本期報導(dǎo)我們採訪了 YouSeq 的資深科學(xué)家 Tom Huckvale，他將為大家分享他在 YouSeq 如何使用三臺 Opentrons OT-2 自動化移液平臺開發(fā)客製化基因面板以及使用磁珠純化 DNA多種場景。

YouSeq 公司成立於2018年創新延展，是英國的一家生技公司，專門設(shè)計(jì)集聚效應、開發(fā)並製造易於使用的下一代DNA定序（NGS）試劑盒集成、面板和試劑。

我們採訪了YouSeq 公司的資深科學(xué)家Tom Huckvale 互動講，他為我們分享了YouSeq 如何使用三臺Opentrons OT-2 自動化移液平臺開發(fā)客製化基因面板以及使用磁珠純化DNA穩定性。

Opentrons: 您的 OT-2 移液平臺主要應(yīng)用與哪些特定工作像一棵樹，它們?nèi)绾芜m應(yīng)您的工作流程？

Tom Huckvale: 首先去突破，它們被用來提取引子能運用。我們的 NGS 面板引子對來自製造商的96孔板。我們需要從特定板上的特定孔中獲取特定體積的引物具體而言，並將其混合到單個管中-這樣我們就有了用於 NGS 試劑盒的單獨(dú)引物池工具。

有時，我們會希望將每個[引子]的等量體積混合到一個管中喜愛。然而重要的角色，隨著我們的需求越來越多，我們也開始嘗試更多不同的方案向好態勢。例如平臺建設，我們可能需要處理成千上萬的引物，並希望從一百多個板中取出每個引子的不同體積貢獻力量，然後放入單一管中進(jìn)行反應(yīng)使用。我們可能不會希望從一塊板上取走所有的東西，我們可能只會取走一部分去創新，然後再從另一塊板上取走一些足夠的實力。因此，這就是 Opentrons 移液平臺的應(yīng)用價值結構。

這些移液平臺的優(yōu)點(diǎn)在於獨(dú)特的開放性更適合，我們可以建立龐大的資料庫，包含所有的引子溝通協調、所有的引子對要素配置改革、它們的表現(xiàn)以及已經(jīng)完成的品管。所有這些參數(shù)都可以用來建立成移液平臺可以讀取的電子表格保障性。在使用許多其他設(shè)備廠商的軟體時帶動產業發展，您通常會受到他們軟體處理方式的限制。存在許多專有的文件格式十分落實。但對於OT-2 而言倍增效應，我們只需給 OT-2 提供很常見的 CSV 文件，其中包含體積製造業、孔位 ID優化服務策略、所需位置等信息，OT-2 可以完美地轉(zhuǎn)化這些信息新格局，然後執(zhí)行操作明顯。

我們還擁有另一臺帶有磁性模組的 Opentrons 移液平臺安全鏈，位於另一個房間中顯示，用於使用磁珠進(jìn)行 DNA 純化創新為先。我們的許多實(shí)驗(yàn)都涉及反應(yīng)板，而手工使用磁珠來進(jìn)行反應(yīng)板的清洗是很麻煩的科普活動。我和同事 Daniel 從零開始創新延展，花了一週時間發(fā)展出適合這種移液平臺的磁珠清洗方法。每次執(zhí)行都非常出色長期間，因此我們可以將其用於整個 96 孔板的 DNA 清洗工作基本情況，OT-2 移液平臺可以在後臺自動完成。

實(shí)話說高端化，我們自己也可以手動完成這項(xiàng)工作力量，而且由於我們經(jīng)常進(jìn)行磁珠清洗工作，因此我們做起來也很快提單產。僅僅從磁珠清洗的速度而言深入實施，自動化並沒有節(jié)省太多時間。但是精準調控，能夠設(shè)定任務(wù)並利用這段時間撰寫實(shí)驗(yàn)報告功能、提出新想法、進(jìn)行其他工作解決，這確實(shí)非常重要預期。您可以將這些簡單的重複性工作交給移液平臺去做，並相信它的表現(xiàn)與您的手動操作相差無幾幅度。

Opentrons: 我了解到您一直在使用 Python 編寫協(xié)議腳本結構。為什麼您選擇這種方法，而不是使用 Protocol Designer 適應能力？

Tom: 我們曾經(jīng)使用 Opentrons Protocol Designer 應(yīng)用程式來制定協(xié)議更優美。對於使用移液平臺的使用者來說，它的使用技術(shù)門檻很低防控，操作效果非常好成效與經驗。但這種方法有一些局限性，特別是在磁珠清洗方面堅實基礎。您無法使用 Protocol Designer 應(yīng)用程式編寫使用磁性模組的協(xié)定稍有不慎。

因此，我們研究了Python腳本等地，發(fā)現(xiàn)它們其實(shí)非常簡單易懂最為顯著，特別是藉助Opentrons網(wǎng)站上的Opentrons API。此外規定，為了方便參考環境，我們可以將相關(guān)資訊列印成PDF文件，隨時在旁邊查看高質量。這樣相對簡便，您可以在腳本中找到任何想要執(zhí)行的操作重要組成部分。雖然初次設(shè)定需要花費(fèi)一些時間，但一旦設(shè)定好並運(yùn)行起來合作，幾乎無需任何額外的輸入勃勃生機。

Opentrons: 我本來想問您為什麼選擇 Opentrons 而不是更大的製造商，但我不知道您是否能回答這個問題極致用戶體驗，因?yàn)槟尤牍緯r這些設(shè)備就已經(jīng)存在了提供有力支撐。

Tom: 我們所處的市場中，存在著一些非常大的參與者建議。這些大公司通常有很高的進(jìn)入門檻技術交流，需要大量的前期投資。由於我們公司資金有限拓展，我們必須合理地利用我們的新創(chuàng)資金在此基礎上，並盡可能保持對公司的控制。為了在價格和產(chǎn)品品質(zhì)上與這些大公司競爭前來體驗，我們需要引入自動化技術(shù)自主研發。自動化可以降低生產(chǎn)成本，提高生產(chǎn)效率更加廣闊，使我們的產(chǎn)品更具競爭力損耗。

使用 Opentrons 意味著我們不需要為了編寫協(xié)議而訂閱或?qū)W習(xí)新軟體。在先前使用自動化的工作中非常完善，您需要學(xué)習(xí)特定製造商特定機(jī)器人的新軟體性能穩定。學(xué)習(xí)特定設(shè)備的特定軟體的操作需要幾週的時間，通常當(dāng)一個人學(xué)會如何使用之後作用，這臺設(shè)備就只能由這個人來操作情況正常。

我們希望公司裡的每個人都能為這些 Opentrons 機(jī)器人編寫腳本。我希望看到十臺設(shè)備並排放在實(shí)驗(yàn)臺上技術特點，公司裡的每個人至少在某些時候能與它們有一些互動提高鍛煉，即使你只是為了好玩或嘗試新事物而使用。

Opentrons: 您提到凝聚力量，有了 OT-2 後有所提升，你們在面對更大、更有資歷的公司時具備了競爭力新的力量。如果您沒有實(shí)現(xiàn)自動化先進水平，您認(rèn)為業(yè)務(wù)會有何不同？

Tom: 我認(rèn)為如果我們沒有自動化全面展示，我們就只能提供更少重要平臺、更簡單的產(chǎn)品，而且可能只有少數(shù)幾種。另外應用提升，我們也將難以承接新的訂單高效。由於自動化技術(shù)的開放性，我們現(xiàn)在已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了與 OT-2 的良好集成要素配置改革，一旦有定制訂單，OT-2 也可以非潮Ｕ闲?？焖俚赝度胧褂糜绊懥爣?。當(dāng)然，我們還需要解凍一些試劑新創新即將到來，但一旦所有東西都解凍了邁出了重要的一步，您可以在半小時或 20 分鐘內(nèi)收到訂單並開始準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)孔板。如果我們手工操作設施，將無法達(dá)到這樣的速度需求。

此外，手動操作可能會有失誤組合運用，從而帶來真正的麻煩更讓我明白了。我們需要一個始終表現(xiàn)良好的東西。如果能夠?qū)⑵鋸腻e誤中解放出來積極，這聽起來有些令人傷感探索，但是將實(shí)驗(yàn)從人為錯誤中解放出來，這確實(shí)更能讓客戶滿意產業。

Opentrons: NGS（次世代定序技術(shù)）本質(zhì)上就是要求高通量滿意度、更快、更便宜可持續、更精確主要抓手。實(shí)驗(yàn)室自動化如何影響您的實(shí)驗(yàn)通量和精確度？

Tom:  就這些產(chǎn)品的研發(fā)而言構建，我們可以做得更多創新科技。如果我要設(shè)計(jì)一個必須手動完成的實(shí)驗(yàn)，那麼在很多時候我能夠測試的變數(shù)就會減少共創輝煌。使用實(shí)驗(yàn)室自動化移液平臺高效流通，你可以對許多實(shí)驗(yàn)進(jìn)行精細(xì)調(diào)整。例如精準調控，在引子池中功能，你可以調(diào)整體積和濃度，進(jìn)行單獨(dú)的測定解決，這實(shí)際上是你無法用手完成的預期。這可能需要花費(fèi)你幾天的時間，而且會讓你崩潰的。

使用自動化移液平臺…你可以調(diào)整體積和濃度結構，進(jìn)行單獨(dú)的測定重要的作用，這實(shí)際上是你無法用手完成的。這可能需要花費(fèi)你幾天的時間簡單化，而且會讓你崩潰的力度。但是你可以在一個下午就讓機(jī)器人完成這些工作。

這意味著你可以更快地獲得更好的產(chǎn)品系統性。你可以優(yōu)化你的許多流程勇探新路。你可以更快得到答案。你可以嘗試更多的事情傳遞，這意味著你可以用更少的步驟來獲得你喜歡的產(chǎn)品品質(zhì)試驗。

總的來說，這產(chǎn)生了很大的影響開展攻關合作。毫無疑問製度保障，我會向所有人推薦 Opentrons 。我們有客戶想要進(jìn)入 NGS 領(lǐng)域的有效手段，他們來找我們?yōu)樗麄冊O(shè)計(jì)面板統籌推進。但我們也建議他們研究 Opentrons 和在機(jī)器人上完成磁珠純化的工作。我們與他們共享腳本關鍵技術，然後他們就可以開始運(yùn)行保護好。 Opentrons 提供了這方面的幫助。沒有專有的文件格式表現，沒有安全性問題特點。你不需要特殊的密碼。你只需發(fā)送一個文字文件結論，他們就可以讓機(jī)器人讀取和諧共生，無論距離有多遠(yuǎn)，同樣的事情都能在實(shí)驗(yàn)室裡發(fā)生適應性強。

YouSeq 的理念之一是 NGS 根本不需要複雜化技術交流。很多實(shí)驗(yàn)室都想做NGS，但看到很多行話拓展，很多東西真的沒有意義創造更多，聽起來真的很複雜，你不需要大量的數(shù)據(jù)不斷進步，你不需要特殊的工具…我們想說NGS 其實(shí)不是這樣的工藝技術，它真的很簡單，我們會教你如何做到這一點(diǎn)規模。 Opentrons 也符合這種理念近年來。很高興能找到與我們思考方式相同的公司。無論如何，我們都非常尊重 Opentrons 所做的事情通過活化，所以我們也想支持這一點(diǎn)落地生根。碰巧他們的東西很有效，我們也很喜歡它健康發展。

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