摘要利用Opentron的OT-2和平臺(tái)擴大，我們展示了一種高度敏感最為顯著、經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的管道行業內卷，用於基於pcr的SARS-CoV-2檢測(cè)的特性。

主要發(fā)現(xiàn).此管道可在所有目標(biāo)上檢測(cè)到微量病毒至0.5拷貝/μLwith責任，≥準(zhǔn)確率為96%，顯示OT-2的靈敏度可與其他自動(dòng)化系統(tǒng)媲美。 .一個(gè)冠狀病毒交叉反應(yīng)性小組展示了該病毒與SARS多種、MERS和人類冠狀病毒229E相比指導，SARS-冠狀病毒2檢測(cè)的特異性廣泛認同，NL63和OC43。 .在3小時(shí)內(nèi)完成了96個(gè)樣本的病毒RNA提取流動性，平均閾值週期（Ct）為36個(gè)鍛造，平均標(biāo)準(zhǔn)差為1.0，平均變異係數(shù)（CV）為2.8%持續創新。

介紹SARS-CoV-2引起的COVID-19世界衛(wèi)生宣布全球大流行改善。 2020年3月11日的組織機(jī)構(gòu)(1)。從那時(shí)起協調機製，那裡一直是全球?qū)Υ笠?guī)模發(fā)展的高度重視信息化，高通量測(cè)試。而許多預(yù)防措施諸如社交距離和口罩強(qiáng)制要求等措施已在世界上許多國(guó)家得到執(zhí)行實踐者，大規(guī)模檢測(cè)已被證明是最大限度地減少疾病傳播和對(duì)全球經(jīng)濟(jì)和公共衛(wèi)生的威脅的有力選擇取得明顯成效。如南方的國(guó)家韓國(guó)(2)和新加坡(3)已經(jīng)擴(kuò)大了非凡的測(cè)試工作，並已成為遏制的模式疾病預(yù)計(jì)還會(huì)有一種可靠的疫苗數據，還有幾個(gè)月的時(shí)間（4個(gè)）和大量的測(cè)試選擇顯示出很高的假陰性率（5個(gè)）創新的技術，增加可靠的測(cè)試選項(xiàng)的數(shù)量是至關(guān)重要的。

在本研究中發行速度，我們舉例說(shuō)明了一個(gè)簡(jiǎn)單且可重複的方法使用Opentrons OT-2更加堅強、模組和實(shí)驗(yàn)室軟體的基於SARS-CoV-2 RT-PCR的檢測(cè)策略。這種自動(dòng)友善的工作流程是非常敏感的性能，令人難以置信的實(shí)惠初步建立，並且可以對(duì)增加測(cè)試提供不可估量的幫助全球能力。

材料與方法合成SARSCoV-2 RNA對(duì)照2（Twist生物科學(xué)）和合成供給，合成陽(yáng)性樣本的方法。鼻基質(zhì)（SNM）(6)，每個(gè)樣本包含200個(gè)μL裂解緩衝液和35 μL蛋白酶K（PK）重要的意義。 SNM與Nuttada等人(6)中概述的內(nèi)容類似持續。 (SNM： 110 mM氯化鈉，1% w/v黏蛋白從豬胃II型（Sigma M2378-100G）和10 μg/mL w/v人類基因組DNA（Coriell NA12878）在90% v/v的TE /SNMEeach樣品在室溫下孵育15分鐘進(jìn)行裂解再獲。

RNA萃取使用Promega進(jìn)行?HT病毒TNA試劑盒產品和服務，裂解後立即發(fā)生。在樣品中加入珠子和異丙醇後體驗區，在OT-2上暫停發(fā)生了混合盤(pán)10分鐘的關(guān)閉甲板渦旋器增多。一旦混合完成活動上，OT-2每個(gè)樣品在65 μL中洗脫。 . 這個(gè)OT-2在左側(cè)使用了gen2p300 8通道移液管安裝多達(dá)10個(gè)200 μL過(guò)濾器運(yùn)行進一步推進，包括GEN2磁性模組和GEN2溫度模組（圖1）導向作用。總運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間應用的選擇，包括動(dòng)手操作時(shí)間和裂解時(shí)間十大行動，在1小時(shí)到3.5小時(shí)之間變化（圖2）。

美國(guó)疾病預(yù)防控制中心（CDC）的引子和探針：.2019-nCoV_N1-F (GACCCCAAAATCAGCGAAAT).2019-nCoV_N1-R (TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG).2019-nCoV_N1P (TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG).2019-nCoV_N1P (TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG).2019-nCoV_N1P (TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG).2019-nCoV_N1P (FAM-CoACC-Fin NIMSA41F45-F45-F45-Fin (FT413-FCGF5) (TTACAAACATTGGCCGCAAA)?2019nCoV_N2-R (GCGCGACATTCCGAAGAA)?2019-nCoV_N2-P (FAMACAATTTGCCCCCAGCGCGCTTCAGBHQ1)?RP-F (AGATTTGGACCTGCGAGCG)?RP-R (GAKWTGG

它們是從整合DNA技術(shù)公司訂購(gòu)的（IDT背景下，2019-nCoV CDC EUA試劑盒）綜合措施。 N1、N2和RNase P以建議的濃度進(jìn)行預(yù)混2019-由CDCnCoV N 陽(yáng)性對(duì)照(GenBank：NC_045512.2)和Hs_RPP30陽(yáng)性對(duì)照均來(lái)自IDT自然條件，分別用於SARS-CoV-2陽(yáng)性對(duì)照和人類RNA陽(yáng)性對(duì)照設計標準。一步入門(mén)版?III RT-PCR試劑盒（Takara Bio Inc.）

在Takara或Luna?通用探針一步RT-qPCR試劑盒（NEB）以Lista、Maria Jose等人測(cè)試的建議濃度使用(7)互動互補。以下的程序是否進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)：逆轉(zhuǎn)錄結(jié)果為在55°C下進(jìn)行10分鐘發揮重要帶動作用。初始變性是在95°C下變性1分鐘，然後在95°C下變性50次循環(huán)10秒意料之外，然後退火30秒60°C.

柏林Charite/世界衛(wèi)生組織（WHO）的引子和探針：?E_Sarbeco_F1 (ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT)?E_Sarbeco_R2 (ATATTGCAGCAGTACGCACACA)?E_Sarbeco_P1 (FAM-ACACTAGCTCATCCTTACTdCGTG-QCAKA1S1(F8F)5(FK

圖1：易於採(cǎi)用基於SARS-CoV-2pcr的檢測(cè)管道A至關重要。此管道從合成樣品開(kāi)始。在…之後將樣品重新格式化為NEST 96深井板2 mL效果，樣品在室溫下保存15分鐘進(jìn)行裂解無障礙，然後使用視轉(zhuǎn)子GEN2磁性模組和GEN2溫度模組對(duì)OT-2進(jìn)行RNA萃取。最後快速融入，在RT-qPCR機(jī)器上進(jìn)行RT-PCR。 B.OT-2上的這個(gè)佈局包括GEN2p300 8通道移液管系統、GEN2溫度模組和GEN2磁性模組增強。實(shí)驗(yàn)室軟體的要求包括多達(dá)10個(gè)200μL過(guò)濾頂，1個(gè)NEST 1井水庫(kù)195 mL交流等，一個(gè)NEST2 mL深井板更加廣闊，兩個(gè)NEST 12井水庫(kù)15 mL，一個(gè)NEST96孔板100μL PCR全裙提高】梢允褂?？偟膩?lái)說(shuō)，每個(gè)樣本的總?cè)斯ぱu品成本為14.35美元紮實。

圖2：快速完成在Opentrons OT-2上的COVID測(cè)試效高化。準(zhǔn)備時(shí)間和樣本重新格式化的時(shí)間在10分鐘到40分鐘之間，這取決於吞吐量投入力度。裂解的時(shí)間總是15分鐘創造。運(yùn)行時(shí)間，描述為OT-2執(zhí)行運(yùn)行所需的時(shí)間，在8個(gè)樣本的37分鐘到96個(gè)樣本的2小時(shí)到38分鐘之間變化設備製造“l展需要？偟膩?lái)說(shuō)，96個(gè)樣品可以在大約3.5小時(shí)內(nèi)準(zhǔn)備和萃取管理。

原文網(wǎng)址：負(fù)擔(dān)得起的COVID-19測(cè)試使用OT-2的自動(dòng)化