背景

已經(jīng)評(píng)估了兩種用於從鼻咽拭子中高通量提取 RNA 以檢測(cè) SARS-CoV-2 的自動(dòng)化內(nèi)部協(xié)議很重要。

方法

在 10 天內(nèi)收集了 141 個(gè) SARS-CoV-2 陽性樣本近年來。內(nèi)部協(xié)議基於磁珠提取技術特點，設(shè)計(jì)用於Opentrons OT-2（OT-2_內(nèi)部）液體處理機(jī)器人或MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（MM_{內(nèi)部）。兩種協(xié)議均與使用 MagMAX} ^TM系統(tǒng)（MM_試劑盒）的商業(yè)試劑盒並行測(cè)試。核酸萃取效率是根據(jù) SARS-CoV-2 DNA 陽性對(duì)照計(jì)算的拓展應用。

結(jié)果

在檢測(cè)陽性樣本方面，內(nèi)部方案和商用試劑盒之間沒有發(fā)現(xiàn)顯著差異。 MM 試劑_盒效率最高互動式宣講，儘管_{內(nèi)部 MM 試劑盒}的平均 Ct 值低於其他兩種試劑盒。與商用試劑盒相比模式，內(nèi)部方案每萃取 96 個(gè)樣本可節(jié)省 350 歐元至 400 歐元自動化。

結(jié)論

所述協(xié)議利用易於取得的試劑和開源液體處理系統(tǒng)提升，適用於高通量設(shè)施中的 SARS-CoV-2 檢測(cè)。

引用： Lázaro-Perona F不折不扣、Rodriguez-Antolín C支撐能力、Alguacil-Guillén M、Gutiérrez-Arroyo A高效利用、Mingorance J特征更加明顯、García-Rodriguez J 等人。 （2021）評(píng)估兩種用於 SARS-CoV-2 檢測(cè)的自動(dòng)化低成本 RNA 萃取方案講理論。 PLoS ONE 16(2): e0246302的可能性。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246302

編輯： AM Abd El-Aty，埃及開羅大學(xué)

收稿日期： 2020 年11 月5 日市場開拓；接受日期： 2021 年1 月15 日措施；發(fā)表日期： 2021 年2 月16日

版權(quán)所有： ? 2021 Lázaro-Perona 等人。這是一篇開放取用的文章要落實好，根據(jù)知識(shí)共享署名授權(quán)條款分發(fā)緊密相關，允許在任何媒體中不受限制地使用、分發(fā)和複製先進技術，前提是註明原作者和來源培訓。

資料可用性：所有相關(guān)資料均在論文及其支援資訊檔案中。

資金：作者未收到此項(xiàng)工作的特定資金資助搶抓機遇。

競爭利益：作者已聲明不存在競爭利益分析。

介紹

SARS-CoV-2 疫情要求大規(guī)模使用 qPCR 檢測(cè)，以發(fā)現(xiàn)陽性病例並追蹤接觸者全面闡釋，從而阻止社區(qū)傳播非常激烈。在 qPCR 檢測(cè)之前，通常需要對(duì)臨床樣本進(jìn)行 RNA 萃取 [ 1-4 ]引人註目☆I域？紤]到每天檢測(cè)的樣本數(shù)量，大多數(shù)機(jī)構(gòu)無法採用手動(dòng) RNA 提取方法好宣講，因此註入新的動力，自動(dòng)化系統(tǒng)被廣泛用於此任務(wù) [ 5-7 ] 。自動(dòng)化系統(tǒng)的缺點(diǎn)是，它顯著增加了最終成本雙重提升，這可能會(huì)阻礙某些地區(qū)的大規(guī)模檢測(cè)。此外事關全面，由於需求增加表現明顯更佳，萃取試劑的庫存短缺導(dǎo)致診斷嚴(yán)重延遲。

本文介紹了兩種低成本的自動(dòng) RNA 萃取方法技術節能。第一種方法使用OT-2 系統(tǒng)（Opentrons穩定發展，紐約州紐約市基石之一，美國），這是一種能夠自動(dòng)執(zhí)行自行設(shè)計(jì)方案的開源液體處理機(jī)器人增持能力；第二種方法使用快速且易於使用的核酸萃取儀MagMAX ^TM Express-96 系統(tǒng)（Thermo Fisher Scientific共同努力，麻薩諸塞州沃爾瑟姆，美國）追求卓越。後者可在 30 分鐘內(nèi)提取多達(dá) 96 個(gè)樣本逐漸完善，但需要事先手動(dòng)分配試劑、磁珠和 96 孔板中的樣本合理需求，這會(huì)增加 30 分鐘是目前主流。作為替代方案，OT-2_內(nèi)部方案可以完全自動(dòng)化地在 104 分鐘內(nèi)處理多達(dá) 48 個(gè)樣本高質量。

方法

樣本採集

在十天內(nèi)充分發揮，收集了 141 份連續(xù)的 SARS-CoV-2 陽性鼻咽拭子，這些拭子帶有病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基（西班牙巴塞隆納 Deltalab）管理，並儲(chǔ)存在 4°C 下設計。處理前，將500 μL 病毒培養(yǎng)基和500 μL 4M 異硫氰酸胍(GTC)（德國希爾登Qiagen）與5 μg/mL 載體RNA 混合覆蓋範圍，使樣品失活優化程度，然後將樣品在80°C 下加熱2 分鐘，並短暫渦旋混合奮勇向前。

設(shè)備和試劑

核酸自動(dòng)萃取採用兩種系統(tǒng)：MagMAX ^TM Express-96 深孔磁粉處理器（King Fisher Instrument不斷豐富，Thermo Fisher Scientific，美國麻薩諸塞州沃爾瑟姆）和開放式系統(tǒng)OT-2（ Opentrons組建，美國紐約州紐約）各有優勢，配有GEN1 磁模組（Opentrons，美國紐約州紐約）和內(nèi)部協(xié)議重要的意義。兩種系統(tǒng)均使用 MagMAX? Express 96 板和深孔板（Thermo Fisher Scientific持續，美國麻薩諸塞州沃爾瑟姆）。

核酸萃取採用三種方法：1）根據(jù)製造商的說明占，使用MagMAX ^TM和商用MagMAX CORE 核酸純化試劑盒(MM_{試劑盒)（Thermo Fisher Scientific，美國麻薩諸塞州沃爾瑟姆）提供了有力支撐；2）OT-2 系統(tǒng)採用通用試劑（OT-2內(nèi)部}）激發創作，例如乙醇（Emsure?，Merck KGaA進一步意見，德國達(dá)姆施塔特）增幅最大、2-丙醇（Emsure?，Merck KGaA生產能力，德國達(dá)姆施塔特）標準、洗脫緩衝液（Omega BIO-TEK示範推廣，美國喬治亞州諾克羅斯）、無核酸酶水（Ambion ^TM即將展開，Thermo Fisher Scientific大幅增加，美國麻薩諸塞州沃爾瑟姆）和磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek傳承，美國喬治亞州諾克羅斯）等特點；3）MagMAX ^TM採用與商用試劑盒相同的協(xié)議相對簡便，但使用OT-2 方法中的試劑（MM_內(nèi)部）知識和技能。內(nèi)部協(xié)議是 Hui He 等人所描述的程序的修改版[8]對外開放。簡而言之完成的事情，將滅活的呼吸道樣本以1:1 的比例與異丙醇混合技術交流，至最終體積為500 μl（_{內(nèi)部OT-2）和1000 μL（內(nèi)部}MM）求得平衡，加入40 μL 磁珠並在室溫下孵育5 分鐘供給。接下來重要部署，用磁鐵將磁珠拉到管的一側(cè)並棄去上清液關註。然後用 500 μL 新鮮製備的 70% 乙醇洗滌磁珠兩次研究進展。第二次洗滌後，棄去 70% 乙醇並在室溫下風(fēng)乾磁珠開展。最後互動互補，將珠子重新懸浮在 100 μL 洗脫緩衝液中並再次用磁鐵分離以回收洗脫的病毒 RNA（表1）。

表 1.所評(píng)估的三個(gè)方案中所使用的步驟意向、試劑和體積（μL）意料之外。

協(xié)議設(shè)計(jì)與驗(yàn)證

MM_試劑盒協(xié)議：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板，一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 1形式，另一個(gè)深孔板每孔裝有 500μL MagMAX? CORE Wash Solution 2置之不顧。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板，每個(gè)孔裝 90μL MagMAX? CORE Elution Buffer數字化。
2. 每個(gè)樣品準(zhǔn)備 20μL MagMAX? CORE 磁珠和 10μL MagMAX? CORE 蛋白酶 K 的混合物（珠子/PK 混合物）方便。
3. 為每個(gè)樣品準(zhǔn)備 300μL MagMAX? CORE 裂解液和 300μL MagMAX? CORE 結(jié)合溶液的混合物（裂解/結(jié)合溶液）。
4. 在深孔板中每孔分配 30μL 珠子/PK 混合物各領域、700μL 裂解/結(jié)合溶液和 200μL 樣品應用領域。
5. 將所有板放入系統(tǒng)並執(zhí)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96。

MM_內(nèi)部協(xié)定：

1. 準(zhǔn)備兩個(gè)深孔板進行培訓，每個(gè)孔加入 500μL 70% 乙醇發展機遇。準(zhǔn)備一個(gè) MagMAX? Express 96 微量滴定板，每個(gè)孔加入 90μL 洗脫緩衝液（Omega BIO-TEK法治力量，美國喬治亞州諾克羅斯）全技術方案。
2. 在深孔板中每孔分配 40 μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS，Omega Bio-Tek，美國喬治亞州諾克羅斯）信息化、500 μL 異丙醇和 500 μL 樣本方式之一。
3. 將所有板放入系統(tǒng)並執(zhí)行腳本 MagMAX_CORE_KF-96。

OT-2_內(nèi)部協(xié)定：

1. 將 40μL 磁珠（Mag-Bind? TotalPure NGS新型儲能，Omega Bio-Tek創新能力，美國喬治亞州諾克羅斯）、250μL 異丙醇和 250μL 樣本分裝到深孔板中領域。用移液管吹打五次混勻溝通機製，室溫孵育 5 分鐘。
2. 啟動(dòng)GEN1磁性模組4分鐘管理。
3. 收集上清液並棄去顯示。
4. 加入500μL 70%乙醇，收集並丟棄效率和安。
5. 加入500μL 70%乙醇設計能力，收集並丟棄。
6. 風(fēng)乾 4 分鐘深入開展。
7. 關(guān)閉GEN1磁性模組並加入100μL洗脫緩衝液（Omega BIO-TEK更為一致，美國喬治亞州諾克羅斯）。
8. 30秒後開啟GEN1磁性模組技術的開發。
9. 90秒後收集上清液並轉(zhuǎn)移至96孔微量滴定板研究與應用。

樣品輸入量是自動(dòng)移液系統(tǒng)允許的最大量，其他試劑的量也不同更高效，因此三種方法的輸入量不同

OT-2內(nèi)部協(xié)定是根據(jù) Opentrons 說明用 Python 編寫的全面協議。腳本已存放在 GitHub 儲(chǔ)存庫中

為了驗(yàn)證內(nèi)部核酸萃取方案的性能，使用DNA 陽性對(duì)照TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒v1（賽默飛世爾科技具體而言，美國麻薩諸塞州沃爾瑟姆）製作了標(biāo)準(zhǔn)工具、低和極低病毒載量的模擬樣本。對(duì)照試劑盒的濃度為 1 x 10 ⁴拷貝/μL喜愛。標(biāo)準(zhǔn)病毒量樣本的製備方法是將 10 μL 陽性對(duì)照與 490 μL 病毒運(yùn)輸培養(yǎng)基和 500 μL GTC 混合重要的角色。低和極低病毒量的製備方式相同，但使用陽性對(duì)照的十倍連續(xù)稀釋液向好態勢。所有模擬樣本均製備三份平臺建設，並與_內(nèi)部OT-2 、MM_{試劑盒和內(nèi)部}MM並行處理貢獻力量，然後使用TaqMan 2019- nCoV 檢測(cè)試劑盒v1 進(jìn)行qPCR 測(cè)試使用。標(biāo)準(zhǔn)、低和極低病毒量的模擬樣本中陽性對(duì)照的最終濃度分別為1 x 10 ⁶拷貝/mL覆蓋範圍、1 x 10 ⁵拷貝/mL 和1 x 10 ⁴拷貝/mL優化程度。所有運(yùn)行均包括陰性對(duì)照。

透過將模擬樣本中陽性對(duì)照的Ct 值(Ct _ss ) 與直接從庫存製備的陽性對(duì)照的Ct 值進(jìn)行比較來計(jì)算核酸提取效率奮勇向前，校正量以匹配稀釋因子和每個(gè)方案中使用的初始樣本量(Ct _pc ) (R = 2 ^-ΔCt = 2 ^-(Ctss-Ctpc) )不斷豐富。

定量PCR

使用針對(duì)orf1ab、刺突(S)組建、核衣殼(N) 和人類RNaseP 基因的TaqMan 2019-nCoV 檢測(cè)試劑盒v1 以及作為陽性對(duì)照的TaqMan 2019-nCoV 對(duì)照試劑盒v1各有優勢，依照製造商建議的qPCR 條件對(duì)SARS-CoV-2 病毒RNA 進(jìn)行核酸擴(kuò)增。所有 qPCR 檢測(cè)均在 CFX96 Touch 實(shí)時(shí) PCR 檢測(cè)系統(tǒng) (Bio-Rad帶動擴大，美國加州赫拉克勒斯) 中進(jìn)行核心技術體系。為了減少檢測(cè)間差異，萃取的核酸樣本使用另一個(gè) OT-2 模組自動(dòng)分配到 qPCR 試紙中持續發展。

統(tǒng)計(jì)分析

成對(duì)比較了這三種方案必然趨勢。使用 McNemar 檢定來比較它們將樣本分配為陽性或陰性的表現(xiàn)。 Ct 值不呈常態(tài)分佈擴大，因此使用 Wilcoxon 符號(hào)秩檢定來比較每個(gè)目標(biāo)的 Ct 值多樣性。對(duì)於每個(gè)目標(biāo)，僅考慮透過這三種方法擴(kuò)增的樣本新格局。使用 bootstrap 方法計(jì)算中位置信區(qū)間明顯。

所有統(tǒng)計(jì)檢定均採用 IBM SPSS Statistics 24.0.0.0 軟體套件（SPSS Inc.，美國伊利諾州芝加哥）執(zhí)行顯示。

結(jié)果

萃取方案的效率

透過提取模擬不同病毒量的 SARS-CoV-2 陽性對(duì)照製備的模擬樣本創新為先，將兩種內(nèi)部方案的核酸萃取效率與 MM_{試劑盒方案進(jìn)行了比較。 MM試劑盒}和OT-2_內(nèi)部方案成功擴(kuò)增了所有具有標(biāo)準(zhǔn)病毒量的模擬樣本中的orf1ab 科普活動、S 和N 標(biāo)靶創新延展。對(duì)於這些樣本，所有重複和基因的平均萃取效率為MM_{試劑盒33.9%（SD：13.8）充足，OT-2內(nèi)部}方案19.6%（SD：2.2） 進展情況，MM_{內(nèi)部方案}16.0%（SD：5.03） 。

在低病毒量模擬樣本中綠色化發展，MM_試劑盒無法擴(kuò)增所有樣本中的S 靶標(biāo)至關重要，也無法擴(kuò)增其中一個(gè)重複樣本中的N 靶標(biāo)，而OT-2_內(nèi)部和MM_內(nèi)部檢測(cè)出了所有基因用上了。最後提升行動，MM_試劑盒和OT-2_內(nèi)部方案無法擴(kuò)增極低病毒量樣本，除了一個(gè)重複樣本關註，其中N 基因可以透過OT-2_內(nèi)部方案擴(kuò)增研究進展，但MM_內(nèi)部可以檢測(cè)到所有樣本中的陽性對(duì)照，其中一個(gè)樣本含有三個(gè)靶標(biāo)連日來，一個(gè)樣本含有orf1ab和 N標(biāo)靶快速融入，最後一個(gè)樣本含有orf1ab標(biāo)靶（S1 表）認為。

臨床呼吸道樣本的核酸萃取

收集的141 個(gè)陽性臨床樣本同時(shí)使用MM_試劑盒、OT-2_內(nèi)部方法和MM_內(nèi)部方法進(jìn)行核酸萃取增強，並透過qPCR檢測(cè)洗脫的SARS-CoV-2 RNA更合理。記錄每個(gè)目標(biāo)的陽性/陰性結(jié)果和擴(kuò)增循環(huán)閾值 (Ct)。根據(jù)製造商的說明更優美，當(dāng)三個(gè)目標(biāo)區(qū)域中至少一個(gè)擴(kuò)增且 Ct<40 時(shí)各方面，樣本被視為陽性。所有運(yùn)行中包含的陰性對(duì)照在所有情況下均產(chǎn)生陰性 PCR 結(jié)果成效與經驗。

141 個(gè)樣本中適應性，123 個(gè)樣本透過至少一種萃取方法檢測(cè)出 SARS-CoV-2 陽性，而 18 個(gè)樣本透過三種方法檢測(cè)均為陰性稍有不慎。這可能是由於樣本在採集期間降解所致重要作用，因?yàn)樗鼈円言?4°C 下儲(chǔ)存了約 48 小時(shí) [9]。依方法分類最為顯著，114 個(gè)樣本使用MM_{試劑盒檢測(cè)呈陽性完成的事情，111 個(gè)樣本使用內(nèi)部}OT-2 檢測(cè)呈陽性，118 個(gè)樣本使用_內(nèi)部MM 檢測(cè)呈陽性穩定。成對(duì)比較發(fā)現(xiàn)它們檢測(cè)SARS-CoV-2 的性能沒有顯著差異（MM_試劑盒Vs OT-2_內(nèi)部改造層面，P = 0.5465 ；MM_試劑盒Vs MM_內(nèi)部優勢與挑戰，P = 0.3865經驗分享；OT-2_內(nèi)部Vs MM_內(nèi)部，P = 0.0961）趨勢。 18 個(gè)樣本透過三種方法中的一些方法檢測(cè)呈陰性有力扭轉。這些具有較高的 Ct 值， orf1ab和 N 標(biāo)靶的中位數(shù)分別為 38.68 和 38.19（在這些樣本中一站式服務，S 標(biāo)靶未透過任何方法擴(kuò)增）廣度和深度。比較所有方法和標(biāo)靶的配對(duì)線性迴歸和相關(guān)性分析顯示R ²值在0.85 和0.95 之間，Bland-Altman 分析顯示在整個(gè)Ct 範(fàn)圍內(nèi)一致性是一致的（S1 圖）引領作用。

_{在使用MM試劑盒}萃取的樣本中加強宣傳，43% 可偵測(cè)到三個(gè)標(biāo)靶（orf1ab 、 N 和S ）用的舒心，在使用_內(nèi)部 OT-2 提取的樣本中技術發展，49%可檢測(cè)到，_{在使用內(nèi)部}MM 提取的樣本中集成，49% 可檢測(cè)到（圖1）重要手段。在 34%、39% 和 30% 的樣本中檢測(cè)到了orf1ab和 N 靶標(biāo)穩定性，在 19%損耗、10% 和 17% 的樣本中僅擴(kuò)增了 N 靶標(biāo)講故事。只有極少數(shù)樣本因單獨(dú)擴(kuò)增orf1ab標(biāo)靶（6）、orf1ab + S（1）或N + S（5）標(biāo)靶而被視為陽性性能穩定，且沒有樣本以S 基因作為唯一的陽性標(biāo)記自動化方案。事實(shí)上，該檢測(cè)中的 S 標(biāo)靶明顯缺乏靈敏度越來越重要，且與診斷決策無關(guān)。使用OT-2_內(nèi)部協(xié)議檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本佔(zhàn)87%（97 個(gè)樣本）發揮重要作用，使用MM_{內(nèi)部協(xié)議檢測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本佔(zhàn)82%（95 個(gè)樣本）醒悟，使用MM試劑盒}偵測(cè)到兩個(gè)或三個(gè)目標(biāo)的樣本佔(zhàn)79% （90 個(gè)樣本）。

考慮配對(duì)樣本時(shí)，在orf1ab ( P = 0.437)結構、N ( P = 0.686) 和S ( P = 0.794) 標(biāo)靶的Ct 值中更適合，MM 試劑盒和OT-2 內(nèi)部方案之間的Cts 沒有顯著差異( 圖2 )。與 MM 試劑盒 ( orf1ab ; P < 0.00001 , N ; _P < _0.00001 , S ; P = 0.00148 )和OT - 2內(nèi)部_方案( orf1ab ; P < 0.00001, N; P = 0.00008, S; P = 0.00252)相比溝通協調，MM_{內(nèi)部方案在所有標(biāo)靶中的Cts 確實(shí)顯}著較低要素配置改革。

圖2.箱線圖顯示使用MM_試劑盒、OT-2_內(nèi)部方法和MM_{內(nèi)部方法獲得的}orf1ab 保障性、S 和N 目標(biāo)的Ct 值分佈帶動產業發展。 y 軸顯示擴(kuò)增循環(huán) (Ct)。顯示每個(gè)資料集上的資料點(diǎn)數(shù)量十分落實。

使用MM_試劑盒倍增效應、OT-2_{內(nèi)部試劑盒}和MM_{內(nèi)部試劑盒對(duì)}orf1ab標(biāo)靶的中位擴(kuò)增循環(huán)(CI:95%)分別為35.53 (33.82–36.36)、35.58 (34.33–36.21) 及34.8 (33.71–35.29)製造業。對(duì)於S 基因多樣性，中位擴(kuò)增循環(huán)(CI:95%) 為30.16 (28.56–33.08)、31.32 (29.22–32.88) 和31.07 (29.36–32.90)新格局；對(duì)於N 靶標(biāo)真諦所在，中位擴(kuò)增循環(huán)(CI:95 %) 為34.83 (33.93–35.97)、34.64 (33.42–35.29) 和 34.28 (33.52–35.10)競爭力。

開採成本和實(shí)際操作時(shí)間

_{使用OT-2內(nèi)部}協(xié)議萃取96 個(gè)樣本的核酸充分，總成本為107 歐元（試劑37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具70 歐元）進一步完善，實(shí)際操作時(shí)間為10 分鐘，萃取時(shí)間為3 個(gè)半小時(shí)（腳本每次運(yùn)行處理48 個(gè)樣本競爭力，因此必須完成兩次）調整推進。 MM_內(nèi)部成本為66 歐元（試劑37 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具29 歐元），MM 試劑_盒成本為472 歐元（試劑443 歐元和實(shí)驗(yàn)室器具29 歐元） 機製性梗阻。兩種協(xié)議的實(shí)際操作時(shí)間均為 40 分鐘機製，提取時(shí)間均為 30 分鐘。值得注意的是集成應用，雖然96 個(gè)樣本的OT-2 協(xié)議比MM_內(nèi)部協(xié)議貴40 歐元探討，但所需的初始投資明顯較低，OT-2 系統(tǒng)（包括模組和移液器）約10,000 歐元高效流通，MagMAX ^TM系統(tǒng)約為50,000 歐元調解製度。

討論

本文介紹了兩種低成本病毒 RNA 萃取和臨床樣本 SARS-CoV-2 檢測(cè)方法，其性能與商用試劑盒相當(dāng)功能。儘管內(nèi)部方案萃取 DNA 對(duì)照的效率低於商用試劑盒應用的因素之一，但在臨床樣本中，整體靈敏度並未受到影響預期，這可能是因?yàn)閮?nèi)部方案使用更大的樣本起始量來彌補(bǔ)較低的效率敢於監督。

設(shè)定 OT-2 系統(tǒng)進(jìn)行 RNA 萃取需要對(duì)沒有經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)進(jìn)行密集編程，但提供了一種經(jīng)濟(jì)高效的替代方案結構，能夠在一次運(yùn)行中提取 48 個(gè)樣本更合理。這項(xiàng)工作中使用的腳本已上傳到開放存取軟體儲(chǔ)存庫 GitHub，在那裡可以找到許多用於這些和類似應(yīng)用程式的協(xié)定更優美。這應(yīng)該有助於其他工作人員避免或減少程式步驟各方面。該協(xié)議幾乎不需要?jiǎng)邮謺r(shí)間，並且使用容易獲得的試劑成效與經驗。此外適應性，與其他提取系統(tǒng)相比，該設(shè)備所需的投資較低稍有不慎，使其適用於中低資源設(shè)施重要作用。 MagMAX ^TM Express-96 是一種快速、半自動(dòng)設(shè)備提供有力支撐，每次運(yùn)行能夠提取 96 個(gè)樣本切實把製度。 MM_試劑盒提供用於滅活、裂解自行開發、洗滌和洗脫的試劑進行部署，可以以具有競爭力的成本用於不同的基質(zhì)和樣品類型。另一方面應用情況，MM_內(nèi)部協(xié)議利用該系統(tǒng)的半開放方法保護好，以其他化學(xué)品取代商業(yè)解決方案組建，使其更具成本效益。在這兩種情況下特點，都必須手動(dòng)準(zhǔn)備深孔板深刻變革、緩衝液和樣品，這會(huì)增加總提取時(shí)間和操作錯(cuò)誤風(fēng)險(xiǎn)和諧共生。這兩種內(nèi)部協(xié)議的主要缺點(diǎn)是質生產力，當(dāng)處理黏稠樣本時(shí)，黏液技術交流、高黏性多醣先進的解決方案、白血球、紅血球在此基礎上、血紅蛋白、蛋白酶和含有大量細(xì)胞核酸的細(xì)胞碎屑會(huì)阻礙RNA 萃取或抑制PCR 反應(yīng)[ 10- 12 ] 前來體驗。為了部分克服這個(gè)問題自主研發，可以在萃取前對(duì)樣品進(jìn)行加熱和渦旋或離心，但這會(huì)增加動(dòng)手時(shí)間和反應(yīng)時(shí)間更加廣闊。當(dāng)使用_內(nèi)部MM時(shí)損耗，洗脫樣本在某些情況下可能含有微量的磁珠，但這不會(huì)影響 RT-PCR 反應(yīng)的表現(xiàn)非常完善。

在這三個(gè)系統(tǒng)中性能穩定，陰性對(duì)照在所有情況下均為陰性，顯示在這些系統(tǒng)中處理原始樣本時(shí)不存在交叉污染問題作用。不過情況正常，與非自動(dòng)化系統(tǒng)一樣，應(yīng)採取預(yù)防措施技術特點，將 PCR 前和 PCR 後操作分開提高鍛煉。如果使用 OT-2 模組設(shè)定 PCR 後反應(yīng)（例如定序），則不應(yīng)使用它從樣本中提取核酸高效化，除非徹底淨(jìng)化製高點項目。

研究優(yōu)點(diǎn)和局限性

這項(xiàng)研究的主要優(yōu)勢(shì)在於，這些方法都是在臨床微生物實(shí)驗(yàn)室中以真實(shí)樣本進(jìn)行測(cè)試的範圍和領域。方法之間的比較並不繫統(tǒng)有所增加，這是一個(gè)重要的限制。事實(shí)上更高要求，設(shè)計(jì)的目的是優(yōu)化每個(gè)系統(tǒng)的結(jié)果越來越重要的位置，因此輸入是不同的。系統(tǒng)地探索輸入樣本量以及其他試劑量將是有益和有益的共同學習，但這超出了這項(xiàng)研究的目的結構重塑，即比較臨床實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中系統(tǒng)與真實(shí)樣本的性能聽得懂。

結(jié)論

總之，這裡介紹的兩種內(nèi)部核酸萃取方法可有效實(shí)現(xiàn) SARS-CoV-2 的高通量診斷高質量發展，且成本僅為其他商業(yè)試劑盒的一小部分全方位，且不損失靈敏度。