大規(guī)模 SARS-CoV-2 基因組定序?qū)蹲粉櫘?dāng)前疫情期間的病毒進(jìn)化至關(guān)重要勇探新路。最早在英國(guó)新模式、南非和巴西發(fā)現(xiàn)的變異株已傳播到多個(gè)國(guó)家。我們開(kāi)發(fā)了軟體工具“變異資料庫(kù) (VDB)”市場開拓，用於快速檢查刺突突變的變化。使用 VDB，我們?cè)诩~約地區(qū)發(fā)現(xiàn)了一種新興的 SARS-CoV-2 譜系，其與先前報(bào)告的變異株有相同的突變帶動擴大。該譜系（現(xiàn)指定為 B.1.526）中最常見(jiàn)的刺突突變組為 L5F、T95I開拓創新、D253G持續發展、E484K 或 S477N、D614G 和 A701V促進善治。該譜系於 2020 年 11 月下旬首次測(cè)序擴大，當(dāng)時(shí)它佔(zhàn)紐約市 (NYC) 收集的已定序冠狀病毒基因組的不到 1%。到 2021 年 2 月發揮效力，該譜系的基因組佔(zhàn)紐約市標(biāo)本 3288 個(gè)定序基因組的約32 %新格局。系統(tǒng)發(fā)育動(dòng)力學(xué)推斷證實(shí)了 B.1.526 譜系在紐約市的快速增長(zhǎng)，尤其是由刺突突變 E484K 定義的亞支系安全鏈，其增長(zhǎng)速度超過(guò)了紐約市其他變體的增長(zhǎng)速度顯示。假病毒中和實(shí)驗(yàn)表明，B.1.526 刺突突變對(duì)恢復(fù)期和疫苗接種者血漿的中和滴度產(chǎn)生不利影響真正做到，表明該譜系對(duì)公共衛(wèi)生的重要性科普活動。

介紹在 2020 年 SARS-CoV-2 大流行的最初幾個(gè)月之後，絕大多數(shù)定序基因組都含有刺突突變 D614G（以及 3 個(gè)獨(dú)立的核苷酸變化）1強化意識。經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的逐漸變化後長期間，2020 年第四季出現(xiàn)了幾種包含多個(gè)突變的變體，其中許多位於刺突基因內(nèi)2 – 5機製。多種證據(jù)表明全過程，逃避抗體選擇壓力是這些變體發(fā)展的驅(qū)動(dòng)力6 – 9。

目前使命責任，SARS-CoV-2 的基因組監(jiān)測(cè)重點(diǎn)是監(jiān)測(cè)這些變異體的出現(xiàn)以及它們的突變可能對(duì)被動(dòng)抗體療法的有效性和疫苗預(yù)防輕度或中度 COVID-19 的有效性產(chǎn)生的功能性影響。雖然越來(lái)越多的樣本正在被定序使用，但對(duì)這些基因組的分析仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)10合規意識。在這裡，我們開(kāi)發(fā)了一個(gè)簡(jiǎn)單快速的實(shí)用程序有效性，可以快速檢查 SARS-CoV-2 基因組監(jiān)測(cè)揭示的突變景觀：變體資料庫(kù) ( vdb )創新內容。利用此工具，我們發(fā)現(xiàn)了幾組最近定序的基因組廣泛關註，這些基因組在關(guān)鍵抗體表位上發(fā)生了突變善於監督。在這組中有一個(gè)在紐約市出現(xiàn)的新譜系，其頻率增加就能壓製，截至 2021 年 2 月更合理，已佔(zhàn)定序基因組的約32%適應能力。我們透過(guò)系統(tǒng)發(fā)育推論證實(shí)了 B.1.526 在 2021 年初在紐約市的迅速傳播。此外各方面，我們?cè)u(píng)估了 B.1.526 刺突突變對(duì)恢復(fù)期和疫苗接種者血漿中和滴度的影響防控。

結(jié)果系統(tǒng)發(fā)育分析對(duì)於了解病毒基因組的關(guān)係至關(guān)重要。然而適應性，其他視角也有助於在大量序列中檢測(cè)模式堅實基礎。我們開(kāi)發(fā)了vdb作為一種實(shí)用程式來(lái)查詢基因組監(jiān)測(cè)期間觀察到的尖峰突變集。使用vdb工具分析全球禽流感資料共享倡議(GISAID) 資料集中的SARS-CoV-2 序列11,12 重要作用，我們檢測(cè)到了幾個(gè)不同於變體B.1.1.7等地、B.1.351、B.1.1.248和B.1.429 2 – 5的序列簇尤為突出，這些序列簇在已知與抗SARS-CoV-2 抗體相關(guān)的位點(diǎn)上發(fā)生尖峰突變8,13 （表1）規定。 vdb程式可以找到具有相同尖峰突變集的病毒簇，然後可以使用這些模式來(lái)尋找潛在相關(guān)的序列改造層面。

定義 B.1.526 的突變從紐約地區(qū)收集了一個(gè)值得注意的基因組序列簇供給，代表了一個(gè)獨(dú)特的譜系，現(xiàn)在被指定為 B.1.526（圖 1經驗分享，補(bǔ)充圖 1）解決方案。此變異體存在於 20.C 演化支中，以 3 個(gè)定義的尖峰突變?yōu)樘蒯纾篖5F系列、T95I 和 D253G作用。在B.1.526 中，最大的亞進(jìn)化枝由E484K 定義慢體驗，兩個(gè)不同的亞進(jìn)化枝分別由S477N 定義著力增加；這兩個(gè)突變都位於尖峰的受體結(jié)合域(RBD) 內(nèi)（圖2和補(bǔ)充表1 ）。我們注意到科技實力，尖峰位置701 的演化歷史取決於該樹(shù)是使用分子鐘生根（圖1）還是其姊妹演化支（以L452R 突變?yōu)樘蒯缣幚?；補(bǔ)充圖2），後者假設(shè)替換A701V在此基礎上，然後回覆V701A 助力各行。在 B.1.526 譜系中的核苷酸突變中，最具特徵性的突變包括 A16500C (NSP13 Q88H)自主研發、A22320G (spike D253G) 和 T9867C (NSP4_L438P)確定性。 B.1.526 譜系的另一個(gè)顯著特徵是核苷酸11288-11296 (NSP6 106-108) 的缺失，這種現(xiàn)像也出現(xiàn)在變異B.1.1.7損耗、B.1.351講故事、P.1 和B.1.525 14中。

關(guān)於該譜系中流行的四種刺突突變：(1) 已知E484K 可減弱多種抗SARS-CoV-2 抗體的中和作用組合運用，特別是在2 類(lèi)抗RBD 中和抗體中發(fā)現(xiàn)的抗體13、 15 指導，也存在於變體B.1.351 4和P.1/B.1.1.248 2中競爭力，(2) 據(jù)報(bào)道充分，D253G 是針對(duì) N端結(jié)構(gòu)域抗體的逃脫突變16進一步完善，(3) S477N 已在幾個(gè)早期譜系中被鑑定17結構不合理，靠近多種抗體的抗原決定基18有所應，並且已被證明透過(guò)增強(qiáng)與ACE2 的相互作用來(lái)增加病毒的傳染性19、20，以及(4) A701V 位於相鄰原體的S2' 裂解位點(diǎn)附近即將展開，並與變體B.1.351 4共享。 B.1.526 譜系的總體突變模式（圖 2）表明重要平臺，該譜系的出現(xiàn)部分是由於抗體的選擇壓力更加廣闊。根據(jù)這些病毒的收集日期，似乎譜系在紐約的頻率迅速增加探討。