作者林喬納森1瑞恩薩薩達(dá)1將進一步，傑薩裡雷德2，霍馬姆賈馬爾2發展成就，金納里沃森21Zymo研究2Optrens實(shí)驗(yàn)室公司成就。

摘要微生物學(xué)是一個具有重要意義的新興領(lǐng)域?yàn)槿祟惤】档膹V泛的主題。現(xiàn)代的定序技術(shù)可以提供豐富和新穎的數(shù)據(jù)但受到DNA萃取方法的限制開展面對面，這困難系統、耗時，特別是在微生物方面樣本自動化，容易產(chǎn)生偏差提升。自動化系統(tǒng)可以解決其中一些挑戰(zhàn)高品質，但必須小心設(shè)計和校準(zhǔn)不折不扣，並需要配合適當(dāng)?shù)脑噭﹣硖峁└咂焚|(zhì)的結(jié)果。在目前的一組測試中文化價值，視中心子採用OT-2核酸萃取工作站ZymoBIOMICSTM 96磁珠DNA試劑盒從典型的微生物樣本中萃取DNA形式。表演對該系統(tǒng)和試劑盒的產(chǎn)量和純度指標(biāo)進(jìn)行了評估。提取偏倚和交叉污染分別是也評估不斷完善。結(jié)果表明數字化，OT-2結(jié)合在一起使用ZymoBIOMICS試劑盒生產(chǎn)了高產(chǎn)量方便、高純度的DNA樣品，沒有偏差和交叉污染各領域。確定了若干項調(diào)整以進(jìn)一步改進(jìn)表演總之應用領域，這些測試?yán)C了OT-2在不同應(yīng)用程序?qū)崿F(xiàn)過程中的準(zhǔn)確性和精度，提供了最佳的性能行業(yè)領(lǐng)先的微生物學(xué)DNA提取試劑盒進行培訓。

介紹人類的微生物群不再是生物學(xué)研究的背景發展機遇。多樣化，大法治力量，和微生物群非橙夹g方案；钴S，已經(jīng)成為人們關(guān)注的焦點(diǎn)共享，它因其在人類健康方面的廣泛作用而日益受到重視信息化，包括傳染病、晝夜節(jié)律和心理狀況的作用生動。自動化可以支援這一新興領(lǐng)域在關(guān)鍵的核酸萃取步驟中具有無偏壓性能的領(lǐng)域新型儲能。優(yōu)質(zhì)的DNA萃取依賴於有效的溶解，即特別是對微生物組樣本的挑戰(zhàn)性它們所含的各種生物體新品技。有些生物較耐寒領域，較耐溶解，而其他的則較容易溶解好宣講，較容易溶解註入新的動力。如果一種裂解法無法克服這些差異，耐寒的物種將會產(chǎn)生較少的DNA，而較易感的物種則會產(chǎn)生較多工藝技術，導(dǎo)致下游分析中有偏差代表性。

通常使用兩種主要裂解法：酵素法或基於試劑的裂解和機(jī)械裂解創新的技術。這個在ZymoBIOMICS 96磁珠DNA試劑盒中使用基於珠技術(shù)的機(jī)械裂解試劑盒使用超高密度等特點，混蛋珠tm來傳遞微生物的均勻溶解並與自動化，因?yàn)橹樽邮穷A(yù)裝在準(zhǔn)備樣品的管技術節能。

自動化為DNA提供了進(jìn)一步的改進(jìn)提取除了裂解的挑戰(zhàn)技術的開發，手工DNA提取協(xié)議是耗時且容易產(chǎn)生的由錯誤和差異引起的可變性實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員的性能。自動化程序可以消除可變性和增加吞吐量飛躍，但必須小心校準(zhǔn)更高效，以確保DNA分離出來產(chǎn)量和純度都很好。

本研究試圖評估OT-2核酸萃取自動工作站與ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA的性能微生物學(xué)試劑盒重要部署。測定了產(chǎn)率和純度在典型的微生物學(xué)糞便樣本中使用標(biāo)準(zhǔn)萃取性能指標(biāo)具體而言。這些指標(biāo)是比較了自動工作站和由訓(xùn)練有素的手動程序技術(shù)人員對自動化工作站也進(jìn)行了測試用於板井間的交叉污染。

此測試旨在優(yōu)化該試劑盒和系統(tǒng)的方案。 OT-2避免了萃取偏倚喜愛，並交付的樣品的產(chǎn)率和純度與由訓(xùn)練有素的技術(shù)人員執(zhí)行的手動程序相當(dāng)重要的角色。橫井污染程度在兩者之間也具有可比性。兩種提取方法向好態勢。此外平臺建設，一些協(xié)議使用OT-2自動化工作流程進(jìn)行了調(diào)整，以提高產(chǎn)量並減少週轉(zhuǎn)時間貢獻力量。

結(jié)果使用OT-2工作站和ZymoBIOMICS MagBead試劑盒自動提取DNA推動並實現，成功地純化了DNA，沒有引入偏倚純化偏倚可能是由於不均勻的裂解之間造成的一個樣本中的微生物群物種覆蓋範圍。有些物種較少容易溶解優化程度，因此可能被代表不足在下游定序資料中^勇向前；斓爸閆ymoBIOMICS試劑盒中使用的技術(shù)是一種透過珠磨機(jī)或珠磨機(jī)進(jìn)行機(jī)械分解的系統(tǒng)跳動的技術(shù)不斷豐富。這種技術(shù)包括將樣品與小玻璃、鋼或陶瓷珠結(jié)合起來用力混合兩者組建。 1在混合過程中各有優勢，珠子與細(xì)胞發(fā)生碰撞，打破細(xì)胞膜和細(xì)胞壁重要的意義，釋放DNA持續。打珠試劑使用超高密度珠子可以以這種方式均勻溶解微生物樣品，防止偏差再獲。

為了評估這種性能產品和服務，我們使用OT-2工作站和ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA提取DNA試劑盒對酶ZymoBIOMICS的樣品進(jìn)行了檢測微生物群落標(biāo)準(zhǔn)（N=8）。萃取的DNA以16S rRNA基因標(biāo)靶定序進(jìn)行分析體驗區，引子針對V3-V4區(qū)域伊利諾州的定序?MiSeq?儀器增多。微生物群落標(biāo)準(zhǔn)是一個明確的特徵參考樣本的種類包括革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌以及酵母菌不同的大小和細(xì)胞壁組成。由偏置裂解法產(chǎn)生的觀察到的組成不能反映標(biāo)準(zhǔn)品的理論組成新格局。定序資料顯示明顯，使用OT-2核酸萃取工作站和ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒進(jìn)行自動萃取，並觀察到高保真度符合微生物群落標(biāo)準(zhǔn)的微生物圖譜（圖1）顯示。

試劑盒自動化提供了產(chǎn)率和純度匹配的手動提取OT-2核酸提取物的性能工作站與酶微生物學(xué)96 MagBead從典型微生物糞便樣本中提取DNA的DNA試劑盒進(jìn)行DNA產(chǎn)量和純度評估，並與經(jīng)過高度訓(xùn)練有素的技術(shù)人員執(zhí)行的手動程序進(jìn)行比較（N=12）充足。利用奈米Drop2000紫外-可見分光光度計進(jìn)行測量DNA濃度及吸光度比（A260/230進展情況、A260/280）的積極性。

手動和自動化的程序交付在附近相同的結(jié)果（圖2）綠色化發展。自動化和手動操作此程序的平均產(chǎn)率為57.88ng/μLand 57.85ng/μL至關重要，平均吸光度值為260/2801.94和1.90，平均吸光度值為260/230分別為1.85和1.87用上了。自動化程序避免了交叉污染板井之間的交叉污染存在aDNA提取程序的重大問題提升行動，因?yàn)楸晃廴镜臉颖緯p害資料的完整性。然而關註，污染可能很難預(yù)防手動處理程序相比之下研究進展，自動化可以減少污染，促進(jìn)審計程序如果污染確實(shí)發(fā)生了連日來，它將會被識別出來快速融入。向評估OT-2核酸萃取工作站對於交叉污染，新型隱球菌和將酵素微生物學(xué)DNase/Fre-rnase水加入a96孔板系統，交替使用增強，以棋盤式使用。平板以自動工作站處理交流等，每個孔的洗脫液用Femto進(jìn)行qPCR檢測tmCFX96上的細(xì)菌DNA定量試劑盒更加廣闊。

觸摸即時PCR檢測系統(tǒng)在任何充滿水的對照井中檢測到新生兒，這表明沒有發(fā)生交叉污染（圖3）提高。

圖2：自動化和人工程式提供了相當(dāng)?shù)腄NA產(chǎn)量和純度可以使用。以O(shè)T-2核酸萃取工作站和ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒從糞便樣本中萃取DNA。用ng/μL法測定純化後的DNA的產(chǎn)量和純度紮實，和260/280和使用NanoDrop 2000紫外-可見分光光度法獲得的260/230的吸光度值效高化，在收率(A)和純度（B和C ）方面幾乎得到了相同的結(jié)果。

結(jié)論對DNA萃取方法的評估OT-2核酸萃取工作站與之搭配ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒顯示沒有淨(jìng)化偏差。自動提取提供的產(chǎn)率和純度與訓(xùn)練有素的技術(shù)人員的手工提取相當(dāng)解決方案，同時避免了井間的交叉污染趨勢。此外，還發(fā)現(xiàn)了一些協(xié)議調(diào)整上高質量，以提高提取工作流程的效能和速度一站式服務。

採用OT-2核酸萃取工作站及ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA試劑盒萃取DNA廣度和深度，獲得高純度DNA，收率高淨(jìng)化偏倚或交叉污染引領作用。優(yōu)秀

沒有污染或純化偏差的性能是必要的DNA提取協(xié)議保持加強宣傳。隨著微生物學(xué)研究的不斷發(fā)展。這些高效能的結(jié)果表明用的舒心，OT-2可以為微生物的工作流程提供一個可靠的純化解決方案技術發展。這些數(shù)據(jù)也展示了OT-2對支援廣泛應(yīng)用程式的工具包的使用的靈活性。 OT-2可以提供增加的吞吐量和減少的周轉(zhuǎn)時間集成，以促進(jìn)更雄心勃勃的實(shí)驗(yàn)重要手段，節(jié)省寶貴的時間，同時保持高品質(zhì)數(shù)據(jù)的高標(biāo)準(zhǔn)穩定性。