Arianna Morosetti 在卡加利大學(xué)研究驅(qū)蟲藥抗藥性交流。 她使用 Opentrons OT-2 移液機(jī)器人進(jìn)行了大量 PCR研究成果。
卡加利大學(xué)（University of Calgary） 是加拿大頂尖大學(xué)之一 。 Arianna Morosetti 是一名分子生物學(xué)家，在卡加利大學(xué)的Gilleard 實(shí)驗(yàn)室 研究寄生線蟲的抗藥性。該實(shí)驗(yàn)室於2019年3月購(gòu)買了第一臺(tái)Opentrons OT-2發展契機，並希望再另外加夠一臺(tái)專門用於PCR應(yīng)用。
Arianna Morosetti 在卡加利大學(xué) Gilleard 實(shí)驗(yàn)室與他們的 OT-2 合影顯著，圖片來(lái)源：Arianna Morosetti
Opentrons: 請(qǐng)介紹一下您的研究背景 左右。
ARIANNA MOROSETTI: 我是分子生物學(xué)家，受聘為卡加利大學(xué) Gilleard 實(shí)驗(yàn)室的博士後研究員深入開展。我在一個(gè)大型研究小組工作開拓創新，我們小組的成員研究背景各不相同，有從事生物資訊學(xué)工作的落到實處，也有剛接觸這個(gè)學(xué)術(shù)領(lǐng)域的，甚至還有從未接觸過(guò)移液器的最新。但是我們最終順利讓每個(gè)人都具備做分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的能力技術創新。
在這個(gè)職位之前，我曾在企業(yè)任職重要作用，所以我知道實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化的應(yīng)用持續向好。在卡加利大學(xué)任職工作中，我會(huì)使用OT-2來(lái)驗(yàn)證新協(xié)議和簡(jiǎn)化我們的標(biāo)準(zhǔn)程序充足。
Opentrons: 請(qǐng)問(wèn)您的研究計(jì)畫是進展情況？
AM: 我從事擴(kuò)增子定序工作。我們利用分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)方法來(lái)研究含有大量重要病原體的寄生線蟲綠色化發展。我們實(shí)驗(yàn)室的核心計(jì)畫是研究驅(qū)蟲藥的抗藥性至關重要，並研究潛在因果突變?cè)诩纳€蟲族群中的產(chǎn)生和傳播。我們的目標(biāo)是改進(jìn)診斷用上了，確定新的控制目標(biāo)提升行動，並為抗藥性的永續(xù)管理提供證據(jù)基礎(chǔ)。
Opentrons: 請(qǐng)問(wèn)您在實(shí)驗(yàn)室的日常工作是怎麼樣的關註？
AM: 我們用來(lái)擴(kuò)增定序的協(xié)定在非常具體的工作流程中有很多既定元素有效性。我們經(jīng)歷了一個(gè)較複雜的 PCR 設(shè)定步驟：有時(shí)我們會(huì)使用 4 塊裝有 96 個(gè)樣本的孔板，使用 96 種獨(dú)特的引子進(jìn)行組合機遇與挑戰。手動(dòng)處理這樣的工作非常麻煩廣泛關註，而且非常耗時(shí)，因此我們把這些手動(dòng)工序交給OT-2 移液機(jī)器人 執(zhí)行集成技術。
Opentrons: 為什麼選擇OT-2就能壓製？
AM: 我們實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)有一臺(tái)其他品牌的設(shè)備至關重要，我們考慮使用它，但用到它的次數(shù)不多效果，而且該公司在支持請(qǐng)求方面反應(yīng)不及時(shí)有所應。我們還需要購(gòu)買一個(gè)額外的磁性模組來(lái)執(zhí)行我們的方案。由於我們?cè)?PCR 前室和PCR 後室分開工作合作關系，這意味著我們將不得不購(gòu)買一臺(tái)新的機(jī)器人和磁性模組著力提升，這會(huì)產(chǎn)生很高的費(fèi)用。 Opentrons OT-2 和磁性模組價(jià)格實(shí)惠傳遞，性價(jià)比高融合，能滿足我們所需的實(shí)驗(yàn)功能，這是我們?cè)诒容^多家產(chǎn)品後相關性，最後選擇 OT-2 的重要原因完成的事情。
Opentrons: 您具體使用OT-2進(jìn)行哪些工作？它如何融入您的工作流程穩定？
AM: 我們使用 OT-2 來(lái)分配少量的引子改造層面。我們有一個(gè)簡(jiǎn)單的方案，是我用 Opentrons Protocol Designer 這個(gè)簡(jiǎn)單的工具設(shè)計(jì)的瀯菖c挑戰，F(xiàn)在它工作得很好經驗分享，我們經(jīng)常使用它，但我們一開始就面臨缺少經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的濾芯吸頭的問(wèn)題趨勢。我嘗試使用不同品牌的濾芯吸頭有力扭轉，但這給方案的發(fā)展造成了延誤。現(xiàn)在濾芯吸頭已經(jīng)有了一站式服務，問(wèn)題就解決了廣度和深度。
在我們的擴(kuò)增子定序工作流程中，我們使用磁珠來(lái)清理我們的PCR產(chǎn)物引領作用，這需要大量時(shí)間和手動(dòng)工作加強宣傳。為了提升清理效率和節(jié)省人力成本，我們使用了 Opentrons 磁性模組進(jìn)行自動(dòng)化磁珠清理工作合作。在我對(duì) Python 進(jìn)行一些研究之後勃勃生機，創(chuàng)建了我們的自動(dòng)化協(xié)定。我們對(duì)規(guī)避交叉污染的要求非常嚴(yán)格（因?yàn)檫@個(gè)環(huán)節(jié)對(duì)我們文庫(kù)製備環(huán)節(jié)的影響至關(guān)重要）極致用戶體驗，但 Opentrons 的支援團(tuán)隊(duì)給了我們很多有用的幫助提供有力支撐。我們提出了很多問(wèn)題，但他們很有耐心幫我們解決問(wèn)題建議。下一步我們將使用 PCR 樣本驗(yàn)證所有內(nèi)容品率。
Opentrons: 您的OT-2運(yùn)作體驗(yàn)如何？
AM: 我們的其中一個(gè) P10 移液器出現(xiàn)了漏液?jiǎn)栴}，但 Opentrons 的客戶支援團(tuán)隊(duì)很快就給我更換了新的移液器積極影響，目前一切都很順利自動化方案。除此之外，我透過(guò)用各種顏色的食用色素對(duì)機(jī)器人做了很多測(cè)試越來越重要，然後執(zhí)行程式進(jìn)行調(diào)整線上線下。我就是這樣做的，只是透過(guò)觀察並根據(jù)我們想要實(shí)現(xiàn)的目標(biāo)調(diào)整程序醒悟。
Opentrons: 在您使用 OT-2 之前數據顯示，您是否使用過(guò)其他實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化設(shè)備？您對(duì)實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化流程的期望是什麼也逐步提升？
AM: 這是我第一次使用實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化設(shè)備記得牢。我原本預(yù)計(jì)會(huì)有一些挫折，所以當(dāng)出現(xiàn)問(wèn)題時(shí)重要的作用，我深吸了一口氣更多可能性，然後再次嘗試。我不害怕新事物足夠的實力；通常當(dāng)有新設(shè)備出現(xiàn)時(shí)緊迫性，我會(huì)非常樂(lè)於嘗試。
根據(jù)我的經(jīng)驗(yàn)多種場景，設(shè)定任何移液機(jī)器人都需要時(shí)間多元化服務體系。不管是什麼機(jī)器，無(wú)論它操作軟體有多直觀擴大公共數據，都需要一個(gè)人花時(shí)間學(xué)習(xí)他們實(shí)驗(yàn)室機(jī)器人的所有功能，並真正了解軟體是如何運(yùn)作的帶動擴大。
Opentrons: 您的 OT-2 有哪些優(yōu)缺點(diǎn)核心技術體系？
AM: OT-2 自動(dòng)化讓我們的生活變得更輕鬆。對(duì)於專業(yè)研究員核心技術，使用 OT-2 有助於節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間應用提升。
我們實(shí)驗(yàn)室也有很多學(xué)生和訪客來(lái)學(xué)習(xí)我們小組使用的技術(shù)。我們將 OT-2 整合到我們的實(shí)驗(yàn)室程序中創造性，學(xué)生和訪客只需從冷凍室中取出預(yù)先分配好的孔板即可開始他們的實(shí)驗(yàn)發展的關鍵。他們學(xué)習(xí)起來(lái)也很方便。
Opentrons: 目前的模組是否滿足您的需求規模設備？您是否考慮新增其他功能模組真諦所在？
AM: 我們已經(jīng)看過(guò) Opentrons 的熱循環(huán)模組，我們認(rèn)為它將可以與我們的磁珠清理單元很好地整合到一起競爭力。熱循環(huán)模組是我們計(jì)劃內(nèi)需要的充分，它可以提供更多功能，同時(shí)可以有效利用甲板空間集聚。
我認(rèn)為對(duì)於我自己來(lái)說(shuō)競爭力，為了運(yùn)行常規(guī)的 DNA 提取調整推進，我可能需要添加一個(gè)溫控模組，但限制因素是需要在機(jī)器人外執(zhí)行的離心步驟機製性梗阻。對(duì)我們來(lái)說(shuō)最重要的是處理我們工作流程中最耗時(shí)的部分機製，即PCR設(shè)定和清理步驟。
Opentrons: 關(guān)於機(jī)器人自動(dòng)化集成應用，您的感受是怎麼樣的探討？
AM: 為用戶，我希望有更多關(guān)於使用API??的教學(xué)使用。我對(duì) Python 有一點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)合規意識，但經(jīng)驗(yàn)還不夠充分，因?yàn)槲业膽?yīng)用更著重於使用物件來(lái)進(jìn)行設(shè)計(jì)和程式設(shè)計(jì)有效性。我認(rèn)為生物學(xué)領(lǐng)域的大多數(shù)專家都不精通Python創新內容，而且現(xiàn)有的教程沒(méi)有有效的幫助。我認(rèn)為網(wǎng)路研討會(huì)或影片會(huì)更有幫助廣泛關註。
我在使用 OT-2 時(shí)還有一個(gè)期望善於監督，就是能夠使用不同的實(shí)驗(yàn)室器具和材料。如果我們使用的產(chǎn)品沒(méi)有在 OT-2上進(jìn)行過(guò)測(cè)試就能壓製，要讓它們運(yùn)作就有點(diǎn)更成問(wèn)題了更合理。但我知道你們正在將 Labware Creator 整合進(jìn)來(lái)，這將對(duì)我們有很大幫助更優美。特別是我們的濾芯吸頭實際需求。
我認(rèn)為機(jī)器人非常有幫助。很多人認(rèn)為你必須在實(shí)驗(yàn)室裡受苦優勢，但我不同意善謀新篇。我在許多實(shí)驗(yàn)室工作，它們的資金能力各不相同便利性，我經(jīng)常必須手動(dòng)操作方法。我很認(rèn)同刻苦學(xué)習(xí)研究的精神，但是隨著科技的進(jìn)步提供有力支撐，科學(xué)研究的工作效率應(yīng)該提升切實把製度，自動(dòng)化技術(shù)的發(fā)展也可以讓我們研究過(guò)程也變得不那麼乏味。
我認(rèn)為你不應(yīng)該花太多時(shí)間在重複的步驟上自行開發，這些步驟對(duì)你的研究沒(méi)有價(jià)值進行部署。如果你有一種方法可以做到這一點(diǎn)——移液——既乾淨(jìng)又實(shí)用，那麼你應(yīng)該朝著使用它前進(jìn)品質，即使起步要投入的時(shí)間和勞動(dòng)力投資可能很高利用好。
