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2023 年 0 月 22 日

Retro Biosciences使用OT-2自動化單細胞RNA定序文庫製備

單細胞 RNA 定序能夠以單細胞為單位進行轉(zhuǎn)錄組學分析等形式,這項研究可以讓我們進一步了解一些稀有且貴重的細胞群合作關系。儘管單細胞RNA定序技術(shù)的使用越來越廣泛更加廣闊,但這項技術(shù)的成本仍然相當昂貴發揮。除了定序平臺和每次單獨運行的成本外,文庫製備步驟既昂貴又費力。然而增多,把文庫製備步驟進行自動化可以有效減少實驗結(jié)果的變異性,同時節(jié)省研究人員的寶貴時間有望,解放他們的雙手進一步推進,讓科學研究人員能有更多時間用來設(shè)計實驗或分析數(shù)據(jù)。

目前方案,市面上能實現(xiàn)單細胞RNA定序的自動化文庫製備成本高達 26萬美元應用的選擇,昂貴的成本已經(jīng)超出了市面上大部分小型研究實驗室的預算。為了向更多實驗室提供這項自動化技術(shù)左右,Retro Biosciences 成功「破解」了 Opentrons 的 OT-2 自動化移液平臺大幅增加,使其能夠?qū)崿F(xiàn)自動化文庫製備功能,同時成本僅為 2.6萬美元傳承!節(jié)約了10倍的啟動成本等特點。

Retro Biosciences 是一家位於加州的生物醫(yī)學公司,專注於血漿療法多種、細胞重編程和細胞自噬研究將進一步。

Retro Bio's OT-2, hacked to perform scRNAseq at a fraction of the cost
Retro Bio 使用OT-2 進行單細胞定序文庫製備(圖片由 Retro Biosciences 的 Ben 提供)

Q: 請簡單介紹一下Retro Biosciences 公司? A: Retro Biosciences 的成立最初是一家臨床治療藥物研發(fā)公司發展成就,後來主要業(yè)務是開發(fā)預防性藥物來解決細胞老化問題成就。大多數(shù)研究老化的生物學公司都專注於單一的衰老機制,而 Retro Biosciences 是一家多專案公司開展面對面,我們努力探索的三種療法有:細胞重編程系統、自噬和血漿啟發(fā)療法。我們了解到醫(yī)院接診的病人有 80% 以上的疾病負擔源自於老化機制進一步提升,因此我們希望找到能直接解決這些問題的療法空間廣闊,幫助更多病人。

Q: 自動化如何幫助您達成目標系統? A: 機器自動化是不知疲倦的增強,可以持續(xù)性工作,同時自動化的效率顯著超越人工交流等。我們正在探索未知的生物學更加廣闊,其中一些探索涉及到的參數(shù)以及參數(shù)組合非常廣泛,如果繼??續(xù)讓科學研究人員使用手動的方式進行實驗提高,我認為這是對研究者科學頭腦的浪費可以使用。

Q: 您為自動化單細胞RNA定序的文庫製備創(chuàng)建了一個非常酷且非常實惠的解決方案紮實。請告訴我們您創(chuàng)造這個方案的初衷效高化,以及您是如何做到的新體系? A: 文庫製備對我們來說是一個入門項目。自動化的最大優(yōu)勢是你可以將那些固有的發展機遇、大量重複的長效機製、最不希望出錯的環(huán)節(jié)自動運作起來法治力量,節(jié)省時間全技術方案,減少人工失誤。我們在這裡做了很多單細胞RNA定序共享。每一次測序我們需要面臨的分析和研究任務都很重信息化,因此我們必須開發(fā)新的軟體功能(例如液位特定移液)和硬體功能(例如改進的磁珠分離系統(tǒng)),它使我們能夠直觀地審查協(xié)議中的所有步驟生動,以發(fā)現(xiàn)錯誤並驗證品質(zhì)新型儲能。

Q: 您在Github < /strong>上發(fā)表了這項工作,引發(fā)了不錯的反響新品技, 您為什麼決定公開這項工作範圍? A:對我們來說,在廣泛的生物學研究中降低科研成本對社會的好處紮實做,遠遠超過了我們對同行的競爭關(guān)係的狹隘擔憂空間廣闊。我們希望有更多從事同類研究的科學研究者可以從自動化中獲益。

Retro Biosciences 透過展示Opentrons開源自動化移液系統(tǒng)創(chuàng)造了屬於自己的單細胞定序文庫製備自動化流程提供深度撮合服務,幫助了更多研究單細胞定序的實驗室能夠啟動自動化服務品質,提升他們的研究效率。我們的開源自動化程式可以透過程式設(shè)計來完成研究人員需要的任何事情組成部分,同時把成本控制在較低的範圍內(nèi)影響。我們被 Retro Biosciences 引領(lǐng)的創(chuàng)新所震撼,期待他們未來的持續(xù)創(chuàng)新互動講。

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