96.4%情況正常。 .可靠且精確的性能視子熱循環(huán)器模組與第三方熱循環(huán)器相比，透過相似的產(chǎn)率為5.1ng/μland 7.36ng/μl技術特點，CVs分別為13%和14%醒悟。

介紹次世代定序（NGS）文庫製備是RNA或DNA片段的過程酶法定序用的使用NGS庫的準(zhǔn)備正在迅速增加，為醫(yī)療保健和生命科學(xué)的研究人員提供了各種工作流程高質量，以實現(xiàn)更快也逐步提升、更容易和更高的成本分析和解釋大型基因組資料集的有效方法(1)。 Swift 2S渦輪DNA文庫準(zhǔn)備

支援各種樣品的文庫準(zhǔn)備分子應(yīng)用註入了新的力量。這個自動化友善的工作流程是壓縮的重要的作用，但要手動完成工作流程仍然會出現(xiàn)移液錯誤，需要幾個錯誤嗎幾個小時完成去創新。在這裡足夠的實力，我們說明了Swift 2S渦輪文庫製備微生物的完全自動化以及人類基因組DNA。複雜的庫製備可以完全自動化的視中心OT- 2結構，模組全面闡釋，實驗室軟體，和歐米茄生物-tek標(biāo)記結(jié)合?純NGS珠子合規意識。

材料與方法製備了350bp插入大小的文庫~560bp文庫使用人類基因組DNA(科里氏菌. NA12878)和Ecoli（ER2925）gDNA的GC含量分別為40和50%尤為突出。每個opentronOT-2運行包含7個重複，每個運行包含5或10個PCR週期，取決於啟動輸入影響力範圍。使用的結(jié)紮母混合包括1：10稀釋的試劑W4以減少適配器二聚體大局。每個文庫都在Illumina MiSeq Nano v2 2x250試劑盒上進(jìn)行定序。視轉(zhuǎn)子熱循環(huán)器模組和溫度模組用於主動冷卻主混合邁出了重要的一步，索引和樣本使用Omega-Beo-tekMag-Bind?進(jìn)行基於珠子的清理純NGS珠子(2)有序推進。這些模組共同允許這個複合工作流程的完全自動化（圖1）。 OT-2使用P300GEN2 8通道移液管和P50 GEN2單通道移液管進(jìn)行運行E.大腸桿菌gDNA需求，P300GEN2 8通道移液管和P20 GEN2單通道移液管與人類gDNA一起運作堅定不移。然而，我們建議P20. GEN2單通道移液管每次運行更讓我明白了，使用3個尖端（圖1）指導。總運行時間充分，包括動手時間和機(jī)器人運行時間進一步完善，約3小時（圖2）。峰值片段大小使用安捷倫2100生物分析儀fastq檔確定.

使用星系(7)中的FASTQC V0.11.9 (3)競爭力、BOWTIE2 (4)調整推進、Qualimap- BAMQC (5)和Bam覆蓋V2.4.1.0 (6)進(jìn)行分析，以確定覆蓋率機製性梗阻、插入大小機製、讀取與基因組對齊、GC含量和重複百分比集成應用。 BWA對齊器V1.1.4進(jìn)行進(jìn)一步分析探討。

結(jié)果文庫的產(chǎn)量具有很高的可重複性和可比性在同一運行範(fàn)圍內(nèi)的跨樣本和跨物種。 Ecoli gDNA輸入100 ng高效流通，人類gDNA輸入77 ng調解製度。 . . Ecoli文庫的工作流程包括10個PCR循環(huán)，平均濃度為20.34ng/μl7%的變異係數(shù)（CV）功能。人類gDNA文庫工作流程包括5個PCR週期應用的因素之一，平均週期為. 該文庫具有可比性，平均峰片段大小為591bp預期，CV為7%. 人類文庫的平均峰值片段大小為569bp敢於監督，CV為4%。產(chǎn)量和峰值片段大小CV顯示了不同井和不同物種之間的一致性（圖3）結構。定序指標(biāo)在不同樣本和不同物種之間也具有可比性推進一步。大腸桿菌和人類文庫的平均插入物大小分別為326和330 bp，與依試劑規(guī)格納入直接定序的DNA目標(biāo)長度相對應(yīng)簡單化。兩個實驗都顯示了約95%的讀取映射時與參考基因組序列對齊力度，高DNA回收率和大小選擇始終保留每次運行明確了方向，以非常低的PCR重複來說明（圖4）。 . 在Ecoli樣本（圖S1）和人類樣本（圖S2）中的一致覆蓋顯示了相同的性能和序列表示善謀新篇。而且單核苷酸變異（SNV）rs6061194為這進(jìn)一步展示了性能（圖S3）。最後便利性，對中心熱循環(huán)器模組的性能類似於手動第三方熱循環(huán)器(8)方法，在產(chǎn)量和CV上具有共通性。產(chǎn)率分別為5.1ng/μland和7.36ng/μland該端對端Opentrons庫製備系統(tǒng)的精度和可靠性（表1）提供有力支撐。

結(jié)論Opentrons OT-2可以一次提供8個或更多的高品質(zhì)庫切實把製度，至少不到3個小時，最終減少了手動移液錯誤的風(fēng)險自行開發，並節(jié)省了用戶時間進行部署。 .可重複的和一致的測序指標(biāo)在微生物和人類文庫的產(chǎn)量、CV應用情況、插入大小保護好、對齊、PCR重複和覆蓋方面表現。 .當(dāng)產(chǎn)率和CV為時特點，視中心熱循環(huán)器模組的可靠和精確的性能與第三方熱循環(huán)器相比。

圖1. Swift 2S渦輪增壓工作流程和OpSwift 2STurbo DNA文庫試劑盒?協(xié)議結論。此佈局包括P20 GEN2單通道移液管和P300GEN2 8通道移液管和諧共生。模組要求包括視中心熱循環(huán)器模組，溫度模組和磁性模組適應性強。這個實驗室器皿要求包括兩個NEST 0.1ml 96孔PCR板全裙技術交流，一個NEST深12孔儲液器，三個NEST 2ml螺帽管和中心24孔鋁塊拓展。