Opentrons 的 Kristin Ellis 和 Dagney Cooke 有幸在波士頓的 Dana-Farber 癌癥研究所（DFCI）與 Scott Ficarro 進(jìn)行了交談。 Scott 是 Marto 實(shí)驗(yàn)室進一步、癌癥生物學(xué)部和 Blais 蛋白質(zhì)體學(xué)中心的研究科學(xué)家，他一直在使用 OT-1 進(jìn)行大規(guī)模樣本製備探討。

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Kristin: 首先，我們想了解你正在進(jìn)行的研究的整體情況以及我們的平臺(tái)在這個(gè)過程中所扮演的角色是什麼高效利用。

Scott: 好的！我們正在進(jìn)行許多與 OT-1 相關(guān)的質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)樣本製備的實(shí)驗(yàn)估算。這涉及許多不同的可能性數字化，從消化到磷酸化勝肽富集等等。

Kristin: 這是你希望使用磁性模組所做的事情嗎基礎上？

Scott: 是的各領域，我們正在使用 Qiagen 磁珠進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。我們的目標(biāo)之一是進(jìn)行鐵-NTA的磷酸化勝肽富集保持競爭優勢。此外新模式，我們也使用磁珠進(jìn)行勝肽的脫鹽工作。在進(jìn)行消化實(shí)驗(yàn)時(shí)不容忽視，很多時(shí)候需要在含有高鹽含量的緩衝液中進(jìn)行組織了，之後為了進(jìn)行其他化學(xué)反應(yīng)，需要去除鹽分說服力。在進(jìn)行離子交換層析法時(shí)搶抓機遇，也需要先去除緩衝液中的鹽。這些是目前全部手工完成的任務(wù)表示，雖然我們有一個(gè)真空排列系統(tǒng)全面闡釋，但仍需要手動(dòng)操作移液頭。如果能實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化競爭力所在，例如使用磁珠的形式引人註目，將大大節(jié)省我們的工作量。

另外溝通機製，當(dāng)我們進(jìn)行基質(zhì)輔助雷射解吸電離（MALDI）分析時(shí)好宣講，需要進(jìn)行脫鹽處理，並使用ZipTip進(jìn)行操作，然後將處理後的樣本滴在平板上。雖然這本身並不困難雙重提升，但如果你需要處理大量樣本，例如10個(gè)樣本事關全面，長時(shí)間重複這樣的操作可能會(huì)引發(fā)手部神經(jīng)受壓的癥狀表現明顯更佳，也就是所謂的腕隧道癥候群。如果能使用機(jī)器人來處理大量樣本集技術節能，將大大減輕我們的工作負(fù)擔(dān)指導。

此外，我們也對(duì)在藥物發(fā)現(xiàn)方面的應(yīng)用感到興奮國際要求。目前流動性，我們正在與 Nathaniel Gray 的實(shí)驗(yàn)室合作，開發(fā)和生化表徵新型的共價(jià)激酶抑制劑組成部分。我們計(jì)劃使用機(jī)器人來進(jìn)行動(dòng)力學(xué)測定影響，透過設(shè)定與抑制劑的蛋白質(zhì)反應(yīng)，並讓機(jī)器人從不同時(shí)間點(diǎn)取出反應(yīng)物並滴在 MALDI 孔板上的過程中，這將是非常棒的發展契機！

因此，我有很多關(guān)於如何利用 Opentrons 平臺(tái)為多個(gè)專案帶來優(yōu)勢的想法促進進步。我相信隨著我們開始嘗試和探索發力，我們會(huì)有更多更深入的想法。

透過自動(dòng)化實(shí)現(xiàn)質(zhì)譜樣本製備的標(biāo)準(zhǔn)化

Kristin: 你使用 Opentrons 平臺(tái)進(jìn)行的研究主要集中在質(zhì)譜樣本製備迎來新的篇章。我理解這可以節(jié)省時(shí)間並避免手動(dòng)操作的疲勞共創美好，但除此之外，它在科學(xué)和技術(shù)上有什麼重要性嗎薄弱點？

Scott: 樣本製備的一致性對(duì)於獲得可重複的結(jié)果至關(guān)重要覆蓋範圍。僅靠手動(dòng)操作既耗時(shí)又難以保證品質(zhì)。我們的研究計(jì)畫很多積極性，與其他實(shí)驗(yàn)室的合作也很多奮勇向前，時(shí)間非常寶貴。因此實施體系，靈活的自動(dòng)化樣本製備系統(tǒng)能夠讓我們完成更多的工作組建，並確保每次實(shí)驗(yàn)的一致性和可重複性。例如效果較好，Opentrons 平臺(tái)能夠大幅提高激酶抑制劑結(jié)合分析的通量重要的意義。

Kristin: 那麼具體是如何實(shí)現(xiàn)的呢？

Scott: 由於機(jī)器人可以進(jìn)行快速定位等多個領域，我們能夠以良好的時(shí)間分辨率對(duì)反應(yīng)進(jìn)行採樣再獲。而且產品和服務，我們可以同時(shí)對(duì)多個(gè)化合物進(jìn)行這樣的操作。這種類型的信息在我們的許多項(xiàng)目中都非常有價(jià)值激發創作。

Dagney: 這就是你主要使用MALDI孔板的原因嗎前景？

Scott: 這只是其中一個(gè)應(yīng)用進一步意見。但還有許多其他應(yīng)用增幅最大。例如，我們希望將其用於常規(guī)完整蛋白質(zhì)分析生產能力，以及透過 MS/MS 確認(rèn)蛋白質(zhì) ID 的消化物滴定標準。

Dagney: 隨著樣本製備的改進(jìn)，您將獲得更乾淨(jìng)的結(jié)果處理方法，並能夠利用它們進(jìn)行更多操作重要作用。

Scott: : 是的，您可以將更多時(shí)間用於思考科學(xué)問題習慣，而不是花在實(shí)驗(yàn)臺(tái)上充足。

Kristin: 還有分享！我們的夢想是讓你們和史丹佛大學(xué)在全國的另一端做同樣的事情的積極性，並發(fā)展這些流程綠色化發展。

Scott: 是的，這會(huì)讓每個(gè)人都更有生產(chǎn)力不久前∮蒙狭?？吹矫總€(gè)人如何發(fā)展會(huì)非常棒！我對(duì)這場開源革命感到非常興奮能力建設。

開源的彈性

Dagney: 在學(xué)術(shù)環(huán)境中關註，通常有多少開源設(shè)備？

Scott: 據(jù)我所知無障礙，數(shù)量很少連日來。但這只是因?yàn)槲矣X得開源設(shè)備的發(fā)展趨勢才剛開始。我聽說有幾個(gè)實(shí)驗(yàn)室擁有 3D 列印機(jī)認為，許多實(shí)驗(yàn)室對(duì)你們的機(jī)器人平臺(tái)感興趣系統，但在我曾經(jīng)待過的所有實(shí)驗(yàn)室中，我真的沒有見過任何開源設(shè)備文化價值。然而形式，隨著像你們這樣令人興奮的開源解決方案的出現(xiàn)，我認(rèn)為它們很快就會(huì)被採用不斷完善，因?yàn)樗鼈兙哂性S多優(yōu)勢數字化。例如，開源選項(xiàng)將有助於降低與維護(hù)專有儀器相關(guān)的維修服務(wù)費(fèi)用不斷增加的問題基礎上。

Kristin: 那麼各領域，你認(rèn)為獲得更多開源設(shè)備將如何幫助你更好地進(jìn)行研究應用領域？

Scott: 很多時(shí)候，身為研究人員進行培訓，你會(huì)創(chuàng)造性地思考如何解決問題發展機遇。不幸的是，現(xiàn)有的硬連線封閉源系統(tǒng)並不允許你完全按照自己的意願(yuàn)行事法治力量。為了完成任務(wù)穩定，你可能需要更改軟體或硬體的某些部分。對(duì)於封閉系統(tǒng)來說供給，這些事情非常困難或不可能實(shí)現(xiàn)優勢與挑戰。

舉個(gè)例子，我們實(shí)驗(yàn)室裡有幾個(gè)專有的機(jī)器人平臺(tái)解決方案，它們的功能執(zhí)行得很好趨勢，但除了有限的操作之外，它們並不特別適合進(jìn)行修改上高質量。像你們這樣的開源平臺(tái)將能夠快速進(jìn)行客製化解決方案的原型開發(fā)一站式服務。例如，我不認(rèn)為你最初將機(jī)器人視為MALDI點(diǎn)樣器深入交流；但現(xiàn)在我們已經(jīng)開發(fā)了 OT-1引領作用，我相信它非常適合用於 MALDI分析的樣品點(diǎn)樣。

Dagney: 這太棒了雙向互動！

Scott: 是的效率和安！所以你知道高效節能，如果我們想做一些創(chuàng)新的事情我們是完全具備這個(gè)能力的協調機製。透過你們的 Python API運行好，我想說…在客製化方面結構重塑，Opentrons 是真的沒有限制敢於挑戰。據(jù)我所知多樣性，從軟體的角度來看紮實，這在任何其他商業(yè)系統(tǒng)上都是不可能做到的不久前。你無法破解這些系統(tǒng)飛躍，它們都是預(yù)先編譯好的更高效。

Kristin: 是的，大多數(shù)機(jī)器人基本上只提供一種使用途徑重要部署。

Scott: 是的具體而言。雖然商業(yè)供應(yīng)商試圖讓他們的軟體更加靈活，但你經(jīng)常會(huì)遇到限制——有時(shí)這真的令人沮喪智慧與合力，因?yàn)槟阒恍枰M(jìn)行一些小的軟體更改——只需要知道如何編程的人花幾分鐘就能完成－就能啟用某些工作流程或應(yīng)用程式喜愛。但是，讓他們做到這一點(diǎn)非常困難開放要求。

我想他們確實(shí)有很好的意圖向好態勢，但他們無法看到所有的使用案例平臺建設，他們沒有足夠的人手來即時(shí)回應(yīng)回饋。但是有了你們?cè)?Slack 上提供的支持註入了新的力量，真是太棒了重要的作用。你知道嗎？我會(huì)在那裡發(fā)布一些問題去創新，通常比預(yù)期的要快得多足夠的實力，我會(huì)收到回覆和建議。和你們一起工作真是太棒了又進了一步！我希望所有事情都能這樣順利多種場景！

Dana-Farber 癌癥研究所是癌癥治療和研究的全球領(lǐng)導(dǎo)者多元化服務體系。 Opentrons 將持續(xù)致力於賦予從事這種規(guī)模專案的科學(xué)家力量規劃，與社群分享他們的進(jìn)展。