摘要Swift2S?Turbo DNA文庫(kù)試劑盒與OT-2一起自動(dòng)化，用於快速和穩(wěn)健的製備用於下一代定序的高品質(zhì)文庫(kù)組合運用。 .用100和1 ng輸入的庫(kù)由不同氣相色譜含量的細(xì)菌混合物製備關規定，包括：金黃色葡萄球菌發展成就、大腸桿菌和鏈黴菌阿維菌帶動擴大。 .手工製備的庫(kù)和openteronOT-2的性能相當(dāng)在規(guī)模和產(chǎn)量方面。類(lèi)似的定序也觀察了複雜度、覆蓋率和相對(duì)表示等指標(biāo)。

介紹下一代定序（NGS）文庫(kù)的製備需要多個(gè)步驟來(lái)進(jìn)行片段化實現了超越、拋光、腺苷化去完善，連接和PCR相對開放，需要2到5個(gè)主混合添加，孵育脫穎而出，和SPRI清理。實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化可以減少技術(shù)的實(shí)際操作時(shí)間生產創效，同時(shí)由於人為錯(cuò)誤和污染而增加實(shí)驗(yàn)的可靠性結構。 opt-2是一個(gè)負(fù)擔(dān)得起的液體處理平臺(tái)，從5000美元優化上下，使複雜圖書(shū)館準(zhǔn)備的自動(dòng)化能力建設。自動(dòng)化的實(shí)現(xiàn)和實(shí)現(xiàn)使用Swift2S?Turbo DNA文庫(kù)試劑盒(1)的強(qiáng)大流體確保了下一代定序的快速和一致的性能。兩到三個(gè)小時(shí)的渦輪增壓機(jī)協(xié)議允許不同的輸入量的DNA (1到. 250 ng)生產體系，捲和樣本類(lèi)型已演示服務。這裡有一個(gè)模擬細(xì)菌群落，Swift2S?帶有OT-2的渦輪DNA文庫(kù)試劑盒是一種快速且理想的文庫(kù)製備解決方案能力和水平，可用於全基因組定序覆蓋、靶向外顯子組、基因分型和宏基因組學(xué)等應(yīng)用研究。

方法和材料用三種GC含量不同的細(xì)菌高效，即金黃色葡萄球菌（ATCC 25923D-5）、大腸桿菌（ATCC 700926）的基因組DNA製備了文庫(kù)和鏈黴菌（ATCC 31267），以相同摩爾濃度的DNA混合機構。文庫(kù)由經(jīng)驗(yàn)豐富的Swift開(kāi)發(fā)人員手工製備的特性，有6或8個(gè)DNA技術(shù)複製，每個(gè)文庫(kù)準(zhǔn)備輸入100 ng和1 ng基礎。 8個(gè)技術(shù)複製提供堅實支撐。這兩種輸入也在視中心上準(zhǔn)備了OT-2.在OT-2上製備的100 ng輸入樣品中使用的碎片主混合包括RegentDE以減緩破碎反應(yīng)(2)。每次反應(yīng)加入5 ul試劑DE高產，不加入試劑K2信息化技術，片段時(shí)間增加到15min，共製備350bp. 插入大小明確了方向。採(cǎi)用PCR方法將各項(xiàng)指標(biāo)與100 ng和1 ng分別進(jìn)行5和11個(gè)循環(huán)8. 隨機(jī)選擇文庫(kù)進(jìn)行定序系統性，包括從OT-2上的輸入和用手地所有測(cè)序均在Illumina MiSeq標(biāo)準(zhǔn)V2 PEx150上進(jìn)行。對(duì)轉(zhuǎn)子溫度和磁性模組用於主動(dòng)冷卻酶和磁珠清理協(xié)議上的OT-2改進措施。對(duì)於可比性分析就此掀開，讀取被標(biāo)準(zhǔn)化為每個(gè)樣本的190萬(wàn)次讀取。

Swift2S?Turbo DNA文庫(kù)試劑盒（左圖）穩步前行。所有這些實(shí)驗(yàn)都使用了酶主動(dòng)冷卻所需的視子溫度模組和珠狀清理所需的磁性模組。熱循環(huán)器模組可以添加到OT-2甲板上動手能力，以實(shí)現(xiàn)完全自動(dòng)化逐步改善。 Swift2S?Turbo協(xié)議包括輸入DNA的酶剪切、適配器連接提升、索引或可選的PCR大大提高。在結(jié)紮和PCR步驟後使用SPRI清理。

結(jié)果隨著自動(dòng)化的時(shí)間節(jié)省研究成果，Swift2S?在OT-2上準(zhǔn)備的Turbo庫(kù)是穩(wěn)健的和可與手動(dòng)生成的庫(kù)比較取得了一定進展。為了說(shuō)明Swift2S?Turbo的無(wú)偏性能OT-2，文庫(kù)的輸入量為100 ng和使用三種GC含量（33 -71%）的菌株的細(xì)菌混合物大面積。圖書(shū)館是由雙方準(zhǔn)備的一個(gè)經(jīng)驗(yàn)豐富的Swift2S?渦輪增壓器開(kāi)發(fā)者和在Opentrons OT-2.試劑DE物聯與互聯，用於減緩酶促反應(yīng)在房間中持續(xù)較長(zhǎng)時(shí)間時(shí)的碎片化在自動(dòng)液體處理過(guò)程中的溫度(2)相結合，為已加入到碎片化主混合程序中。因此，與文庫(kù)大小相當(dāng)一站式服務，產(chǎn)量為85 %與手動(dòng)準(zhǔn)備的庫(kù)相比非常激烈，OT-2版本(圖2).在OT-2上製備的8個(gè)技術(shù)重複中長足發展，文庫(kù)產(chǎn)量的CV為14%基石之一。

定序指標(biāo)也具有可比性手動(dòng)進(jìn)行準(zhǔn)備，並在OT-2上進(jìn)行準(zhǔn)備日漸深入。例如相關，9%3的reads映射到參考基因組在細(xì)菌混合物中大力發展，顯示在OT-2上製備的庫(kù)沒(méi)有污染或減少不忠（圖3）。重複項(xiàng)的可比百分比在人工和自動(dòng)製備中觀察到的結(jié)果表明生產效率，DNA在整個(gè)SPRI過(guò)程中都被保留了下來(lái)在OT-2上執(zhí)行的清理操作（圖3）產能提升。自動(dòng)化和手動(dòng)庫(kù)準(zhǔn)備人員之間的一致覆蓋範(fàn)圍和相對(duì)豐度進(jìn)一步顯示了具有可比性的性能和序列表示（圖4）。

圖3.手動(dòng)編制的可比較的排序指標(biāo)庫(kù)健康發展。手工準(zhǔn)備的庫(kù)用黃色表示，在opentronOT-2上準(zhǔn)備的庫(kù)以藍(lán)色表示系統。左邊和右邊的面板顯示了與參考基因組對(duì)齊的類(lèi)似的讀取量和重複的百分比非常重要。這些指標(biāo)顯示沒(méi)有污染或輸入DNA的流失會(huì)影響文庫(kù)的複雜性。

圖4空間廣闊。手工製備的庫(kù)和opentronOT-2上的庫(kù)的相對(duì)豐度和覆蓋率相當(dāng)營造一處。文庫(kù)被歸一化，以具有相同數(shù)量的定序reads（190萬(wàn)reads）進(jìn)行比較分析知識和技能。

結(jié)論自動(dòng)的庫(kù)準(zhǔn)備降低了潛力對(duì)於人為錯(cuò)誤取得顯著成效，減少了動(dòng)手時(shí)間和試劑，而不犧牲圖書(shū)館準(zhǔn)備的品質(zhì)實現。這個(gè)在OT-2平臺(tái)上自動(dòng)化的Swift2S?Turbo協(xié)議使8個(gè)或更多庫(kù)的健壯準(zhǔn)備工作得以實(shí)現(xiàn)2~3小時(shí)不容忽視，在技術(shù)重複之間的產(chǎn)量變化最小。 .試劑DE (2)用於在室溫下進(jìn)行自動(dòng)設(shè)置服務體系，以減緩破碎速度說服力。 .使用Opentrons OT-2製備的文庫(kù)具有可比性和可重複性（CV=14%）。 .對(duì)手工製備的文庫(kù)和在OT- 2上製備的文庫(kù)也觀察到類(lèi)似的測(cè)序指標(biāo)分析，具有相當(dāng)?shù)难}雜性表示、偏倚和覆蓋率。