-
全部 · 2025年18月19日
PCR引物的設(shè)計(jì)原理
閱讀全文 -
全部 · 2025年40月16日
文庫(kù)定量的常見(jiàn)方法與技巧
閱讀全文 -
文章 · 2025年36月16日
體外DNA擴(kuò)增技術(shù)
閱讀全文
在探索高通量測(cè)序(NGS)的廣闊領(lǐng)域中發揮效力,文庫(kù)定量作為確保測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量與深度的關(guān)鍵環(huán)節(jié)新格局,扮演著至關(guān)重要的角色。這一步驟不僅關(guān)乎實(shí)驗(yàn)的成功與否安全鏈,還直接影響到后續(xù)生物信息學(xué)分析的準(zhǔn)確性和可靠性顯示。隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步,文庫(kù)定量的方法日益多樣化真正做到,每種方法都各具特色科普活動,適用于不同的實(shí)驗(yàn)場(chǎng)景和需求。
一強化意識、文庫(kù)定量的重要性
1長期間、確保測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量:文庫(kù)定量可以確保測(cè)序儀上載入的DNA文庫(kù)量適中,從而避免文庫(kù)濃度過(guò)高導(dǎo)致的低質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)或文庫(kù)濃度過(guò)低導(dǎo)致的測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)量不足現場。
2高端化、穩(wěn)定產(chǎn)出各樣本數(shù)據(jù)量:在多個(gè)文庫(kù)合并測(cè)序時(shí),文庫(kù)定量有助于根據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)量的要求混合相應(yīng)摩爾量的文庫(kù)我有所應,以穩(wěn)定產(chǎn)出各樣本數(shù)據(jù)量提單產。
二、常見(jiàn)方法
1能力建設、紫外分光光度法
(1)原理:核酸(包括DNA和RNA)中的堿基含有芳香環(huán)結(jié)構(gòu)關註,因此具有紫外吸收的特性。核酸的紫外吸收峰在260nm處,與此同時(shí)連日來,還能通過(guò)計(jì)算A260/A280和A260/A230的數(shù)值快速融入,估計(jì)核酸的純度(280nm吸光通常來(lái)自蛋白質(zhì),而230nm則通常來(lái)自糖類和苯酚等)系統。
(2)缺點(diǎn):無(wú)法區(qū)分DNA和RNA增強,因?yàn)榫哂凶贤馕盏慕Y(jié)構(gòu)是核酸的堿基,而DNA和RNA均含有堿基交流等,因此當(dāng)一份樣品同時(shí)含有DNA和RNA的時(shí)候更加廣闊,測(cè)定濃度會(huì)高于其真實(shí)濃度。
2防控、熒光染料法
(1)原理:使用靶標(biāo)特異性染料成效與經驗,該染料可以特異地與不同種類的核酸鏈相結(jié)合,并在特定波長(zhǎng)光源的激發(fā)下發(fā)出熒光堅實基礎。其中稍有不慎,結(jié)合了核酸的熒光染料相比那些游離的,信號(hào)可增幅數(shù)十倍至數(shù)百倍等地,因此可以和背景區(qū)分開(kāi)來(lái)最為顯著。
(2)操作:將待測(cè)DNA樣品與熒光染料混合,熒光染料會(huì)與DNA結(jié)合規定,形成熒光復(fù)合物環境。然后將混合物放入Qubit測(cè)量?jī)x器中,儀器會(huì)通過(guò)激光激發(fā)熒光復(fù)合物高質量,使其發(fā)出熒光信號(hào)相對簡便。Qubit測(cè)量?jī)x器會(huì)根據(jù)熒光信號(hào)的強(qiáng)度自動(dòng)計(jì)算出DNA的濃度。
(3)優(yōu)點(diǎn):靈敏度高解決方案,操作簡(jiǎn)便快速趨勢,檢測(cè)流程高效,可以輕松地分析數(shù)十個(gè)樣本上高質量,內(nèi)置的分析軟件簡(jiǎn)化了數(shù)據(jù)計(jì)算一站式服務,在檢測(cè)結(jié)束后立即呈現(xiàn)文庫(kù)濃度。
(4)缺點(diǎn):當(dāng)樣本增加到20~30個(gè)以上時(shí)深入交流,此種檢測(cè)方法不太適用引領作用;檢測(cè)的準(zhǔn)確度略低,結(jié)果一般不作為終濃度用于上機(jī)臺上與臺下。
3用的舒心、實(shí)時(shí)熒光定量PCR法(qPCR)
(1)原理:利用熒光檢測(cè)技術(shù)與PCR技術(shù)相結(jié)合,在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán)集聚效應,通過(guò)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR過(guò)程中熒光信號(hào)的變化情況集成,反映濃度的變化重要手段,最后通過(guò)已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算未知樣品的濃度,以達(dá)到準(zhǔn)確定量文庫(kù)濃度穩定性。
(2)優(yōu)點(diǎn):特異引物僅會(huì)定量?jī)啥私宇^連接完整的文庫(kù)像一棵樹,可排除單端或雙端都不連接接頭的不可測(cè)序文庫(kù)的干擾,準(zhǔn)確度高去突破,是目前業(yè)內(nèi)進(jìn)行文庫(kù)定量推薦的方法性能穩定,適用于測(cè)量珍貴樣本以及文庫(kù)上機(jī)pooling前的精準(zhǔn)定量。
(3)缺點(diǎn):成本較高作用。
三情況正常、技巧
1、消除和避免核酸污染:文庫(kù)定量使用的Standards濃度從高到低技術特點,高濃度Standards容易對(duì)環(huán)境造成核酸污染提高鍛煉,從而影響陰性對(duì)照和低濃度Standards的結(jié)果。因此高質量,做文庫(kù)定量的實(shí)驗(yàn)室需要定期除核酸也逐步提升∮浀美??梢栽趯?shí)驗(yàn)技術(shù)后註入了新的力量,用紫外處理,將環(huán)境中的核酸氧化更多可能性。
2去創新、文庫(kù)稀釋驗(yàn)證:文庫(kù)建議稀釋2個(gè)梯度,相互驗(yàn)證。說(shuō)明書(shū)上建議是10000倍和20000倍,在具體實(shí)驗(yàn)操作時(shí)設(shè)置2個(gè)梯度濃度相差10倍也可以進一步提升。要注意的是10000倍和20000倍得出的Ct值的差應(yīng)該為1附近不斷創新,可以在0.951.05之間,10000倍和100000倍得出的Ct值差在3.34附近敢於監督,可以在3.23.5之間,如果超出這兩個(gè)區(qū)間,則2個(gè)梯度的誤差會(huì)比較大保障性,這種誤差有可能是稀釋不準(zhǔn)引起。
3責任製、排除擴(kuò)增效率影響:當(dāng)計(jì)算的結(jié)果出來(lái)十分落實,發(fā)現(xiàn)文庫(kù)稀釋成2個(gè)梯度所獲得的濃度偏差較大時(shí),可能是由于稀釋不準(zhǔn)規則製定,或者該文庫(kù)的擴(kuò)增效率較低製造業,導(dǎo)致△Ct偏大。此時(shí)關規定,可以將這個(gè)文庫(kù)做4~5個(gè)10倍稀釋梯度發展基礎,上機(jī)兩個角度入手,根據(jù)上機(jī)的Ct值計(jì)算擴(kuò)增效率,從而排除擴(kuò)增效率的因素同期。
文庫(kù)定量作為高通量測(cè)序流程中的關(guān)鍵環(huán)節(jié)充分,其重要性不言而喻。通過(guò)合理選擇定量方法和靈活應(yīng)用定量技巧集聚,科研人員能夠更加精準(zhǔn)地掌握文庫(kù)的質(zhì)量信息競爭力,為后續(xù)的生物信息學(xué)分析和科學(xué)研究奠定堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
相關(guān)閱讀推薦
使用 Opentrons 進(jìn)行 COVID-19 檢測(cè)
OT-2液體處理機(jī)器人安全和法規(guī)合規(guī)信息
經(jīng)驗(yàn)豐富的服務(wù)團(tuán)隊(duì)和強(qiáng)大的生產(chǎn)支援團(tuán)隊(duì)為客戶提供無(wú)憂的訂單服務(wù)狀況。